新地皇四年，更始政權遷都洛陽後，派史招撫赤眉軍，樊崇當即屯兵濮陽，親帶首領二十多人赴洛。劉玄封樊崇等人為列侯，而未安置其部下大軍。樊崇因大軍無著落，為了團聚部眾而逃回軍營，赤眉軍與更始政權分裂。此後，赤眉軍自濮陽轉入潁川。分兵兩路，一路由樊崇、逢安率領；一部由徐宣、謝祿、楊音率領，向西挺進，這一行動立即引起了從更始政權中分裂出來的劉秀的注意。劉秀預感到赤眉軍必能攻下關中，便令鄧禹、馮等參預夾攻。劉玄更始二年（24年），樊崇與徐宣分擊武關和陸渾關。次年正月會師於弘農，擊敗蘇茂，自立牧童劉盆子為帝，徐宣任丞相，樊崇任大司馬。三月，再敗更始丞相李鬆軍與蓩鄉。東漢軍鄧禹趁機攻殺更始大將樊參，又打敗了王匡，成丹所部，盡奪河東之地。七月間，王匡、張印等投入赤眉。九月，赤眉軍攻入長安，劉玄投降，綠林軍潰散。漢建武二年（26年），關中營保兵長看到赤眉軍隻代表農民利益，並不是他們的依靠對象，便采取堅壁清野之術與其相抗，致使長安糧盡。赤眉軍再度西行，轉戰於安定，北地一帶，又攻隴西不入而轉回長安。鄧禹率東漢軍攝其後。年底，長安大饑，赤眉軍二十萬人開始東撤，歸途已被劉秀所切斷。建武三年初，赤眉軍於崤底被馮異所率漢軍擊破，東向宜陽又陷入劉秀所設下的重重包圍，終因饑寒交迫無力再戰，十餘萬大軍被劉秀所收編。
至此為止，曾經聲威大振，浴血奮戰，推翻王莽政權的綠林、赤眉兩支出色的農民武裝，終於在內部分裂，失策，以及東漢政權的鎮壓和地主勢力的反對麵前，全部瓦解，隻留下了他們的曆史英名。
昆陽之戰
漢更始元年（23年）春，劉縯等所率起義軍敗嚴尤、陳茂等部之後，兵力增至十幾萬人，遂進圍宛城（今河南南陽）。當時據守宛城的是王莽棗陽守長岑彭，及前隊副將嚴說二人。正當圍攻宛城之際，綠林軍內部突然分成兩派。以李通兄弟及新市、下江、平林諸軍的多數派，想擁立劉玄為帝，以號召天下；以劉縯為首的所謂南陽豪傑是少數派，則想先聯合赤眉軍攻王莽，然後再稱尊號。實際上這一派想擁立劉縯。但少數派終究勢弱，爭之不得，劉玄遂於是年二月初一被擁為更始皇帝，即位於淯水岸邊的沙壩。隨後，劉玄封其族父劉良為國三老，新市兵帥王匡為定國上公，王鳳為成國上公，朱鮪為大司馬，平林兵帥陳牧為大司空，劉縯為大司徒，其餘諸將皆封為九卿，將軍。從此，兩派開始暗中爭鬥。
劉玄被立為更始皇帝之後，遂以滅新複漢為號召，一麵以主力約十萬人圍攻宛城，另派平林兵之一部攻新野；一麵於是年遣約2萬人，由王鳳率領，以及廷尉大將軍王常、五威將軍李軼、太常偏將軍劉秀等人，向潁川（今河南禹縣）、洛陽等地進擊。是月，王鳳等人即連克昆陽（今河南葉縣）、定陵（今河南偃城西北）、偃（今河南偃城）等地。此時，青州、徐州方麵的赤眉軍，聽說劉玄稱皇帝號，也紛紛自稱將軍，聲勢益壯。王莽聽說後，大為恐懼，一麵遣其太師王匡、國將哀章等率軍進討青、徐；一麵派司空邑、司徒王尋等人趕赴洛陽，征發各州郡精兵，成立討伐軍，進討綠林軍。除了由各州郡牧守自己率軍之外，還征用了自稱懂得兵法之人36家，以備軍吏。又以長人（巨人）巨無霸為壘尉，並帶了許多猛獸，像猛虎、豹、犀牛和大象之類，以助軍威，企圖一舉消滅綠林軍。到夏初，各州郡到達洛陽集中的精兵已達43萬人，號稱百萬，並立即開始南進。其餘在道者，旌旗、輜重，千裏不絕，聲勢浩大，自古出兵之所未有。五月，王邑、王尋軍進抵潁川，與嚴尤、陳茂軍會合。此時，漢軍王鳳所部劉秀所率數千人也已進抵陽關（今河南禹縣西北），欲進窺洛陽。及聞王邑大軍南下，便聞風而退。二日後，王莽軍先頭部隊已進抵昆陽城郊。王鳳等諸將見王莽軍聲勢浩大，都向後撤退，急忙入據昆陽城，惶怖不安，懷念妻子，並想散歸諸城。劉秀說：“如今兵穀既少，而外寇強大，隻有並力作戰，方可希望成功。如果分散據守，勢無俱全。而且宛城還未攻破，其勢不能相救。昆陽若被攻破，一日之間，我軍各部便會被消滅。如今不同心共膽，共舉功名，反而想守保妻子財物嗎？”諸將大怒，說：“劉將軍何敢如是？”劉秀笑著站到了一邊去。這時，探馬來報：“王莽大軍快要到達城北，軍陣數百裏，不見其尾。”諸將平時很輕視劉秀，此時形勢危急，手足無措，隻好說：“再請劉將軍談談怎麼辦？”劉秀便又為他們圖畫成敗，諸將聽後，皆許諾聽從。當時，城中漢軍隻有八九千人，劉秀讓王鳳和遷尉大將軍王常堅守昆陽，自己乘夜和五威將軍李軼等十三騎從南門衝出，到外麵去調集援兵。當時已有一部分王莽軍進至城下，劉秀他們幾乎出不去。