三月乙巳日，皇帝禦駕駛入長安，進入未央官。己酉日，董卓放火焚燒洛陽城內的宮殿，廟宇及民房。戊午日，董卓殺害了太傅袁隗、太仆袁基，並誅殺了他們的族人。
夏五月，司空荀爽去世。六月辛醜日，獻帝任命光祿大夫種拂為司空。大鴻臚韓融、少府陰修、執金吾胡母班、將作大匠吳修、越騎校尉王安聚集在關東，後將軍袁術，河內太守王匡分別將他們逮捕並殺害，惟獨韓融幸免。董卓廢除五銖錢，改鑄小錢使用。
冬季十一月庚戌日，鎮星、熒惑、太白三顆星在蒼龍七宿的第六宿尾相彙合。
這一年，有關部門奏報獻帝，和帝穆宗、安帝恭宗、順帝敬宗、桓帝威宗四位皇帝因為沒什麼功德，稱號為宗不適合，又因為和帝母親恭懷皇後、安帝的祖母敬隱皇後、順帝母親恭湣皇後並非嫡妻，稱為皇後也不適宜，請求將他們的尊號都除去。劉協批示：“可以”。孫堅殺死荊州刺史王叡，又殺死南陽太守張谘。
初平二年春正月辛醜日，獻帝大赦全國犯人。二月丁醜日，董卓自封為太師。
袁術派遣大將孫堅與董卓的大將胡軫在陽人大戰，胡軫的軍隊大敗。於是董卓挖了在洛陽諸帝王的陵墓。夏季四月，董卓進入長安。六月丙戌日，發生地震。秋季七月，司空種拂免官，光祿大夫濟南淳於嘉升為司空。太尉趙謙免職，太常馬日磾升為太尉。
九月，蚩尤旗星出現在蒼龍星角、亢星中。冬十一月壬戌日，董卓殺死衛尉張溫。十一月，青州黃巾軍侵犯太山，被太山太守應劭打敗。黃巾軍轉而侵犯渤海，與公孫瓚大戰於東光，再次被打敗。這年，長沙有一個人死了一月後又複活。
初平三年春正月丁醜日，獻帝大赦全國犯人。袁術派遣大將孫堅到襄陽攻打劉表，孫堅戰死。袁紹與公孫瓚在界橋相戰，公孫瓚的軍隊大敗。
夏四月辛巳日，獻帝殺死董卓，並誅殺了他的三族。司徒王允總領尚書事，掌管朝政，派遣使臣張種去崤山以東安撫慰問百姓。
青州黃巾軍攻打兗州，在東平殺死兗州刺史劉岱。東郡太守曹操在壽張攻打黃巾軍，黃巾軍投降。
五月丁酉日，獻帝大赦全國犯人。丁未日，征西將軍皇甫嵩升為車騎將軍。
董卓的部下將領李傕、郭汜、樊稠、張濟等人謀反，攻打京師。六月戊午日，攻陷京城長安，太常種拂、太仆魯旭、大鴻臚周奐、城門校尉崔烈、越騎校尉王頎都戰死，官吏百姓死了一萬餘人。李傕等人都自封為將軍。巳未日，獻帝大赦全國犯人。李傕殺死司隸校尉黃琬，甲子日，又殺死司徒王允，將兩家族人一並誅殺。丙子日，把前將軍趙謙升為司徒。
秋七月庚子日，大尉馬日磾升為太傅，總領尚書事。八月，獻帝派遺馬日磾與太仆趙岐，持符節前往全國各地慰問安撫。車騎將軍皇甫嵩升為太尉。並罷免司徒趙謙。
九月，李傕自封為車騎將軍，郭汜為後將軍，樊稠為右將軍，張濟為鎮東將軍。張濟出兵屯駐弘農。甲申日，司空淳於嘉升為司徒，光祿大夫楊彪升為司空，都總領尚書事。冬十二月，太尉皇甫嵩初免官。光祿大夫周忠升為太尉，參與總領尚書事。
初平四年春，正月祿一甲寅日，出現日食。丁卯日，獻帝大赦全國犯人。
三月，袁術殺害揚州刺史陳溫，占據淮南。長安宣平城門外有一間房屋自己倒塌。
夏五月癸酉日，天空有雷聲但沒有陰雲。六月，扶風刮起大風，並下雨加冰雹。華山出現山崩現象。太尉周忠被免官，太仆朱俊為太尉，總領尚書事。下邳的賊人闕宣自稱天子。這一年天降大雨，派遣禦史裴茂審訊奉皇帝命令拘禁的犯人，酌情從輕處理。六月辛醜日，西北部出現天狗星。
九月甲午日，儒生四十餘人參加考試，考試成績最優等的賜為郎中，次一點的為太子舍人，落第者罷免官職。獻帝並頒布詔書說：“孔子曾歎息‘所學的不講習’。不講習，所學的知識就會逐漸忘記。現在這些老年儒生已年過六十，背井離鄉，為生存奔波，不能專心從事所學知識。從幼小時入學，直到頭發白了空空而歸無所收獲，長年地從事田間勞作，斷絕了作官的念頭，我非常同情他們。依照規定應罷官的人，仍保留為太子舍人。”
冬十月，皇帝到太學巡視，車駕到永福城門，觀看太學生們的禮儀，分等級賞賜博士以下的人。辛醜日，京城發生地震，彗星掃過天市星。司空楊彪被罷免，太常趙溫升為司空。公孫瓚殺死大司馬劉虞。
十二月辛醜日，發生地震。司空趙溫被免官。乙巳日，衛尉張喜升為司空。這一年，琅邪王劉容去世。
興平元年春正月辛酉日，獻帝大赦全國犯人，改年號為興平。甲子日，皇帝舉行加冕禮。二月壬午日，追封皇母諡號為靈懷皇後，甲申日，將皇母改葬在文昭陵。丁亥日，皇帝耕種籍田。