亞裏士多德亞裏士多德在一定程度上繼承了柏拉圖的哲學思想。他相信理念論，也相信物質與精神的二元論。但他與柏拉圖不同，亞裏士多德並不把物質世界和精神世界截然分開，相反地，他認為形式和物質是結合在一起成為一個整體的。亞裏士多德在研究生物體的發育時，認為發育的最後階段（成體）解釋了在早期階段發生的形態變化。在他看來，一個胚胎之所以能夠發育成人，是因為它蘊涵著人這種形式（形式因），其目的是要發育成完整的人（目的因）。亞裏士多德還區分了潛在性和實際性，認為所有的變化都涉及從一個潛在狀態到實際狀態的變化，因此，在亞裏士多德看來，胚胎是潛在的人，而嬰兒則是實際的人。目的因的說法在後來被發展成了目的論。亞裏士多德的“目的因”隻是表明生物體一種內在的屬性，但是“目的”也暗示了有意識的創造，因此生物體及其器官似乎是為了某種特殊的目的而被設計出來的（眼睛是為了看、耳朵是為了聽而設計的），而每一個物種也都是為了實現某個目的而創造出來的。羅馬帝國的老普利尼（公元23～79年）即聲稱所有物種都是為了人的需要而創造的。但是這個目的是由誰來設定的，又是由誰來創造的呢？在基督教統治歐洲之後，目的論就與基督教的神創論相結合起來。上帝不僅創造萬物，而且為萬物設定了目的。
設計論
我們所生存的空間複雜而有序，似乎是經過人們設計出來的。從柏拉圖、亞裏士多德開始，這種設計就被用於證明神的存在。古羅馬演說家西塞羅（公元前106～前43年）用一個著名的例子說明了這一點：“當你看到一個日晷或一個水鍾，你看得出它是通過設計而不是偶然來報時的。那麼，既然宇宙擁有一切東西，包括這些製造物本身及其製造者，你怎麼能夠想象宇宙作為一個整體是沒有目的和智能的呢？”
西塞羅17世紀，現代科學興起，出現了一個用客觀的科學標準證明上帝的存在的思潮。一些信徒們試圖通過研究大自然來領悟上帝的旨意，有的甚至認為這比研究《聖經》還要可靠。這個流派被稱為自然神學。18世紀，盡管遭遇啟蒙運動的挑戰，自然神學仍然生機勃勃，一名英國牧師威廉·佩利在1802年出版的《自然神學》一書描述了許多生物體複雜結構以及它們對環境的巧妙適應的例子，對年輕的達爾文有很大的影響。
上帝創造每種動物的器官非常巧妙，看看獅子的頭“來自設計的論證”是自然神學基礎：世界複雜而有序，它們不可能是隨機自然形成的，而隻能是由一個智能設計者有目的地創造出來的。佩利在其著作中生動地論述了西塞羅已經想到過的“手表類比”，以後經常被作為佩利的發明提及：設想你走過一片荒野，腳踏在石頭上，你可能會假定這些石頭一直就在那裏，而不會追問它們是怎麼來的；但是如果你在地上見到了一塊手表，你就會奇怪它怎麼會在那裏，而且你知道這塊手表不可能是自然而然地出現在那裏的，一定是由某個手表匠製造出來的。他由此推論說：“在手表中存在的每一個加工的跡象，每一個設計的表現，在大自然的產物中也都存在著；並且，大自然的產物遠勝手表，超出了一切人為的計算。”既然手表一定有一個創造它的手表匠，大自然也就應該有一個設計它的智能設計者，也就是上帝。
既然生物是由上帝創造的，那麼通過仔細研究生物，特別是動物，就可以發現上帝的威力和智慧，而且也可以發現上帝的仁慈。每種動物的每個器官是如此巧妙地適應了它們的生活方式，這表明上帝非常關心他的創造物。例如，看看獅子的爪和牙，難道不是非常適合於捕捉獵物嗎？然而，一個顯而易見的問題是，對獅子的仁慈不是意味著對獵物的殘忍嗎？一個仁慈的上帝怎麼會創造出以殺戮為生的動物？自然神學家辯解說，讓那些老弱病殘的獵物在獅子爪牙之下迅速死亡，實際上減輕了它們的痛苦，因而是仁慈的。但是獅子顯然並非隻追殺老弱病殘的獵物。因此自然神學家又發明了一種說法，殺戮是為了保持“自然的平衡”，如果一個物種的數量過多，就需要有捕食者來捕殺它們以保持自然係統的穩定。如果我們同意殺戮可以作為保持“自然的平衡”的一種仁慈方式的話，那麼對寄生在人體身上的跳蚤、虱子、蛔蟲等等，除了折磨人之外，實在想不出有何仁慈可言。自然神學家隻好做了讓步，承認有的東西是為了懲罰人類的原罪而設計出來的，這當然算不上什麼仁慈。戴維·休謨英國哲學家戴維·休謨在死後出版的《關於自然宗教的對話》一書中，駁斥了“來自設計的論證”，其中一個理由就是“用高級標準來衡量，這個世界是有缺陷、不完美的，是某個幼稚神靈的首次粗淺嚐試，然後由於對其成果感到羞恥而拋棄了它”，換句話說，我們無法用這個不完美的世界來證明萬能上帝的存在。