萬曆四十八年八月，神宗病逝，葬在他生前耗銀八百萬兩修建的“壽宮”定陵。死後的廟號為神宗，史又稱萬曆皇帝。
定陵的發掘，解開了曆史學家的一些疑問，但這位生前做事異於常人、死後又備受人們非議的明朝皇帝，他本人及他的地宮留下的謎，始終在讓人們猜測。
不吉利的吉地
整個明代，從朱元璋開始就特別地講究“風水”，他的子孫當然也就發揚光大了這一傳統美德。隻是定陵在選址上，在當時看來就不是最好的地方，甚至引發了極大的爭議，但最終還是選擇了如今這塊地方。這本身就是一個令人費解之謎。
萬曆十一年正月的一天，神宗朱翊鈞對內閣大學士張四維等說，要去天壽山行春祭禮，並選擇壽宮。
閏二月，神宗親赴天壽山，又到東山口遊覽了聖跡亭，不久回到京城。神宗回京後，對欽天監提供的幾處吉地不甚滿意，八月，又令定國公徐文壁、大學士申時行、司禮監太監張宏同禮工二部官員再赴天壽山各處審視。視畢，徐、申二人認為，原擇各處吉地，石門溝山坐南朝北，方向不宜，且堂局狹窄，“似難取用”。形龍山主峰高聳，疊嶂層巒，上巒圓潤秀麗，水繞山脈動如蛇遊，錯落有致，形如出水蓮花，案似龍樓鳳閣，內外明堂開亮，左右輔弼森嚴。且龍虎重重包裹，水口曲曲關闌，諸山皆拱，眾水來朝，誠為至尊至貴之地。大峪山主勢尊嚴，重重起伏，水星行龍，金星站穴，左右四輔，拱顧周旋，六秀朝宗，明堂端正，砂水有情。此二處“盡善盡美，毫無可議”。其餘諸處位次參差，砂水傾倒，委不堪用。因此建議：用形龍山，陵園方向取乙山辛向，略偏卯酉二分；用大峪山，取辛山乙向，略偏戌辰一分。大臣的意見隻能供皇帝參考。神宗於九月九日借秋祭之機，親赴陵域審視了形龍山、大峪山兩個地方，初步選定營陵地點為大峪山，但他還要請示母後最後定奪。萬曆十二年九月，神宗奉兩宮聖母之命，率後、妃秋祭山陵，陵祭事畢，來到九龍池、神仙洞、清涼洞等處遊覽。最後，神宗與兩宮聖母登望大峪山，決定就在該地建陵。當時的大峪山還叫小峪山，神宗命改稱為大峪山，與父陵後山同名。
十一月六日，陵寢破土動工。不料在開挖玄宮時，正當棺床的位置遇到了大如屏風的巨石。在我國古代的“風水”理論中，有“石山上穴”、“氣因土行”之說，所以，挖出水、石均非吉兆。於是引起了軒然大波。在前次的卜選中，梁子琦因不讚同形龍、大峪二處地方，而自己所卜之地又未能列入名次，遂上疏參論禮部尚書徐學謨與輔臣申時行。其他大臣也為此爭論不休，有主張改卜的，也有主張仍用大峪山，請勿改卜的。
神宗在這些玄而又玄的爭論中如墜煙霧，但又苦於沒有更佳的吉壤，隻好下詔說：我祖宗山陵既卜於天壽山，聖子神孫，千秋萬歲，皆當歸葬此山，哪裏有這麼多好的地方！我的主意已經定下來了。神宗嘴上這樣說，內心仍然滿腹狐疑。萬曆十三年閏九月，神宗再次率後妃來到陵地，仔細閱視了黃山寺一嶺、寶山、平崗地、大峪山等處，最終決定仍在大峪山建陵。那些反對在大峪山建陵的官員，有的被貶斥，有的被奪俸，受到了不同程度的處罰。大峪山的陵工則在繼續進行。圍繞大峪山是否為吉地的爭論事實上也沒有停止，直到萬曆二十三年，定陵早已建成，誠意伯劉世廷仍上疏奏稱“大峪山壽宮龍穴非真”，隻是神宗未予理睬罷了。
明神宗為什麼選擇這樣一處在當時許多人看來不吉利的地方建陵？按照明神宗自己的說法是：祖宗山陵既卜於天壽山，聖子神孫，千秋萬歲，皆當歸葬此山。這種說法似乎是出於無奈之舉，因為昌平地區作為皇家陵區是明朝第二代皇帝永樂皇帝圈定的。但事實上，明朝自從明英宗的“土木堡之變”後，就一直受到外患的威脅，一直是采取守勢，長城以北的蒙古人不時地進犯明朝邊塞，就是當時的京師北京也不例外，在明世宗時兩次受到戰爭威脅，甚至不時有大臣提出遷都。在明中葉後，昌平還不時受到水患的侵襲，甚至發生了浸泡皇陵的現象。為什麼明神宗還在這風雨飄搖的時候選擇這裏？有人猜測說，明神宗頑固地堅持在這個大臣認為不好的地方建陵，是故意和群臣作對。神宗早期，正是張居正當政十年，國力有所增長，矛盾有所緩和，外患相對來說也還不太嚴重。張居正當政時對神宗管教比較嚴格，神宗也將張居正當做偶像。明神宗親政後，發現張居正也有貪財受賄之舉，心中崇高的偶像幻滅，按現在心理學來看，就產生了嚴重的逆反心理和報複心理，於是全麵否定張居正的政策。這時被張居正所壓製的小人就紛紛落井下石。但明神宗本身並不是傻子，而是一個極端聰明的人，他看穿了這班大臣居心叵測，覺得所有的大臣都是表麵正經，實際是一心謀私，沒有真正的愛國之人，也就是沒有對自己盡忠之人。極端的失望導致神宗走向極端，後30年，神宗基本上不上朝理事，就是這種極端失望心理的發泄。正是因為如此，在最初選址的時候，神宗可能是出於無奈，在其後神宗也覺得不適合，但是大臣提出的反對意見越多，他卻越是要堅持，這就是那種對大臣極端仇視的心理在作怪。但無論怎樣，在出現“重大”不吉利的現象後神宗仍選擇在大峪山建陵就成為了曆史之謎了。