六月二十四日，下詔書說：“設官置吏，是為了管理百姓。現在百姓遭難，戶口減少，而縣級官吏設置仍很繁冗，命令司隸校尉、州牧各自核實所轄各部，裁減官員。縣、國不足以安置長吏而可以合並的，上報大司徒、大司空二府。”於是各級官吏分別上奏合並削減四百餘縣，吏職裁撤，十個留一個。
代郡太守劉興於高柳進攻盧芳將領賈覽，戰死。起初，樂浪人王調占據樂浪郡不服從。秋天，光武帝派遣樂浪太守王遵進攻他，郡吏殺死王調投降。派遣前將軍李通率領二位將軍，與公孫述的將軍交戰於西城，打敗了他們。
夏天，發生蝗災。秋天九月四日，光武帝赦免樂浪郡犯謀反、大逆、殊死罪以下的犯人。三十日，這一天有日食。
冬天十月十一日，光武帝詔書說：“我德薄不明智，寇賊為害，強弱相陵，百姓流離失所。《詩經》說：‘日月顯示凶兆，不按其道運行。’長時間考慮這一災禍，心中很內疚。敕令公卿薦舉賢良、方正各一人；百官都可以呈上密封的奏章，不要有所隱諱；各自辦理職責內的事務，務必遵守法度。”
十一月某一天，光武帝詔命王莽時吏民被罰為奴婢而不合乎舊有法律規定的人，都釋放為百姓。
十二月二十七日，大司空宋弘被免職。二十八日，下詔書說：“此前戰事不斷，費用不足，所以實行十一之稅。現在軍隊屯田，糧食儲備略有增加。命令郡國收取田租實行三十稅一，如同老製度。”隗囂派遣將領行巡侵犯扶風，征西大將軍馮異抵禦並擊敗了他。
這一年，光武帝初次廢除郡國都尉官。開始派遣列侯前往各自的封國。匈奴派使者來進貢，光武帝讓中郎將回報。
七年春天正月初二，詔命中都官、三輔、郡、國釋放囚犯，不是犯死罪的人，都一律不再追究他的罪。現有囚徒釋放為平民。犯耐罪而逃亡的人，官吏寫布告免除他們的罪名。
光武帝又下詔說：“世上以厚葬為有德行，薄葬為鄙陋，以至於富有的人奢侈無度，貧窮者耗盡資財，法令不能禁止。禮義不能勸阻，戰亂時墳墓被盜挖，才明白厚葬的禍害。布告天下，叫大家知道忠臣、孝子、慈兄、悌弟薄葬送終的道理。”
二月十七日，光武帝廢除護漕都尉官。
三月四日，光武帝詔書說：“現在國家有眾多的軍隊，並且大多精壯勇武，應當暫且遣散輕車、騎士、材官、樓船士以及臨時設置的軍吏，讓他們重新成為百姓。”公孫述立隗囂為朔寧王。
三十日，發生日食，光武避開正殿，停止軍事行動，不聽政事五天。詔書說：“我德薄招來災禍，譴責見於日月，戰慄恐懼，還能說什麼呢！現在正在考慮自己的過失，希望能消除災禍。命令官吏各自負起職責，遵守法令製度，施加恩惠給百姓。眾官僚各自呈上密封奏章，不要有所隱諱。凡上書的人，不得稱我聖明。”
夏天四月十九日，光武帝詔書說：“近年陰陽錯亂，出現日食、月食、百姓有過失，責任全在我一人，大赦天下。公、卿、司隸、州牧薦舉賢良、方正各一人，叫他們前往公車報到，朕將親自召見考察他們。”
五月六日，前將軍李通為大司空。二十二日，光武帝詔命吏民因遭遇饑荒戰亂以及被青、徐二州賊人劫掠為奴婢或小妾的人，願意離去或留下的，任其選擇。敢於拘留不放的，以賣人法處置。這年夏天，出現連陰雨。以漢忠將軍王常為橫野大將軍。
八月二十六日，光武帝封前河間王劉邵為河間王。隗囂侵犯安定，征西大將軍馮異、征虜將軍祭遵打退了他們。冬天，盧芳所任命的朔方太守田颯、雲中太守喬扈各自舉郡投降。這一年，光武帝撤銷長水、射聲二校尉官。
八年春正月，中郎將來歙襲擊略陽，殺死隗囂守將而占領了該城。夏天四月，司隸校尉傅抗下獄死。隗囂進攻來歙，不能攻陷城池。閏月，光武帝親自討伐隗囂，河西大將軍竇融率領五郡太守與車駕相會於高平。隴右潰敗，隗囂逃到西城，派遣大司馬吳漢、征南大將軍岑彭圍困了西城；車駕進抵上邽，敵軍不降，命虎牙大將軍蓋延、建威大將軍耿弇攻打敵軍。潁川盜賊侵占屬縣，河東郡的守軍也叛變了，京師騷動。
秋天，發大水。八月，光武帝從上邽日夜東進。九月初一，光武帝車駕回到洛陽宮中。六日，光武帝親自征討潁川盜賊，盜賊全部投降了。安丘侯張步叛逃回琅邪，琅邪太守陳俊征討並俘獲了他。二十四日，光武帝從潁川回到京師。
冬天十月二十二日，光武帝駕臨懷縣。十一月二日，他從懷縣回到京師。
公孫述派兵援救隗囂，吳漢、蓋延等回到長安駐紮。天水、隴西重又叛變歸順隗囂。
十二月，高句麗王派使者進貢。這一年天下鬧大水。
九年春天正月，隗囂病死，他的將領王元、周宗又擁立隗囂的兒子隗純為王。遷移雁門郡吏民到太原。
三月某日，光武帝初次設置青巾左校尉官。公孫述派遣將軍田戎、任滿據守荊門。
夏天六月六日，光武帝駕臨緱氏，登上轘轅山。後來，他派遣大司馬吳漢率四位將軍打敗盧芳的將領賈覽於高柳，戰鬥不利。