對“北京人”化石的發掘還在繼續，1936年，還是周口店，28歲的地質學家賈蘭坡和工人們在1l天之內，連續發現了3塊“北京人”頭蓋骨化石。從1927年到1937年的11個年頭裏，周口店先後出土了5塊比較完整的頭蓋骨、9塊破碎的頭蓋骨，還有大量的下頜骨、麵骨、牙齒等。這些骨頭來自40個不同的男女老幼，代表著一個相當完整的古人類群體。一個不大的方圓內，競有數量、質量如此可觀的考古發現，堪稱奇跡。
“北京人”頭蓋骨的發現，有力地否定了幾千年來占統治地位的“神創人”學說，也將裴文中、賈蘭坡等考古學家永遠地聯係在一起。是他們的執著與辛勤，使我們能夠切實地勾畫人類先祖的彩容。
撲朔迷離 國寶失落
“北京人”頭蓋骨帶給世界巨大的震動與欣喜，也為世人留下一個至今不解的謎團，令無數中國人悵惘不已。
1937年7月7目，盧溝橋事變爆發。兩天後，周口店發掘工作就被迫停止。工作人員撤回協和醫學院。從1941年開始，日軍開始侵擾美國在華機構，協和醫院也難以幸免，化石的安全受到威脅。在這種情況下，保管化石的新生代研究室必須為“北京人”化石尋找安全的保存場所。
怎樣保證“北京人”的安全呢？大家議出三種方案。一是把化石運到抗戰期間的大後方重慶，但是兵荒馬亂，讓化石長途跋涉，難以讓人放心；二是在北京就地掩埋，但當時的北京已毫無秘密與安全可言；三是送往美國暫時保存。最後，大家一致選擇了第三個方案。化石運走前，先得包裝。為“北京人”包裝的任務落到研究室的胡承誌身上。胡承誌老人回憶，化石裝箱時間大約在1941年12月8日珍珠港事件爆發前的18天到21天之間。化石被裝在兩隻沒有上漆的白色大木箱裏。化石的包裝極為考究，整整包了6層，包完之後裝入小盒，並用棉花將小盒填滿，小盒逐一放入墊有數層瓦棱紙的木箱後，再用木絲填滿，化石全部裝完再封蓋、加鎖。
但他怎麼也不會想到，他竟然會成為這批國寶最後的目擊者。
化石的運送是秘密進行的。1941年12月初，裝有“北京人”化石的兩個木箱被移交給即將離開北京撤回美國的美國海軍陸戰隊。兩箱化石被分別裝到美軍專用的標準化綠色皮箱中托運。當時，負責攜帶化石的是美國軍醫弗利和他的助手戴維斯，但是隻有弗利一人知道化石混在行李中，戴維斯並不知情。12月5日專列匆匆駛到秦皇島。美國軍隊原計劃在秦皇島改乘8日到港的“哈裏遜總統號”回國。但12月8月爆發了珍珠港事件，“哈裏遜總統號”輪船被日本人擊沉於長江口外。日軍迅速占領了北京、天津等地，這批等待裝船運往美國的物資落到日本軍隊手中，弗利、戴維斯也被日軍俘虜。當時每人隻許攜帶為數不多的個人用品，包括木箱在內的行李隻能留在兵營裏。
幾天後，弗利二人被釋放。大約一兩個星期後，這些行李從秦皇島返回天津，弗利取回他的大部分行李。當他打開私人行李時，發現裝有北京人化石的箱子依然還在（看樣子未被日軍打開過）。此後，弗利在天津疏散了行李。據他稱，這些行李分別保管在3處：瑞士人在天津開設的倉庫，法租界上的巴斯德研究所，以及幾個熟識可靠的中國朋友那裏。就這樣，化石失去了蹤跡。
日本投降後不久，即將劫掠到東京的一批古人類化石，連同劫掠的發掘工具一起，移交盟軍當局以便歸還中國。然而，在中國政府從盟軍總部接收到的日本歸還物品清單中，卻沒有“北京人”化石的蹤影。
這批人類珍貴的文化遺產在沉睡了50萬年後悄然出世，又在硝煙彌漫的戰火中神秘地失蹤了。
從此，關於頭蓋骨的尋找一直沒有終止。
“北京人”究竟下落何處？一直存在很多猜測。很多人認為日本人掠走了頭蓋骨，因為當時日本是北京與天津的實際占領者。日本人封禁和搜查了協和醫院。“北京人”失蹤的消息也是由日本東京大學教授長穀部言人和高井冬二發布的。日本人對“北京人”的尋找格外賣辦，幾乎所有參與發掘工作的人員都受到過日本人的審查。裴文中也被他們關了48天。他們似乎在傳達這樣的信息：日軍並沒有發現頭骨化石。