直隸省安平、深州聯莊會舉行抗洋捐、反賠款鬥爭。聯莊會原是華北、東北一帶地主士紳操縱的地方武裝組織，但在侵略軍壓境，外國傳教士裹脅教民反攻倒算，地方官吏勒派賠款雜稅的情況下，一部分士紳利用聯莊會謀求自保身家，因而很快轉化為禦外敵、抗洋捐的鬥爭團體。安平、深州的聯莊會，本日在田洛桐領導下，豎起“掃清滅洋”大旗，舉行抗洋捐、反賠款鬥爭，共有700多個村莊約20萬人參加。
清廷命令宗人府嚴行約束“匪徒邪教煽誘肆意妄行之宗室”，並命部軍統領依法懲治北京不法宗室旗人。
中國電報總局宣布，為修複電杆和鋪設海線，從今日起通商口岸華文電報除一等官報外，一律加倍收費。
清廷以袁世凱丁母憂，特賞假百日，山東巡撫由胡廷幹護理。
6月17日。日本為清廷訓練的巡兵上崗。據《申報）今日報道：日本為清廷訓練10隊巡兵，皆手持西式槍械巡查，以保證北京的安全。
6月18日。清廷以戶部侍郎那桐為專使大臣，赴日本為杉山彬被殺事件謝罪。
6月19日。列強外交團不準清軍開進北京。清廷下令調山東提督薑桂題統率3000名士兵駐紮北京，駐華領袖公使西班牙公使葛絡幹遂致函奕、李鴻章，宣稱：“我謹以外交團的名義通知，在新的命令發出前，任何中國軍隊不得向首都開進。”
6月20日。上海龍舟賽會出險。本日，上海龍舟賽會開始，七艘五彩龍舟遊弋江中，觀眾擁擠不堪，碼頭無法承受，轟然坍塌，觀眾全部拋入水中，龍舟賽會不得不轉為救落水觀眾，待落水人全部救起時，燃放爆竹又將一艘龍舟席棚點燃，險些釀成火災。
清廷命奕、李鴻章將各國撤兵日期、覲見禮節等事迅速議定。
四川義和團在川東豎立“滅清、剿洋興漢”起義旗幟，堅持鬥爭。
東北忠義軍進占鳳城、安東。鄭蘭亭部進入鳳城，發布文告，號召群眾投入抗俄鬥爭。21日，鄭蘭亭率領37名輕騎兵，冒大雨突然襲擊安東，一舉攻克安東城。
6月22日。江南製造局製定章程考核工人，工作未滿三年者，以考核決定其去留工作滿三年者，以考核決定其工資的高低。6月23日。邵友濂病故。邵友濂，字小村，浙江餘姚人。1882年任上海道台，參與辦理中外交涉事件。1884年離任，奉命襄辦台灣防務。1894年在台灣巡撫任內，曾積極布置台灣防務，並一度改稱台灣為民主共和國，以便名正言順地抗擊日本侵略軍登陸。1895年因病免職後即留寓上海，後來邵氏患病，醫治無效，於本日午後病故。24日大殮，上海各官紳均前往吊唁。
6月24日。開平煤礦工人舉行罷工。
6月25日。江西景德鎮發生水災。江西景德鎮連日來傾盆大雨晝夜不停，衝垮了無數房屋，死傷者數以千計，由南昌至九江的電線也被大水衝毀。
6月26日。直隸滿城、唐縣、完縣組織聯莊會，以李樂玉兄弟為首領。
6月27日。侵華聯軍撤離北京。據《申報》本日報道：侵華各國聯軍逐漸從北京撤退，袁世凱所率的武衛右軍遂向北京迸發。北京的官紳聞之這一消息，在阜成門外慈悲院、輦光寺兩處預備營房，以便官兵駐紮。
法屬馬達加斯加政府從中國招募的第三批華工計764名抵馬島。
6月29日。清廷派胡辦理京畿地方營務事宜。胡菜，同治進士。甲午戰爭後，在天津小站練兵。1895年上疏，主張興辦實業，整訓軍隊。不久充任蘆津鐵路督辦，授順天府尹，後遷總理各國事務衙門大臣。
直隸靜海、青縣組織聯莊會，反對教畏占據地畝。
6月30日。清廷任命王文韶為國史館正總裁，瞿鴻為副總裁。
本月。章太炎因《書》刊發反清文章再次被迫捕。戊戌變法後，章太炎被通緝流亡台灣，其間他將自己的文章編成《書》，於1899年在蘇州付印。該書除宣傳維新改良外，還有反清的傾向，刊行後影響很大。1900年初，他就因與唐才常等組織正氣會，返滬後遭到追捕。7月張園集會，他雖已割辮脫會，但8月間又因唐才常在漢口起義再度被追捕，隻得暫避回鄉。本年春節剛過，追捕之人又跟蹤而至。他不屈饒，於3月1日潛回上海，不僅撰文倡行革命，而H又開始對《書》進行修訂，刪去主張改良的文章，增加明確宣傳革命的多篇新作。眼見章太炎的《書》流行日廣，反響日大，清廷又於本月再度發出通緝，章太炎被迫東渡扶桑。
《杭州白話報》創刊。該報創辦於杭州，係旬刊，木刻、石印本，經理為兼辦杭州安定學堂的項蘭生，主筆胡修廬，參加編撰的有陳叔通、孫翼中、林獬等人。該報辟有論說、短評、北京紀聞、京外消息、中外新聞、地學問答、談天、俗語指謬、俗語存真、曆史故事等12個專欄。該報是中國創刊較早的有影響的白話報之一。它的宗旨是：“開民智和作民氣並重。”它以鮮明的立場觀點對當時的中國政治、國際國內重大事件發表過許多重要評論，提出過改造社會的主張，對封建教條進行過較係統的批判，在當時曾起過進步作用，對以後各地白話報的出現很有影響。