中元元年春天正月，東海王劉強、沛王劉輔、楚王劉英、濟南王劉康、淮陽王劉延、趙王劉盱都來朝見光武帝。二十八日，光武帝巡視東方。二月十日，駕臨魯國，進而駕臨泰山。北海王劉興、齊王劉石朝見光武帝於東嶽。二十二日，焚柴望祭岱宗，登臨泰山，聚土為壇而祭天；二十五日在梁父打掃幹淨場地而祭地。三月三十日，司空張純死了。
夏天四月五日，光武帝車駕回到洛陽宮中。十一日，他大赦天下，免征贏、博、梁父、奉高等地的徭役，不交今年的田租和飼草。改年號為中元。並駕臨長安。二十日，祭祀長陵。五月二十八日，從長安回到洛陽。
六月二十四日，太仆馮魴為司空。二十八日，司徒馮勤死了。
這年夏天，京師發現有甘美的泉水湧出，喝了這泉水的人所有頑症都可以治愈，惟有盲人、跛人不能治。又有赤草長在水邊。郡國頻頻報告發現甘露。
群臣上奏道：“地神顯靈而朱草萌生。孝宣帝每有嘉瑞，就改年號，神爵、五鳳、甘露、黃龍，都用來紀年，這是為了把感應送給天地神靈，表彰德信。因此化為升平，稱作中興。當今天下清平安寧，靈物不斷降世。陛下心存謙虛退讓，推辭而不願自應瑞征，但是怎麼可以讓吉祥的符應和明顯的喜慶湮沒而無聞呢？應當命令太史把祥瑞記錄編集起來，傳給後世。”
光武帝不同意，他常常自己謙稱無德，每當郡國上奏祥瑞，就壓下而不接受，因此史官很少能記載下來。秋天，有三個郡國出現蝗災。冬天十月六日，司隸校尉東萊人李為司徒。
十九日，派司空告祭高廟說：“高皇帝與群臣約定，非劉氏不封王。呂太後殘害三個趙王，擅自封呂氏為王，仰仗社稷之靈，呂祿、呂產被誅除，天命幾乎旁落他人，危急的朝廷重新安定。呂太後不應該配享高廟，與至尊同在祖廟。簿太後德性仁慈，孝文皇帝賢明治國，子孫仰賴他們的福蔭，延續皇室至今。上薄太後尊號為高皇後，配享地神。遷呂太後廟主到園寢，四時上祭。”
十一月三十日，這一天有日食。這一年，初建明堂、靈台、辟雍，以及北郊兆域。光武帝宣布圖讖於天下。免除濟陽、南頓本年的徭役。參狼羌人侵犯武都，打敗郡兵。隴西太守劉盱派兵援救武都，與武都郡兵一起討伐反叛的羌人，全都打敗了他們。
二年春天正月初八，光武帝開始建立北郊，祭祀後土。東夷倭奴國國王派來使者進貢。
二月五日，光武帝死於南宮前殿，享年六十二歲。遺詔說：“朕無益於百姓，全依照孝文皇帝製度，後事務必節省。刺史、二千石長吏都不要離開城池，不要派屬吏或用郵傳上書致哀。”
當初，武光帝久在軍中，厭惡戰爭，而且知道天下疲憊不堪，盼望安定的生活。自從隴、蜀平定以後，不是緊急情況，未曾再談論軍事。皇太子曾經問起攻戰的事情。光武帝說：“過去衛靈公問戰法，孔子不回答，這種事不是你所該做的。”
他每天一大早就上朝，日頭偏西才退朝。多次召見公卿、郎將講論經書的道理，夜半時分才睡覺。皇太子見到光武帝勤勞不怠，找機會勸說道：“陛下擁有夏禹、商湯的賢明，而沒有黃帝、老子休生養性的福氣，希望能保養精神，優遊自寧。”光武帝說：“我自己樂意這樣，並不為此感到勞累。”雖然親身建立大業，卻兢兢業業好像能力不夠一樣，所以他能賢明慎重地對待國事，總攬大權，量時度力，所辦的事沒有什麼過失。他辭退功臣而任用文官，收藏起弓箭而放馬牛回歸民間，雖然治國之道未能和古代聖賢的時候相比，這也算是配得上止息幹戈的“武”字了。
劉秀平隗囂
劉秀平定關東以後，為了徹底消滅割據勢力，建立統一政權，發動了對盤據西北的隗囂的討伐戰爭。隗囂據天水、隴西、安定、北地四郡，直接威脅著關中。他鑒於更始失敗後，所謂的“人心思漢”的觀念已經改變，而代之以“上可為六國，下不失尉佗”的思想，想要與公孫述，竇融三足鼎立，這當然違背了劉秀的一統政策，劉秀開始以重爵予以拉攏，不成，則舉大兵進行征服。
東漢建武六年（30年）三月，光武帝劉秀向隗囂下一詔書，內稱要舉大兵經過天水去伐蜀，主要是想以借道的名義，而深入隗囂盤據的腹地。劉秀一麵派遣大將軍耿弇、蓋延等七將，兵約八萬多人，從隴道西上；一麵派來歙奉手書勸囂降，真可謂兵威利誘，雙管齊下。隗囂見到來歙送來光武帝的手書，猶豫不決，當來歙督促他時，他就把來歙囚禁起來，而派大將王元率兵據隴坻（在今陝西隴縣西南），伐木阻塞道路以堅守。同年五月二十一日，光武帝親自到長安，督率各路軍馬；耿弇等七將軍，開始對隴坻的王元守軍進行仰攻，結果被王元的反擊打得大敗。各軍下隴山東退，王元在後緊追不舍，幸虧馬武率軍在後麵拚力撕殺。殺死追兵數千人，漢軍才得以東還。這是光武帝平定關東群雄以來所遭受的第一次大的失敗。