經過中國、蘇聯、美國、英國、法國、澳大利亞、加拿大。新西蘭、荷蘭等９國的反複磋商，達成協議，決定將日本首要戰犯交由上述９國代表組成的國際軍事法庭進行審判。此後印度和菲律賓代表也參加了這個協議，遠東國際軍事法庭遂由這11個國家的代表組成。
根據莫斯科外長會議協議，盟國駐日最高統帥麥克阿瑟於１９４６年2月１９日發布特別通告，宣布在東京設置遠東國際軍事法庭，並於同日批準了《遠東國際軍事法庭憲章》。
憲章規定，法庭有權審理三種犯罪：（甲）破壞和平罪；（乙）違反戰爭法規及慣例罪；（丙）違反人道罪。國際軍事法庭以審理甲級戰犯為主，乙、丙級戰犯交由受害國自行組建法庭審理。
在遠東國際軍事法庭的整個審理過程中，土肥原的聲音隻響起過一次，他為自己辯護了幾句。從此以後，他便緘口不語。在長達兩年半的審訊中，除了這唯一的一次說了幾句話以外，土肥原一語未發。
當一個人犯下許多卑鄙的罪行，而其中的任何一條罪行都足以判處死刑時，承認自己的罪行還有什麼意義呢？想減輕懲罰嗎？誰都知道，這時候承認罪行已經絲毫不能減輕懲罰了。良心道義的譴責能夠迫使他們說出自己的罪行嗎？這些人的天良早已喪盡。
完全否認一切，這在法庭上看起來顯得多麼滑稽可笑和荒謬絕倫，可是，土肥原卻不這麼看。他還在抓最後一根稻草，期待一種可能的出現，這就是盟國公訴方並沒有掌握致他於死地的證據和證人。
雖然不一定能夠成功，但總比試都不試一下要強得多。
因此，他決定沉默，絕對沉默。以沉默對抗審判，以沉默等待萬分之一的機會的來臨。
令土肥原不安的是，中國公訴人開始提出一項對他的新的指控。這就是：土肥原在日本侵略者中率先提出，使用麻醉品作為侵略武器征服被占領國人民，而不是流血的征服。
這是土肥原的主張，但他沒有想到公訴人會這麼快就掌握證據，並且把他作為始作俑者。
在土肥原看來，這種獨特的侵略“武器”的大量使用，使得日本在被占領國展開了另一場戰爭。這場不流血的戰爭發生在鴉片和海洛因煙館，沒有呻吟，沒有痛苦，也沒有血腥，一切都在不知不覺中進行。它不以可怕的創傷使對方恐懼和憤怒。他們悄悄地、漸漸地死去，不是在戰場上，而是在自己家中，在鴉片煙館中。他們的生命雖然還存活著，但早已如行屍走肉，完全沒有了抵抗力。在這種可怕的戰爭中，既沒有遭破壞的城鎮，也沒有被燒毀的村莊。最重要的是，侵略者一方麵瓦解了對手的意誌，另一方麵還獲得了巨額收入。
審判進入了第二個階段。
公訴人宣稱：“當不再需要利用他有關中國的特殊知識以及搞陰謀的才幹時，土肥原就開始擔任作戰部隊的將軍了，以實現他參加陰謀活動時所力求達到的那些目的。”
隻是到了這時候，土肥原才真正緊張起來。為什麼他當帝國間諜時所從事的陰謀、挑釁、有時甚至是謀殺等幕後活動都沒有使他如此緊張，而他作為一個戰場指揮官的活動卻讓他如此不安呢？
答案很簡單，土肥原活動的第一階段僅僅是為日本軍國主義犯國際性滔天罪行作準備，而第二階段則是日本軍國主義分子把德國發動的歐洲戰爭變成世界大戰的時期，這時土肥原已實際執行陰謀分子的計劃。而且在破壞和平的陰謀實施階段，土肥原已根本不是次要角色，而是帝國軍事參議院的成員，更是集團軍和方麵軍的司令官。