漢軍退回到關中，吳漢屯駐長安，岑彭還據津鄉。這樣，就完全恢複了戰前的形勢，安定、北地、天水、隴西四郡，又為隗囂占據。
東漢建武九年（33年）春隗囂生病，再加上連年戰爭之後，糧食極其缺乏，隗囂餓食糗，怨恨而死。王元、周宗等擁立隗囂的小兒子隗純為王，仍盤據冀（今甘肅甘穀縣南），公孫述派遣他的將領趙匡、田弇援助隗純。同年秋，來歙以隗囂已死，隗囂內部更加危困，就又上書獻弱敵之計說：“公孫述以隴西、天水為屏障，這才得以苟延殘喘。今二郡平蕩，那麼公孫述就會無可奈何。我們應該多選兵馬，備足糧草。現在西州剛剛被平定，兵疲民饑，如果能募集財穀，就可以集結兵眾。我很清楚國家的支出還有很多方麵，用度不足，但是這也是不得已呀。”理就在積穀六萬斛作為備用。同年八月，來歙開始兵分二路進攻隗純，以耿弇率兵二萬多人，攻打高平第一城；來歙自己率領馮異、蓋延、馬成、城五大約六七萬直接攻打隗純。到建武十年（34年）七月，在天水把公孫述的將領趙匡、田弇打得大敗，並斬了他們二人的首級，遂向落門（今隴西縣東南）發動進攻。
耿弇攻高平第一城，把守該城的是隗純的大將高峻，率領兵眾一萬多人堅守。耿弇圍攻該城達一年之久，總不能攻下。建武十年8月25日，光武帝劉秀再次來到長安，遂派寇恂攜書前往招降，這樣才攻克了高平第一城。當寇恂奉光武帝聖書到高平第一城，高峻派他的軍師皇甫文出城相見。皇甫文辭意不屈，寇恂大怒要斬殺皇甫文，其他將領認為這樣做不妥，“高峻有精兵萬人，大多都有強弩，西遮隴道，連年不下，現在把皇甫文斬首，那又怎麼可能進行招降呢？”寇恂不聽，仍把皇甫文斬首，並派回他的副使告訴高峻說：“軍師無禮，已經把他殺掉了。要投降就趕快投降，不投降，就隻有固守。”高峻聽後非常惶恐，當天就開城投降。寇恂的其他將領因此迷惑不解而問寇恂說：“殺了他的使臣，卻又獻城投降，為什麼呢？”寇恂說：“皇甫文是高峻的心腹，他的計謀全出自他的軍師皇甫文。軍師來見，辭意不屈，必定沒有投降之心，如果不殺軍師，正中軍師之計，如今殺了軍師，就等於嚇破了高峻的膽，所以軍師一死，高峻也立即投降。”寇恂的識略確實不凡。
來歙攻落門，又攻打了一年多，到建武十年十月，才攻破落門。於是，隗純的大將王元認為冀城已經孤立，其勢不能持久，就奔蜀投公孫述；而周宗、行巡、苟宇、趙恢各將，遂率隗純開城投降，至此隴西全被平定。光武帝劉秀平隗囂，從建武六年五月開始向隗囂發動進攻，到建武十年十月隗純投降，前後經曆了四年多的時間，隴西才被平定，從此可以看出平隗囂的戰爭是艱難異常的。
獻帝本紀
東漢獻帝名劉協，是漢靈帝的兒子，劉協的母親王美人被何皇後殺害。中平六年四月，少帝劉辯即位，封劉協為勃海王，後又遷封為陳留王。
九月甲戌日，劉協即帝位，當時才九歲。把皇太後遷到永安宮。他大赦全國犯人。改年號昭寧為永漢。丙子日，董卓殺死皇太後何氏。
獻帝開始規定侍中、給事黃門侍郎各六名，賜給公卿以下至黃門侍郎每家一人作郎，用來補充宦宮所領管的各個部門，並在殿上侍奉。乙酉日，獻帝任命太尉劉虞為大司馬。董卓自封為太尉，外加鈇鉞儀仗、虎賁衛士。丙戌日，太中大夫楊彪升為司空。甲午日，把豫州牧黃琬升為司徒。派遣使臣到祠廟祭吊已故太傅陳蕃、大將軍竇武等。冬季十月乙巳日，獻帝為靈思皇後舉行葬禮。白波賊侵犯河東，董卓派遣他的將領牛輔前去攻打。
十一月癸酉日，董卓自封為相國。二十月戊戌日，司徒黃琬升為太尉，司空楊彪升為司徒，光祿勳荀爽升為司空。並裁去扶風都尉，設置漢安都護。獻帝頒布詔書除去光熹、昭寧、永漢三個年號，仍然恢複中平六年的年號。
初平元年春正月，崤山以東各州郡起兵討伐董卓。辛亥日，獻帝大赦全國犯人。癸酉日，董卓殺死了弘農王。白波賊又侵犯東郡。
獻帝二月乙亥日，獻帝罷免太尉黃琬、司徒楊彪。庚辰日，董卓殺死城門校尉伍瓊、督軍校尉周珌。任命光祿勳趙謙為太尉，太仆王允為司徒。丁亥日，獻帝將都城遷到長安。董卓驅趕京城內的百姓全部向西遷移入關內，自己卻留在畢圭苑屯駐。壬辰日，白色長虹穿過太陽。