南陽黃巾軍張曼成起兵，自稱神上使，兵眾數萬人，殺郡太守褚裒，聲勢很大。後來張曼成被後任太守秦頡殺害，黃巾軍就推舉趙弘為帥，黃巾軍又逐漸強盛，兵眾遂達十多萬人，占據宛城（今湖北荊門縣南）。朱俊與荊州刺史徐璆及秦頡合兵圍攻趙弘，敵人從六月到八月圍城，一直攻克不下；有司上奏彈劾朱俊，主張對朱加以懲治，司空張溫上疏靈帝為朱俊辯解：“昔秦用白起，燕任樂毅，都經過曠年曆戰，才得以克敵。朱俊在討伐潁川的黃巾軍時已立有戰功，引師南指，方略已定；臨軍易將，為兵家之大忌，應該寬限時日，責其成功”。靈帝聽從張溫之言而沒有懲治朱俊。朱俊開始向趙弘發動進攻，並殺死了趙弘。黃巾軍的將帥韓忠又重新占據宛城，以抗拒朱俊。朱俊采取聲東擊西的辦法，一方麵鳴鼓攻打城的西南角，黃巾軍以全力抵抗來自西南方向敵人的進攻，使黃巾軍的兵力受牽於此；一方麵朱俊自己率領精銳將士潛到城的東北角，乘虛而進入宛城。韓忠率兵退入小城，被敵人層層圍困，韓忠意覺不能破敵，準備投降。但朱俊卻認為黃巾軍投降隻是迫於目前的窘勢，不完全出於真心，他說：“兵固有形同而勢異者。過去秦、項之際，民無定主，因而對來歸附給予賞賜，對未歸附者施以規勸、招降。而現在天下一統，惟有黃巾叛逆。納降不足以勸善，討伐卻足以懲惡。如果受黃巾投降，更升逆意，使黃巾有利則戰，無利則降，縱長敵寇，決非良計！”因此繼續對黃巾發動緊急攻勢，連戰仍攻克不下。朱俊登高望城，對他的司馬張超說：“賊人現在外圍堅固，內營逼急，乞降不受，欲出不得，所以必會決一死戰。萬人一心勢尚不可擋，又何況有十萬多人呢！我們不如先撤圍，把軍隊合並入城，韓忠看到撤圍，肯定會自動出來，一旦出來士兵的意誌就會渙散，而這正是破敵之道。”隨即敵人撤圍，韓忠果然出戰，朱俊進而發動攻擊，斬殺黃巾軍萬餘人。太守秦頡因對韓忠恨之入骨，因而殺了韓忠。
黃巾軍的餘部又推孫夏為帥，還歸屯居宛城。朱俊又發動急攻，司馬孫堅率眾先登；癸巳，攻下宛城。孫夏敗走，朱俊追到西鄂（今河南南陽市北）精山（在西鄂南），打敗孫夏，黃巾軍被殺者又達一萬多人。於是南陽黃巾軍敗散。
張角率先舉起反抗大旗，各地紛紛響應。諸如黑山、白波、黃龍、左校、牛角、五鹿、羝根、苦蝤、劉石、平漢、大洪、司隸、緣城、羅市、雷公、浮雲、飛燕、白爵、楊風、於毒（各起義軍的別號，如騎白馬的就稱為張白駒，輕捷快速的稱為張飛燕，聲音大的稱為張雷公，胡須長的稱張羝根等等）等各自起兵，大者二三萬人，小者不下數千人。漢靈帝討伐不及，就使出招降的手段，派人拜楊鳳為黑山校尉，統領其他各支黃巾軍，並授以朝廷官職。黃巾軍大股被敵人平定，但響應黃巾軍而起義的及小股黃巾軍依然還有一定的勢力及影響。
中平五年（188年）二月，黃巾軍的小股餘部郭大在西河白波穀（今山西汾城縣東南）起義；六月，益州黃巾軍馬相攻殺刺史郗儉；八月，汝南（今河南新蔡縣北）葛陂黃巾攻設郡縣；十月，青州、徐州的黃巾軍複起，攻打郡縣，殺官吏。漢獻帝初平二年（公元191年）十一月，青州黃巾軍攻打泰山，被太守應劭打敗，轉而攻打渤海，與公孫瓚在東光（今河北東光縣東）發生激戰，結果又被公孫瓚打敗。初平三年（192年）四月，青州黃巾軍在東平（今山東東平縣）擊殺袞州刺史劉岱，東郡太守曹操在壽張打敗黃巾軍，黃巾軍投降。建安十二年（2107年）十月，黃巾軍殺濟南王贇。小股黃巾軍雖不是浩浩蕩蕩，但也攪得統治者坐臥不安。整個黃巾軍起義，曆時之長，斷斷續續，二十多年，蔓延之廣，中原自不必說，延及吳蜀。東漢政權終被推翻。
關東聯軍伐董卓
東漢後期，朝廷鎮壓了黃巾大起義（公元184年）之後，為加強對地方的控製，防止農民起義的再度發生，接受了太常劉焉的建議，於中平五年（188年）將州刺史改為州牧。州牧官階在郡守之上，擁有政權、財權和軍權。由此，地方政府就為州、郡、縣三級。然而，州牧的設置不僅未如朝廷所願，提高中央對地方的控製權力，相反使得地方武裝不斷發展，豪強勢力迅速擴大。他們依仗自己的武裝力量擁兵自重，割據稱雄，給中央政權以直接的威脅，為東漢末年地主豪強的連年混戰埋下了隱患。