十常侍聽到劉陶的話，十分驚懼。幾個人馬上趴在地上大哭：“陛下啊，這是大臣們嫉妒陛下對我們太好，所以他們容不下我們。我們願意立刻就回到各自的家鄉，將各自的家產都拿出來資助軍隊。”聽到十常侍這樣說，漢靈帝自然是深信不疑的。於是怒斥劉陶道：“你們家裏也有下人，為什麼就不允許朕有呢？”說完，漢靈帝又命令侍衛將劉陶關進大牢之中。劉陶大呼說：“我死沒有什麼可惜的！可憐漢室天下，四百餘年，到現在就要結束了啊！”劉陶被關入大牢之後，張讓趁機進讒言道：“以前，張角犯上作亂，陛下曾下詔施以恩威。從那以後，百姓都加以悔改，不再追隨張角。現在天下安定了，劉陶卻說張角擄掠州郡，他是怎麼知道的呢？我懷疑劉陶和張角等匪徒有勾結。”在張讓的示意下，獄吏對劉陶每天都進行拷打。不久，劉陶就冤死在獄中。
其實，早在黃巾起義爆發時，張讓等宦官就覺察到東漢政權統治就很不穩定，民間盡是流傳“歲當甲子，天下大亂”的傳言，張讓為防止漢政權被推翻而先期與黃巾軍拉關係以求自保。張讓與黃巾軍秘密往來，難免露出一些馬腳。當時，漢軍在與黃巾軍的一場戰役中獲得了勝利，在繳獲的黃巾軍物品中，當時的豫州刺史王允發現了宦官張讓的賓客與黃巾軍聯係的信件。
王允為人正直，自然要將此事呈報給漢靈帝知道。漢靈帝這一回終於發怒了，便怒責張讓：“現在國家有難，你們不但不幫助國家，反而還暗中與黃巾軍勾結，你說該殺不該殺？”張讓一麵謝罪，一麵又把與黃巾軍往來的事情推到已經亡故的常侍王甫、侯覽的身上。經過張讓的巧言辯解，加上其與漢靈帝的特殊關係，張讓並沒有因此獲罪。事後，張讓對王允懷恨在心，借故中傷，將王允逮捕入獄。
不過王允的運氣還不壞，不久之後剛好碰上大赦，於是官複刺史原職。可萬萬沒想到的是，放出來沒幾天，王允又被抓了進去。這回的罪名和嶽飛的罪名一樣——“莫須有”。當時所有人都為王允捏了把汗，連司徒楊賜都派人對他說：發生這些事，都是因為你得罪了張讓，如今生死難料，得要想個周全的辦法才行。甚至還有些人認為他已經是在劫難逃，為了使他免受酷刑而死，居然還專門送了毒藥給他，以供他自盡。由於王允的血性，使得當時的大將軍何進、太尉袁隗、司徒楊賜聯名上疏，為他求情，結果也還是死罪得免，活罪難逃，之後又經過多方營救，才在第二年獲釋。
漢靈帝有兩個兒子，一個是何皇後生的兒子劉辨，一個是王美人生的兒子劉協。
漢靈帝病重後，群臣知道漢靈帝來日無多，因此請求冊立太子。漢靈帝認為劉辨為人輕佻，沒有威儀，不可立威天下之主，希望次子劉協即位。但何皇後的哥哥何進是大將軍，手握重兵，漢靈帝怕他鬧事，因此猶豫不決。臨死前，漢靈帝仍決定讓劉協即位，他把劉協托付給上軍校尉蹇碩，對他說：“我自知不久於人世了，現在何進位高權重，若立劉辨，恐他日後更加如虎添翼。我已下決心立次子劉協，你速去辦成此事！”說完後就命喪黃泉。蹇碩與何皇後的矛盾很深，他也深知何皇後的哥哥何進是兵權在握的大人物。在嫡長製的世襲製度下，劉辨是長子，是皇位的當然繼承人，而現在要廢嫡立庶，是有悖常理的。於是，蹇碩決定先下手為強，等誅殺何進後再擁立劉協。這時，漢靈帝的靈柩停放在殿中，蹇碩在四周密布伏兵，企圖等何進入殿拜奠時乘機動手將其殺死。
蹇碩手下有個司馬曾受過何進的恩惠，何進入宮後，他使了個顏色給何進。何進見勢不妙，轉身退出宮門，騎馬逃回大將軍府，調集了軍隊護衛府院，然後稱病不去上朝。蹇碩沒有得逞，隻得按照慣例，讓劉辨即位，也就是漢少帝。
劉辨即位後，尊何氏為皇太後，將國家大權交給了何進，封劉協為渤海王，以後又改為陳留王。何進知道天下人都怨恨宦官，對上次蹇碩想要對自己不利的事情更是憤恨，於是打算鏟除宦官。中軍校尉袁紹也主張誅殺宦官，兩人不謀而合。蹇碩發覺了何進的意圖，於是想先下手為強，與宦官趙忠密謀誅殺何進。這時候，有個叫郭勝的宦官與何進是同鄉，他把蹇碩的陰謀透露給了何進，何進於是派黃門令逮殺了蹇碩。
蹇碩被殺以後，袁紹勸何進把宦官勢力徹底清除掉，他說：“以前竇武想消滅宦官，由於泄露了機密，反被宦官殺了。現在將軍執掌兵權，應該替天下除害，可別錯過了機會。”何進不敢做主，去跟太後商量，何太後說什麼也不答應，並且說宦官統領禁省是漢代的製度。何進無奈，退而求其次，決定先誅殺哪些惡性昭著的宦官。
袁紹不讚成妥協，說此時不鏟除宦官勢力，會後患無窮，他替何進出謀劃策，勸何進秘密召集各地兵馬進京，迫使太後同意鏟除宦官。何進覺得這是個好辦法，決定這樣來嚇唬太後。何進的主簿陳琳聽了，連忙阻攔說：“將軍手裏有的是兵馬，要消滅幾個宦官，還不是像爐火上燒幾根毛發那樣容易？如果召外兵進京城，這好比拿刀把子交給別人，不鬧出亂子來才怪呢。”