1981年7月，中央組織部致函中共福建省委轉達胡耀邦關於地下黨曆史遺留問題“要很好抓一下，公公正正地解決，請先從福建抓起”的指示，要求中共福建省委指定有關部門予以調查了解，並把結果告訴中央組織部，以便共同研究處理辦法。中共福建省委對處理地下黨的遺留問題非常重視，由省委書記負責，自1981年10月開始，到1984年底，對福建地下黨的一些重大曆史遺留問題，做出了明確的結論，恢複了地下黨原來的革命形象，分清了是非，增強了團結。
1982年3月，中央組織部印發了經中央批準的中共雲南省委《關於解決雲南地下黨“邊縱”曆史遺留問題的報告》和《關於為鄭伯克同誌恢複政治名譽的報告》。改正了從50年代直到“文化大革命”的幾次政治運動中，對雲南地下黨和“邊縱”所作的錯誤結論，解決了20世紀50年代中共雲南省委對雲南地下黨負責人鄭伯克的錯誤批判等問題。
此外，上海地下黨、西北聯大地下黨問題、中美合作所的死難烈士問題等都得到正確的解決。
2.解決“中原突圍”曆史遺留問題。1980年8月，一些老幹部給黨中央寫信，反映1946年我中原部隊在突破國民黨大軍重重包圍這一特別緊急的情況下，部分部隊和地方工作人員由於複員、隱蔽、掉隊等原因，造成的曆史遺留問題，要求組織上實事求是地妥善解決好。這是涉及湖北、河南、湖南等省，影響較大的問題。胡耀邦對此作了批示，要求加以研究，定出具體實施辦法加以解決。中央組織部把胡耀邦的批示和有關材料轉發給中共湖北、河南、湖南等省委。此後，湖北、河南、湖南等省按照中央要求，做了許多工作。通過這次複查，共解決了約5萬件隱蔽、掉隊人員的遺留問題，糾正了新中國成立初期錯誤處理的案件，得到各方麵的好評。
3.關於蘇區肅反被錯殺人員的曆史遺留問題。1930年至1935年，蘇區在“左”傾錯誤路線的影響下，開展了肅清“AB團”“改組派”“社會民主黨”“第三黨”“取消派”的運動。蘇區肅反中錯殺大批人是一樁曆史錯案。黨的六屆七中全會《關於若幹曆史問題的決議》中指出：“由於錯誤的肅反政策和幹部政策中的宗派主義糾纏在一起，使大批優秀的同誌受到了錯誤的處理而被誣害，造成了黨內極為痛心的損失”，“一切經過調查確係錯誤處理而被誣害的同誌，應該得到昭雪，恢複黨籍，並受到同誌的紀念。”但是，1949年前沒有來得及解決這個問題。新中國成立後，1954年中央就妥善處理這個問題提出了意見，比如江西、福建、湖北等省平反了近兩萬人，其他省對被錯殺的黨政軍主要領導幹部也進行了平反昭雪，但對多數人的問題尚未解決。黨的十一屆三中全會以後，許多被錯殺人員的親屬和一些老同誌多次強烈要求解決好這一曆史遺留問題。中央有關領導指示由中央組織部和民政部研究提出處理辦法。兩部經過反複研究，於1983年3月和6月向中央和國務院上報了有關這一問題的處理意見，明確提出了開展這項工作的方針和政策界限。有關省的組織部門與民政部門密切合作，開展了深入細致的複查工作，解決了這一曆史遺留問題。
4.清理新中國成立以來一些幹部審查工作中的問題。新中國成立後由於受“左”的思想影響，製定了一些相關文件規定，隨著形勢的發展和情況變化，有一些已經不適用。對此，中央組織部對這類文件規定作了必要的修改或予以廢止，對於因此受到錯誤處理的幹部，給予複查改正，解決了一批多年遺留的問題。1982年10月，中組部下發了經中央書記處同意的《關於解除一些幹部曆史上受限製使用問題的意見》，取消了中央在新中國成立前後的審幹、肅反中作出的對有政治曆史等問題的幹部受限製使用的規定，消除對這些受限製使用的幹部的政治影響。
5.平反中共早期領導人瞿秋白烈士的問題。1980年10月19日，中共中央辦公廳轉發中央紀律檢查委員會《關於瞿秋白同誌被捕問題的複查報告》。《報告》指出，“文化大革命”中，把瞿秋白同誌誣蔑為“叛徒”，是完全錯誤的，應當為瞿秋白同誌徹底平反，恢複名譽。