李濟深與桂係結合在一起使粵、桂兩省處於半獨立狀態，蔣介石無法插手兩廣事務。蔣介石要倒桂，必須拆散粵桂聯盟。1929年2月，蔣介石借調停湘案為名，電邀李濟深北上，並派吳稚暉赴廣州迎接。廣東軍閥陳濟棠、陳銘樞欲排擠李濟深出廣東，力勸李濟深北上。3月11日，李濟深到達上海，與李宗仁、蔡元培、李石曾、張靜江、吳稚暉等協商湘案處理辦法。蔣介石為誘騙李濟深去南京，促請蔡元培、李石曾、張靜江、吳稚暉把李濟深請到南京。16日，桂係將領胡宗鐸、夏威電告李濟深，揭露蔣介石在長江下遊興兵。同日，李濟深致電在上海的李宗仁，表示蔣破壞統一，急需調軍討伐，以伸正義。但此電尚未發出便被蔣係特務截獲。20日，李濟深麵見蔣介石，力陳"湘事中央應格外寬恕"。"’若中央再壓迫，壓迫過甚，勢將不能接受"。"桂係打倒後，必有第二桂係者出"。李濟深指責蔣介石的言行使蔣大為惱怒。21日，蔣介石借機把李濟深囚禁於南京湯山。
蔣桂戰爭
蔣介石與李宗仁、白崇禧、李濟深等桂係軍閥之間爆發的戰爭。國民黨二次北伐期間，桂係軍閥乘機擴充實力，控製了兩廣、兩湖和平津地區，擁兵超過30萬，構成對蔣介石的最大威脅。1929年2月發生的"湘案"進一步激化了蔣桂之間的矛盾。21日，李宗仁致電蔣介石申述罷免師長魯滌平與譚道源並將其部隊遣散原由，文稱："本集團軍師長魯滌平、譚道源，任職以來，互相勾結，對於本集團軍所發命令，諸多違抗，實屬弁髦法令，破壞紀綱。湘省為匪共窟穴，該師長等剿辦不力，地方秩序，迄未恢複，人民痛苦，不獲解除。魯滌平身為省政府主席，又複濫用威權，把持中央稅收，紊亂行政係統，致餉糈計劃，無法統籌，似此擁兵恣肆，若不亟予懲處，大局前途，何堪設想。"故將其免職查辦，並將其所率部隊予以遣散。同日，桂軍夏威、葉琪兩部奉命入湘，魯滌平聞訊率部走平（江）瀏（陽），後續由水路退入江西。夏部李明瑞旅、葉部楊騰輝旅進駐長沙，楊奉命張貼李宗仁罷免魯滌平等本兼各職布告。此事成為蔣介石討桂的導火線。
日，蔣介石為進攻桂係，以長江上遊形勢嚴重為由，密令劉峙、顧祝同、繆培南、朱紹良、蔣鼎文、方鼎英、曹萬順、夏鬥寅各師長停止剿共，於3月3日以前完成出師準備。3月2日，蔣介石為進攻武漢製定第一集團軍戰鬥序列：總司令蔣介石；總參謀長何應欽；第一軍軍長劉峙，轄第一、二、九各師；第二軍軍長兼第八師師長朱紹良，轄第八、十三師及獨立第一旅；前敵總指揮兼第三軍軍長朱培德，轄第四、七、十一、十二、十八各師；總部直轄騎兵第二師、總預備隊第六、十、四十八各師及炮兵團。蔣介石同時密令各軍、師長準備出師。3日，蔣介石電令第一集團軍各師向皖贛、贛鄂邊境開拔，準備對武漢用兵。4日，李宗仁在上海對記者發表談話，稱："餘始終為擁護蔣主席完成統一之一人"，"此次處置魯部，實出於拯救湘民安輯地方之至誠，毫無個人權力雜於其間"。同日，白崇禧致電胡漢民、吳稚暉、張靜江，"請設法穩定大局，兩湘必能聽命中央"。然而蔣介石徹底製服桂係決心已定。15日，國民黨第三次全國代表大會開幕，蔣介石在《敬告全體黨員諸同誌》一文中稱"這一次的湖南事件完全表現出地方反抗中央的態度"，要求與會黨員"消弭派別的糾紛"，勿蹈西山會議覆轍，極力犧牲私意，以謀團結。大會決定永遠開除李宗仁、李濟深、白崇禧黨籍，並交中央監委會查明附逆叛徒，一並開除黨籍。
