因此，《四庫全書》今天隻存4部，其中文淵閣本，是最先抄成的版本，也應該是最珍貴的《四庫全書》版本，原藏於北京故宮。1948年，國民黨政府撤離大陸，將故宮博物院的一些珍貴藏品運往台灣時，將文淵閣《四庫全書》悉數帶到了台灣。現在，文淵閣《四庫全書》藏於台北故宮博物院。保存在沈陽故宮文溯閣中的《四庫全書》是七部中的第二部。1922年，它險些被賣給日本人。1966年，在中蘇關係緊張的局勢下，因備戰的需要，文溯閣本被秘密運抵甘肅蘭州，藏於山中，後藏幹甘肅省圖書館。文溯閣本是《四庫全書》各本中，現存唯一一套“書”、“閣”俱在的版本。最近，遼寧有關人士正要求甘肅方麵歸還文溯閣本，以求“書閣合璧”。甘肅方麵也在修建藏書樓，加強保護。文溯閣《四庫壘書》其最終歸屬仍未定。
文津閣坐落承德避暑山莊西北部南山積雪腳下，係仿浙江寧波天一閣而建。文津閣本應該是目前保存最好的版本，現藏中國國家圖書館。
民國初期，商務印書館影印了《四庫全書珍本初集》。台灣商務印書館影印出版了文淵閣本《四庫全書》。1999年，上海人民出版社以及香港中文大學分別出版發行文淵閣本《四庫全書》電子版。眼下，大陸方麵已經通過論證，準備出版文津閣影印本。
並非完美之作
版本公開了，《四庫全書》這昔日的皇家禁品，今朝人人可以觀看、閱讀、查詢，它的確給我們的研究提供了大量的資料，帶來了極大的方便。但是，隨著研究的公開，人們也發現，修纂《四庫全書》這一巨大的文化工程，也存在著許多的問題。
《四庫全書》修纂時期，正值文化高壓政策達於極端的雍乾時期。當時，文網嚴密，文字獄迭興，在《四庫》纂修開館後的15年裏共發生文字獄48次之多。在這種文化高壓政策下，《四庫全書》的修纂在保留文化的同時，也摧殘和洗劫了文化。乾隆借“修書”之名大量毀去一些書籍，凡是他認為有不利於清朝統治的，以及“不合教化”的書，都予以焚毀。僅乾隆三十九年到四十七年間，就毀書24次，538種，13862部。在《四庫全書》纂修期間，曆代典籍遭全毀或抽毀的共達3100多種、151000餘部，銷毀書版亦達8萬塊以上。據統計，被乾隆焚毀的書籍總數是：全毀書目2453種，抽毀書目402種，銷毀書版50種，銷毀石刻24種。稍作對比，人們就可以發現，“四庫”開館10多年中，被銷毀的圖書總數甚至是《四庫全書》總數的10倍。
乾隆編修《四庫全書》其實有他的政治目的。因為滿清是以異族的身份進入中國的，漢族知識分子當然不願與他們合作。這些知識分子或隱居不仕，或著書立說，懷念著逝去的故國與文化傳統。其中，像《揚州十日》、《嘉定三屠》等書，真實地記載了清兵南下時對漢人殘酷的大屠殺。這些書在民間秘密流傳不止，還有一些反清的詩文、野史、筆記之類的書籍也散布流傳在民間。清代大興文字獄，正是出於這一原因。編修《四庫全書》也為滿清朝廷焚毀書籍提供了公開的、堂而皇之的理由。
《四庫全書》盡管是重要的文獻資料，可是學者門卻不太樂意使用它。為什麼呢？原來，它的差錯特別多，錯字、別字並不少見。為什麼會造成這樣的局麵呢？原來乾隆皇帝非常虛榮，總以能夠親自發現臣下的錯處為樂。那些編纂的官員們深深懂得皇帝的心思，也精於邀寵之道，於是，就讓抄手們故意留下一些錯字，以讓皇帝過過找錯兒的癮。然而，《四庫全書》畢竟過於巨大，乾隆連一遍都看不完，怎麼能夠找出全書的錯別字與訛誤呢？最終全書留下了較多無人改正的訛誤。
不過，《四庫全書》畢竟是中國曆史上最大的一部叢書，它囊括了從先秦到清代乾隆以前的主要典籍，涵蓋了中國傳統學術文化的各個學科領域。全書的主要主持者對書的質量還是非常負責的。作為總纂的陸錫熊甚至因重校文溯閣《四庫全書》心力交瘁，死於任上。另一總纂紀昀更是碩學大家。他在四庫館修書十年，自始至終，沒有半點兒空閑的休息，正如他的詩所寫的：“汗青頭白休相笑，曾讀人間未見書。”