我國政府尊重和保護公民的宗教信仰自由和風俗習慣。當今，我國已成立了縣級以上伊斯蘭教協會420多個，這些地方伊斯蘭教協會開展為當地穆斯林服務。現有清真寺35000多座，宗教人士、阿訇、大毛拉有45000多人。
中國伊斯蘭教教務指導委員會的成立是當代中國伊斯蘭教界的一件大事。
我國現有45000多名伊斯蘭宗教人士，進一步提高他們的宗教知識，提高他們的素質和水平是當前的一項主要任務。委員會的重要任務之一，就是組織開展“解經”工作。為了進行正確引導“解經”，教務指導委員會目前已編輯出版了漢文和維文兩種文本的《新編臥爾茲演講集》（一、二、三輯）作為講經指導範本。範本堅持伊斯蘭教的基本精神，宣傳介紹了伊斯蘭教具有普遍意義的教義、教法觀。團結、教育、正確引導穆斯林群眾。中國伊協支持各地伊協開辦經學院和阿訇進修班的工作；搜集整理伊斯蘭教的各類典籍文物，開展伊斯蘭教曆史、教義的研究。
對廣大穆斯林群眾的教育關鍵是教材的編寫，中國伊協召開伊斯蘭教教材編寫委員會會議，專門研究培養伊斯蘭教人才的教材如何統一規範等問題。即將組織編寫出版《中國穆斯林愛國主義傳統教程》《世界伊斯蘭教史簡明教程》《誦讀學簡明教程》《阿拉伯文書法簡明教程》等四部教材。
我國各民族穆斯林除了接受國內正規學校教育外，還可以通過各類渠道接受宗教教育。例如，通過伊斯蘭教經學院的學習，接受比較高層次的教育。我國有許多地方成立了地方性的經文學校。同時，在中國有清真寺教育的形式，也就是經堂教育，每一個清真寺的阿訇、大毛拉、哈提夫可以帶滿拉或者塔裏普。通過這種形式培養宗教人士接班人。目前我國這三種類型的學校每年可培養滿拉、塔裏普（宗教學生）25000多人。
中國伊協每年組織舉行一次頌讀《古蘭經》比賽和講瓦爾茲比賽，還把一些在頌讀《古蘭經》比賽中獲獎的優秀選手，派往埃及、伊朗、馬來西亞、沙特等國家參加國際比賽，每年還選派30多名留學生在國外知名大學深造。在世界名校艾資哈爾大學、巴基斯坦伊斯蘭堡伊斯蘭大學、利比亞宣教學院都有我國的留學生。
中國伊協彙編出版了大量的伊斯蘭宗教書籍，先後出版了阿拉伯、漢、維吾爾、哈薩克等文字的《古蘭經》，同時也印發了阿拉伯文的經典。我國現有出版發行的穆斯林雜誌有《中國穆斯林》《寧夏穆斯林》《甘肅穆斯林》《青海穆斯林》《上海穆斯林》《濟南穆斯林》《湖南穆斯林》《雲南穆斯林》《北京穆斯林》，這些雜誌承擔著對廣大中國穆斯林進行宗教知識的傳播和教育。
去麥加聖地朝覲是我國穆斯林重要的活動之一。為此，中國伊斯蘭協會為中國穆斯林做了非常細致的考慮，每年組織和幫助有條件的各族穆斯林完成赴聖地麥加朝覲的功課。派出以伊協領導為團長的朝覲工作團，選派隨團醫生並配備常用藥品，增設隨團伊瑪目，為我國穆斯林提供完善的服務。為了方便居住在全國各地穆斯林朝覲就近啟程，減少費用，2007年分別從北京、烏魯木齊、蘭州、昆明等地包機直飛沙特，同時還解決了包機直飛麥地那、提高哈吉的保險理賠金額、改善住宿條件以及延長在麥地那停留時間等問題。
2006～2007年度，中國穆斯林麥加朝覲團於2006年11月29日啟程，2007年1月5日至24日回程。我國9600多名穆斯林在中國伊斯蘭教協會的組織下乘包機分別從蘭州、烏魯木齊、北京和昆明4地陸續飛赴聖城麥地那。中國國航、東航、南航3家航空公司承擔了本年度接送中國朝覲者包機直飛麥地那的業務，前後接送中國穆斯林赴麥加朝覲的包機共31架次。這也是中國穆斯林麥加朝覲史上規模最大的一次。這些近萬名朝覲者主要來自寧夏、新疆、青海、甘肅、雲南、陝西、內蒙古、河南等8個省區，涉及我國10個信仰伊斯蘭教的中國少數民族。通過朝覲活動，我國穆斯林與世界穆斯林相聚在一起，也帶去了中國人民對世界穆斯林的友好情意。
中國伊協同世界伊斯蘭國家的穆斯林和國際性伊斯蘭組織建立了聯係，經常參加國際性的伊斯蘭學術思想討論會、紀念會或慶祝活動，並通過友好往來增進中國穆斯林同各國穆斯林的友誼和相互了解，聲援和支持阿拉伯各國人民和巴勒斯坦、阿富汗人民的正義鬥爭，支持旨在維護世界和平的事業。