日，國民政府下令討伐桂係，文日："此次武漢政治分會，違法僭權，任免官吏，稱兵構釁，襲擊湖南，政府以和平為懷，力從寬大。除迭令擅自調動之軍隊，製止行動，撤回原防處，僅將地方軍政負責人員，免職查辦。原冀以主義相感召，促首逆諸人之覺悟，乃據第十三師長夏鬥寅有己電稱：逆軍於本日拂曉，向我英山、前山部隊進攻等語。是該逆軍等，蓄意謀叛，逆跡昭彰。前據李品仙等自唐山來電稱：白崇禧陰主武漢，逆謀破壞中央威信，強令該軍等撤退開灤，襲取平津，占領徐海，進逼首都。近又查獲李宗仁自上海致廣州黃紹竤等皓電稱：醒南參謀長，自京回滬，奉任公麵諭，時機緊急，蔣某甘冒不韙，破壞統一，亟須調動大軍，加以討伐，以伸正義。……更足證此次逆謀實為李宗仁、李濟深、白崇禧等，預有共同計劃之叛亂行為。"著令將李宗仁、李濟深、白崇禧免職，聽候查辦。蔣桂戰爭正式爆發。
蔣介石改訂戰鬥序列，以編遣會名義任命朱培德為"討逆軍"第一路總指揮兼第三軍軍長；劉峙為"討逆軍"第二路總指揮兼第一軍軍長；韓複榘為"討逆軍"第三路總指揮；何鍵為"討逆軍"第四軍軍長；陳調元為"討逆軍"總預備隊總指揮。28日，蔣介石下達進攻桂係軍作戰計劃，綱領為："討逆軍以迅速消滅兩湖反動軍隊，然後肅清兩廣之目的，分兩期作戰：第一期由三路進攻，以主力略取武漢，以一部同時攻擊長嶽路附近之敵人，務期於兩廣逆軍未到以前，一舉而殲滅之。第二期肅清湘南及兩廣之逆軍。"第一期作戰指導：第一路從江西西攻鄂南，切斷武漢至長沙鐵路，堵住桂軍南逃之路；第二路從安徽沿長江西攻武漢；第三路由河南南下武漢。總預備隊於3月29日之前，以第六、第十兩師集結於九江、瑞昌附近。海軍第二艦隊遊弋於九江以西，長江上遊，竭力妨礙敵人之行動，並援助我第二路軍作戰及渡江。航空大隊先在九江、南昌設置航空站，以後推進至義寧、袁州，對於武長路及湘南一帶，偵查敵人的行動。麵對蔣軍的強大攻勢，李宗仁將第四集團軍分為五路：第一路以何鍵為總司令，守湘東；第二路以葉琪為總司令，守青山；第三路以夏威為總司令，守黃陂；第四路以胡宗鐸為總司令，守陽羅；第五路以陶鈞為總司令，在黃陂與陽羅之間布防，以策應第三、四路。駐守湘東的何鍵部，在蔣介石尚未發起總攻時，即發表擁護南京、脫離桂係的聲明，使湖南陷於蔣介石之手。31日，蔣介石通過俞作柏動員李明瑞反桂，李之代表阮慶致電俞作柏，稱李決定到黃陂祁家灣即反攻回漢。同日阮又到九江行營反蔣報告武漢方麵軍事計劃。蔣桂發生激戰。