在製服了霍亂病菌之後，巴斯德開始向狂犬病進攻。是什麼導致巴斯德將狂犬病作為自己的研究目標呢？巴斯德說：“我的研究工作並不像某些人想象的那樣，是根據某一個一成不變的計劃進行，而是客觀世界偶然促成的：裏爾大學的學生向我談起他父親對釀酒的憂慮，促使我研究了酒精發酵……拿破侖三世的命令，又使我承擔了搶救病蠶的任務，現在人家又給我兩條瘋狗，我就隻好研究狂犬病了。”原來，一個叫布埃爾的軍隊老獸醫送給巴斯德兩條瘋狗，希望他研究為什麼瘋狗咬人會造成人的死亡。
巴斯德猜測，狂犬病的病源很可能是一種細菌，這種細菌生存在狗的唾液裏，從感染細菌到最初病狀的出現，這段潛伏期很長。巴斯德將瘋狗的唾液注射進幾隻實驗用的兔子體內，後來又用瘋狗血液重複上述實驗，但他最終都沒有觀察到這種致病菌，一向十分顯靈的顯微鏡現在似乎不那麼管用。後來人們才知道，狂犬病是一種比細菌還更微小的病毒造成的。當時巴斯德用的顯微鏡還分辨不了這些病毒。
裏爾大學雖然研究困難重重，巴斯德最後還是證實了狂犬病毒不僅存在於唾液裏，更存在於大腦內。雖然巴斯德當時還無法分離出狂犬病毒，但是他仍然堅持要製成抗狂犬病的疫苗。經過3個月反複的實驗，巴斯德在法國巴黎科學院宣布：狂犬病有了它的疫苗。
1885年7月6日，9歲的梅斯特來到巴斯德的住所。這個孩子被瘋狗咬傷達10處之多，別的醫生經過診斷都宣布這孩子生還無望。巴斯德給他接種了疫苗，最後小梅斯特在巴斯德的治療下複原了。巴斯德的第二個病人也同樣得到了成功的治療。初步的成功，轟動了整個歐洲，人們紛紛把病人送到巴斯德這裏，他是世界上唯一能把他們從狂犬病中挽救出來的人。
截止到1886年10月，巴斯德已經治愈了大約2500人，他治療狂犬病的失敗機率是1/170。到1935年為止，約有51057人被瘋狗咬後在巴黎巴斯德研究院進行了接種，死亡率約為0.29%。
人類征服了狂犬病。
巴斯德取得了巨大成就，他在致病原因及抗病疫苗的研究上的偉大貢獻讓他成為現代細菌病理學的偉大奠基人。1888年，法國為了表彰巴斯德的傑出貢獻成立了巴斯德研究院。不幸的是，當時巴斯德的身體已經十分虛弱，他甚至不能親自在研究院成立典禮上講話，巴斯德隻發表了書麵講話。他說：“當今，似乎人類社會有兩條相反的規律正在激烈地相互搏鬥。一條是流血與死亡的規律，它總是設想著破壞性的手段並迫使各民族陷入水深火熱的災難；另一條是和平、工作和健康，它則總在發展新方法並把人類從災難的重圍中解救出來。”為了第二條規律，巴斯德貢獻了他畢生的才華和整個生命。
巴斯德倒下以後，科學家科赫、艾爾利希、弗萊明、多馬克等人前仆後繼地向危害人類生命的疾病衝擊。人類的健康狀況日益改善，人口平均壽命日益見長，這與巴斯德的貢獻是分不開的。
人們懷念巴斯德，他將流芳百世。
回首曆史，我們不難看到瘟疫的身影，瘟疫曾奪去地球上數以億萬計人類的生命，曾蹂躪過人類創造的財富，它帶給我們的不隻是噩夢，更是毀滅。
雅典瘟疫
2400 多年以前，一場來勢凶猛的疾病幾乎摧毀了整個雅典。在 1 年多的時間裏，雅典的市民們仿佛生活在無邊無際的噩夢之中，身邊強壯健康的年輕人會突然發高燒，咽喉和舌頭充血並發出異常惡臭的氣味，不幸的患者打噴嚏，聲音嘶啞，因強烈的咳嗽而胸部疼痛，最後失去生命。
一位醫生發現用火可以防疫，古老的雅典得到了挽救。
流感
公元前412年，希波克拉底已經記述了類似流感的疾病。19世紀，德國醫學地理學家詳細列表記述了自1173年以來的曆次類似流感的流行病爆發情況，從他的記述中可以看到由流行性感冒引起的第一次流行病於 1510 年發生在英國。後來在 1580 年、1675 年和 1733 年也曾出現過流行性感冒引起大規模流行病的情況，但對流感大流行最早的詳盡描述是在 1580年，自此以後，文獻中共記載了 31 次流感大流行。其中，1742～1743 年由流行性感冒引起的流行病曾涉及90%的東歐人，1889～1894年席卷西歐的“俄羅斯流感”，發病範圍廣泛，死亡率很高，造成嚴重影響。