日本投降後，裴文中立刻致力於“北京人”化石的追尋工作中。他先後致信中央地質調查所的翁文灝等人，稱“北京人”標本失蹤，並指出日人長穀部言人和高井冬二曾到北京、秦皇島、天津及各處尋找，均無結果。他懷疑標本可能被日本得到，卻故作不知，所以，他請赴日調查團注意“北京人”的相關事項。翁文灝也曾致信美國的馬歇爾將軍，請求日本歸還“北京人”化石，及周口店其他被掠文物。結果可想而知，日本人並不承認此說。
1992年，著名人類學家周國興與日方有關人士成立了“回歸北京猿人化石委員會”。周教授曾設法與高井冬二聯係，希望他能為尋找“北京人”盡力。高井冬二委婉地拒絕了見麵的要求。
也有人通過整理相關材料，指出“北京人”頭蓋骨確實為日本人所得，但並未被帶回日本本土，因為運載化石的“阿波丸號”被擊沉了。“阿波丸號”是一艘萬噸級貨運船，經日本軍隊巧妙改裝成非軍用船隻，裝載大約600噸的軍火及飛機零件，於1945年3月28日，從新加坡駛向日本。4月1日午夜時分，該船行至我國福建省牛山島以東海域，被美軍潛水艇“皇後魚號”發現，遭到數枚魚雷襲擊，3分鍾後迅速沉沒。全船2009名乘客、船員中，隻有廚師下田勘太郎一人幸免。這隻沉船引起了後人極大的關注。因為它載有金錠40噸，白金12噸，未加工的寶石15萬克拉，美、英、香港貨幣數捆，工藝品40箱，錫：3000噸，鎢2000ⅱ屯，鋁2000噸，鈦800噸，橡膠2000電。更有吸引力的是，“阿波丸號”可能攜帶著“北京人”化石。
基於此，有關部門主持了對“阿波丸號”的打撈，撈獲錫錠2472噸，價值5000餘萬美元，此外還撈起橡膠等貨物數千噸。打撈並未發現“北京人”。打撈人員還發現沉船有一個近似人工切割的大洞（不是爆炸所致），難道化石已經被海盜先行盜走？謎團並未揭開。
化石下落點的第二個猜測是美國。原因是化石由美國軍醫弗利負責裝運的，最後又在幾個美國人的手裏下落不明。
1980年。弗利給賈蘭坡先生寫過一封信，並隨信附上他在《冬季71／72康奈爾大學醫學院校友季刊》上發表的回憶文章，稱古老的“北京人”的骨骼並不多，大約隻裝在一些玻璃瓶子裏。賈蘭坡讀完文章後，覺得弗利的說法不太可信。“北京人”是很容易破碎的化石，不可能裝在玻璃瓶內，何況弗利所言與當時負責裝箱的胡承誌回憶的事實不符。
化石究竟藏在哪裏呢？第三種猜測是埋在北京的某個地方。20世紀90年代，我國古人類學者得到一條線索，化石很可能埋在原美國駐北平公使館。“北京人”化石從協和醫院包裝好以後，先送到美國公使館，重新改裝，然後登車運走。“北京人”最後的落腳點應該就在美國公使館——東交民巷。有人就認為根本沒有運出。如果這一線索成立，那化石很可能就埋在那兒的某個角落，專家們秘密對該地進行勘察並試掘，但沒有發現任何線索。
也有學者認為化石已經被毀掉了。因為日美剛宣戰，野蠻的日本兵會將怒火發泄到和美軍有關的一切物品上。日本憲兵開進協和醫院時，就曾將倉庫內保存的大批書籍和化石燒的燒、砸的砸。化石箱是封在有美軍標誌的箱子裏的，被毀的可能性非常大。還有人認為攔截火車的日本人由於不懂化石價值而將之砸爛扔掉，但胡承誌先生認為這種可能性不大。因為化石包裝得極考究，但凡有點文化的人，即便不完全了解化石的真正價值，也不會輕易將之丟棄。
戰爭過去了，和平來臨了。“北京人”這個神秘的國寶，卻再也沒有出現在人們的麵前。三位將畢生精力都貢獻給“北京人”的發現、保護和研究工作的老人—裴文中、楊鍾健、賈蘭坡帶著滿腹的遺憾，不約而同地將墓地選擇在“北京人”誕生的地方，簡樸的墓地包圍於一方靜穆之中……頭蓋骨失落了，他們的精神卻永遠長存！