第四，新編第三、第四、第九洞。在新編第三、第四洞的藏經中，有《大般若經》卷105至卷192的大量刻經。這些卷次的刊刻時間，多在唐乾元、大曆、建中時期（758～783）。又從洞中所藏其他諸經“題記”分析，第三洞藏經多為唐代前期刻經，第四洞藏經最早為鹹亨二年（671）刻經。估計第三洞可能鑿於7世紀前期，第四洞可能在7世紀後期。第九洞藏經主要是唐代中期刻經，估計該洞可能鑿於7世紀後期，或8世紀初期。
第五，新編第六洞。洞內主要藏有明代刻經，並有董其昌題“寶藏”匾額。因此，有人認為該洞為明代所鑿。但洞中又貯藏有唐開元年間題記的碑多方，所以，此洞到底鑿於何時，仍需進一步研究。
房山石經的鐫刻和儲藏，曆史久遠，與其同時建造的雲居寺，曆史也可謂漫長。刻經需要寺，寺因刻經而更興旺發達，互相促進，相得益彰。
雲居寺藏經
關於雲居寺的始建時間，許多人認為是靜琬刻經時所建，其實不然。據遼天慶七年（1117）《大遼燕京涿州範陽縣白帶山石經雲居寺釋迦佛舍利塔記》載：“案諸傳記並起寺碑，原其此寺始自北齊（550～577），迄至隋代，有幽州智泉寺沙門智苑……發心磨瑩貞石鐫造大藏經，以備法滅。”可知雲居寺始建於北齊。再參照“涿鹿山石經堂者，始自北齊”的記載，以及北齊時鄴都佛教、佛學、刻經盛況，雲居寺和華嚴堂均始於北齊的說法是可信的，隻是具體建造情況難考。
關於唐臨《冥報記》所載靜琬修建雲居寺的故事，剔除其穿鑿附會部分，利用其合理的材料，則可證明靜琬當時在選中了石經山和原有洞穴，發願刻經久貯的同時，確實還擴建了雲居寺，正如《冥報記》中所言：“苑嚐以役匠既多，道俗奔湊，欲於岩前造木佛堂並食堂寢屋，而念木瓦難辦，恐分費經物，故未能起作。……山下有大鬆柏數千株……苑乃使匠擇其木，邑裏喜悅而共助造堂宇，頃之畢成，皆如其誌焉。”這應是雲居寺的第一次擴建而不是始建。從其有佛堂、食堂、寢室，能滿足役匠既多的要求，用料又達數千根等判斷，當時擴建的規模還是不小的。其後在唐高宗總章二年（669）題刻中，就首次出現了“雲居”二字。
9世紀中期，雲居寺又再次擴建。何籌撰《大唐雲居寺故事主律大德神道碑銘並序》曰：“大德……曾於本院，別起道□（壇），請高行數人，轉藏經七遍。……大和九祀（835）秋下旬有三日示疾，歸寂於本寺東院。”
遼代，在穆宗耶律璟的積極支持下，雲居寺又得到一次大規模的修建和擴建。寺內“題記”載：“皇朝應曆十四載（964），寺主苾蒭（bì chú）（即比丘）謙諷完葺一寺，結邑千人。請右補闕琅玡王公作碑，其文稱最，或傳於竹帛，或記於肺腑，或誦在口者眾矣。”“和尚則曆綱維、典寺事，見風雨之壞者及兵火之殘者，補政紹隆，迭有次序。以壇物畢萃於十方，故建庫房一座，五間六架；以庖人可供於四眾，故建……”可知謙諷和尚數十年間，先後主持建造了佛殿、講堂、經房及附屬建築物等，大小共計67間有餘。可惜的是，“因兵火遂至傷缺”。因此，出現了“補缺子諸行宮都部署判官都官員外郎賜紫金魚袋教（即王政子王教），念先人遺跡，出俸錢再修”之事。
到了金代，雲居寺再次修建、改建。據《謙公法師靈塔銘》雲：“大定二十五年（1185）有茲院大眾、本裏壇信以施。……施者重修廊宇，別建僧庵，西序東廚，煥然頂新。”
元明時期，雲居寺隻有一些小型修繕活動。《遊小西天記》載：“弘治九年（1496）二月中旬，際遇□□大石窩開塘取石，督工之暇，觀其殿像傾廢，故發誠心，傭工重建，複將□□□置於內，加以粉地，繪畫其上，如此煥然一新，將見神有所依，人有所仰……”
綜觀曆代記載，雲居寺從始建至1940年前後被日本侵略軍全部焚毀，至少有五次大的修建和擴建。現已在雲居寺廢墟上建立文物庫房，對塔及石經進行保管整理。