13世紀40年代出使蒙古的羅馬教廷使節普蘭諾·加賓尼說成吉思汗是被雷電擊中身亡。半個世紀後來到東方的意大利旅行家馬可·波羅則說他在攻城時中箭而死。最離奇的一個說法見於清朝成書的《蒙古源流》，稱成吉思汗俘虜了美麗的西夏王妃古爾伯勒津郭斡哈屯，這位王妃在侍寢時刺傷成吉思汗，然後投黃河自盡，成吉思汗也傷重不治。蒙古國有一種流傳很廣的說法：成吉思汗死於西夏國王的嬌妻之手，這位美麗的少婦與67歲的成吉思汗度過了僅有的婚禮之夜。雖然這段故事從未公開被書寫過，但不少人認為西夏國王的年輕妻子在與成吉思汗的婚禮之夜咬掉了他的性器官，然後她自己也投河自盡了。史學界比較公認的說法是：成吉思汗於1227年率軍攻打西夏的途中患病身亡。
成吉思汗的死亡之謎難以破解的原因還在於他的繼承人的保密工作是做得相當成功的。蒙古統治者為了確保成吉思汗的英靈能得以永世安息，不被後人騷擾，因此其安葬之地被嚴加保密。為了保住這一秘密，成吉思汗的後代可謂費盡了心機：首先，元帝國沒有留下任何有關成吉思汗陵墓的文字記載，以防有人探得元太祖的陵墓所在地；其次，根據蒙古的民間傳說，為了確保其陵墓的具體位置不為外人所知，成吉思汗手下的將軍們修建了許多真真假假的成吉思汗陵，在下葬之日同時出殯，然後調集成千上萬匹駿馬將埋葬成吉思汗的真陵墓隆起處踏實踩平，再植上豐茂的牧草，使成吉思汗陵與周圍環境渾然成一體。隨後，參加修建成吉思汗陵墓的2500餘名工匠被800個剽悍的蒙古勇士悉數屠殺，而這800名蒙古勇士隨後也被全部殺害。這之後，再也沒人知道成吉思汗陵墓的秘密了。
正是因為成吉思汗在曆史上有著如此巨大的影響，蒙古族人埋葬君王的方式又是如此神秘，因此，有關成吉思汗陵墓的謎團吸引了無數的中外學者去研究，懷著各種動機的探險家去發掘，以期使關於成吉思汗陵墓的謎團真相大白。可是幾百年過去了，死因之謎仍未弄清楚，成陵留給人們的是越來越多的謎。
眾多的墓址傳說孰真孰假
關於成吉思汗的陵墓，不管是它的具體位置，還是下葬的方式，或是祭祀方式，在現在看來似乎都有如霧裏看花，似是而非，迷霧重重，充滿著神秘的色彩。
關於成吉思汗如何確定自己的墓地就有很多傳說。
傳說一：據說，700多年前，赫赫有名的成吉思汗率兵西征，路經鄂爾多斯高原，被這裏迷人的景色所陶醉。正當他高興得手舞足蹈時，馬鞭忽然墜地，他止馬不前，沉思許久，無限讚美地說：“這裏是我們元朝複興之地，太平盛邦久居之處，梅花幼鹿成長之所，白發老翁安息之鄉。我看這個地方很美，死後就把我葬在這裏吧！”
傳說二：據說征西夏時，大軍開到伊金霍洛，成吉思汗下馬欣賞此地美景時，手中的馬鞭掉在地上，他說：“我看這裏很美，死後就把我葬在這裏吧。”將士們聽了，用10萬塊石頭在這裏堆起了一個大敖包。成吉思汗死後，靈車到了這裏，被巨大的敖包擋住了去路，喪儀官念了祝詞，靈車才又啟動。陪伴靈車的四子拖雷指派五百名士卒作為終生傳世的陵丁，守護在這裏，守護著代表成吉思汗英靈的一個馬鞍、一把寶劍和一個烏金的長矛。鄂爾多斯就是這些守陵人，鄂爾多的意思是指大汗的營帳，斯是複數。
傳說三：有關史料記載，成吉思汗生前某日，曾經在肯特山上的一棵榆樹下靜坐長思，而後忽然起立，對手下隨從說：“我死後就葬在這裏。”
這些傳說的一大特點就是都有點空穴來風，宛如無根之萍，誰也找不到切實可靠的依據。為什麼會有這麼多不同版本的傳說，難道是尋墓人或者一些學者故弄玄虛，不太可能。十有八九是當事人自己設下的圈套讓尋墓人或盜墓人、複仇人鑽進去，讓他們在這些虛無縹緲的傳說中的地方去挖掘，讓真正的墓址得到保護，好讓墓穴的主人平平安安地睡大覺呢！這就是兵法中所謂的“虛虛實實，實實虛虛”吧，或許這本身就是成吉思汗生前所采取的策略。成吉思汗之所以選擇秘密藏身的方式，是因為他生前清楚地知道：許多古代墓葬遭到破壞，不僅僅是為了盜取墓中的寶藏，而且還有政治上或民族仇視的因素。種族之間的報複行為往往使許多古代帝王的墓地遭到野蠻毀壞。成吉思汗自己本身就是一個野蠻的破壞者，顯赫一時的西夏亡於他的手中，連西夏曆代君王的陵墓也盡毀無遺。他自然不願意自己身後也遭此厄運，所以他選擇了秘密藏身的方式。因此，成吉思汗和他的子孫們故意弄出這麼多的傳說來掩蓋真實的陵墓所在地。假若這一猜想是真的話，這些傳說是誰編造的呢？又是通過什麼方式流傳出來的呢？如果這些傳說是真的（因為很多考古發現就是根據傳說搜尋到的），那麼，這種屬於國家最高機密的絕密又是怎樣傳出來的呢？試想一下，成吉思汗囑托自己的葬身之所，肯定是對自己最信任的人說的，而不會像發布戰鬥命令一樣公布於三軍。所以，關於如此多版本的傳說，其來源、真假、隱藏在其後的動機，本身就是一個謎。