偉大的生物學家巴斯德雖然將葡萄種植者送走了，但這位種植者的話卻一直縈繞在巴斯德的耳畔。是的，葡萄種植者做的論斷並不完全對：他沒治好蠶病，至多是指出防止蠶生病的方法罷了。然而，難道不能由此看到治病救人的前景嗎？難道不能通過消滅微生物來製止傳染病嗎？他仿佛聽到了那個女孩子的呻吟聲，那是對他的召喚。
巴斯德認為首先要找到這些讓人生病的病菌，才有可能讓人類遠離它們。怎樣才能使病菌遠離人類呢？這個問題長期困擾著巴斯德。病菌還沒有遠離人類，戰爭卻開始了。
1870 年，普魯士同法國進行了戰爭，戰線推進到巴黎附近，法國北部城市色當淪陷後，法軍全線潰退，法國皇帝拿破侖三世做了俘虜。戰爭期間，最淒慘的工作就是救護那些傷員。在塞納河上，駛過一艘艘長長的輕便帆船，船尾上懸掛著紅十字標誌的都成了醫院。
在巴黎的聖蒙特羅醫院，巴斯德看到了上百個傷員等待救治。在外科手術室裏，十幾個外科大夫組成的手術小組在給傷員做截肢和擴創手術。
由於乙醚的麻醉作用，一切手術都在安靜地進行，聽不到病人的叫喊聲。然而，當時醫院的手術人員還沒有無菌操作的概念，就連著名的醫生都相信細菌的自生說。他們認為“病菌”是在化膿的傷口內自生的，細菌不是引起疾病的原因，而是疾病造成的產物。醫生的任務是截去化膿的肢體，根本不注意手術過程中的細菌感染。病菌造成的感染正從一個病床蔓延到另一個病床，從一個傷口傳染到另一個傷口。細菌在大量繁殖的同時使傷口不斷化膿發臭，不到24小時之內，大部分手術病人幾乎都被敗血症奪走了生命。
看到這樣悲慘的場麵，巴斯德再也無法忍受了，他不願意隻做一個顯赫的化學家，他要成為一個醫生，讓病菌消滅在治療階段。他曾經寫道：“看來，我非得同時研究化學和醫學兩種專業不可了！”
細菌到底是生物體內自生的還是外界傳染的？這一問題至關重要。如果是自生的話，那麼醫生不需要無菌操作是允許的；如果不是自生而是傳染的話，那麼任何涉及人體的操作都必須設法滅菌。
塞納河在巴斯德生活的那個時代，沒有人懷疑細菌自生的理論，可是巴斯德的研究表明，從來沒有表明任何一個細菌或球狀菌體是自生的。巴斯德通過實驗，製造細菌的隔離環境，在這個隔離環境裏就不會發生腐爛現象。
巴斯德用幾隻頸部細長、容易封口的圓底燒瓶盛上極易變質的液體：啤酒酵母液。然後，用沸煮法消毒，殺死可能含有的一切細菌。當液體沸騰時，他封閉了瓶口，造成了一個絕對純淨的無菌區。隻要瓶口封著，這些啤酒酵母液能在幾個月甚至幾年內長時間地保持不變。倘若打開瓶口，讓載有細菌的空氣進入瓶內，幾小時後，就可以看到液體變質。顯微鏡顯示出，在變質的液體內，細菌確實在大量增殖。巴斯德用無可辯駁的事實，證實了細菌是外界傳染的觀點。
漸漸的，醫學界接受了巴斯德的觀點，他們不再重複使用髒紗布，手術刀使用時用火燒一下，這些簡單的無菌操作最後演變為成套的消毒除菌技術，這項技術挽救了無數的傷病員的生命。
炭疽菌巴斯德從事醫學研究後不久，把精力集中到發現各種致病菌的實驗研究上。1878年夏天，巴斯德確定惡性炭疽病的致病菌為炭疽菌，不久，他又發現致病種類繁多的葡萄粒子菌，這種葡萄粒子菌可以引起癰、瘭疽、療癤、咽喉炎和各種膿瘡，是世界上散布最廣、危害範圍最大的細菌之一。巴斯德在研究禽類霍亂的過程中，發現了動物的接種免疫能力，後來又擴展到畜類的炭疽病免疫方麵。巴斯德的研究促進了各國科學家對致病菌的研究。
在巴斯德之後，挪威科學家漢森發現並分離出麻風杆菌；德國科學家科爾伯發現了白喉菌；巴斯德的學生用血清提取的菌苗變異物治愈了白喉；德國醫生分離出結核杆菌；巴斯德的另一個學生發現了卡介苗，結核病得到了永久的終結。
1885年，巴斯德發現了歐洲人談虎色變的虎列拉病原菌——霍亂螺旋菌，研製出了治療這種霍亂的藥物，巴斯德為霍亂的根治立下了汗馬功勞。