前史所載興亡治亂之跡，如出一轍。大抵皆以敬天法祖，聽言納諫，節用愛人，親賢臣，遠小人，憂勤惕厲，無不治者。
此時的皇帝才十歲，張居正不讓他死啃孔孟，而是讓他熟悉曆代帝王之得失。可見，從一開始，張居正就鐵定想培養一代明主而非培養一位秀才。竊以為，非有大憂患者，不會有這種大功德的舉措。
《明通鑑》中，關於張居正如何作帝師的記載，有如下幾則：
萬曆元年二月癸醜（初二）上禦經筵，從張居正所請也。
一日，講畢，上問：“建文帝果出亡否？”居正曰：“國史不載，但故老相傳。披緇雲遊，題詩於田州。有‘流落江湖四十秋’句。”上太息，命錄詩進。居正曰：“此亡國事，不足觀也，請錄《皇陵碑》及高祖《禦製集》以上，見創業之艱，聖謨之盛”雲。
三月，丙申，詔舉將才。
時張居正進講《帝鑒圖說》，至漢文帝勞軍細柳事，因奏曰：“古人言天下雖安，忘戰必危。今承平日久，武備廢馳，文吏箝製弁員，不啻奴隸。夫平日既不能養其精銳之氣，臨敵何以責其折衝之勇？嗣後將帥忠勇可任者，宜假以事權，俾得展布，庶已臨敵號令嚴整，士卒用命。”乃是詔內外官各舉其人以備任使。
這兩則故事都發生在萬曆元年，神宗皇帝當時隻有十歲。前則故事道出小皇帝的好奇心，想打聽建文帝的下落。張居正及時阻止他的企圖。因為他畢竟是高祖朱棣的十一世孫，正是他的祖先，當年發動“靖難之役，”，從北京打到南京奪了侄兒建文帝的皇位。叔侄爭權雖是家事，但皇位從此落到朱棣這一脈係，畢竟來路有些不正。這件事在民間一直存有非議，許多人對建文帝抱有同情。朱翊鈞少不省事，才打探這件事情。張居正若附和或者慫恿小皇帝為建文帝正名，勢必會在朝野引起思想上的混亂，輕者搖憾政局，重則動搖國是。因此張居正才有以上一番言語。盡管當時就有人對張居正沒有借此機會為建文帝表白幽怨隱恨表示不滿，但從穩定政局角度考慮，張居正采取的方法無可指責。
後一則故事更是表明張居正以史為鑒，向小皇帝灌輸“富國強兵”的思想。讓小皇帝由古及今，認清當朝“武備廢馳，文吏箝製弁員”的弊政，並由此作出推舉將才的決定。張居正通過講授，讓小皇帝得到熟悉政事掌控大局的方略。這種方法，才是真正的“因才施教”。
4、張居正主編《列朝寶訓》
事實證明，張居正的教導卓有成效。萬曆三年（1575年）四月初一，天空出現日全食。在古代，大凡出現災異，君王便認為是上天示警，便要立即檢討自己的過錯。因此，就在這一天，小皇帝為對天象表示敬畏，在宮中製作了一塊牙牌，上麵寫了十二件事：“謹天戒，任賢能，親賢臣，遠嬖佞，明賞罰，謹出入，慎起居，節飲食，收放心，存敬畏，納忠言，節財用。”
當小皇帝將這一塊牙牌拿給張居正看時，張居正非常高興，趁機教導說：“此數事者，雖因天變自警，其實修身治天下之道理全在於此。皇上可終身奉行。”接著又說：“懂得這些道理並不困難，但要身體力行就不那麼容易。從今以後，皇上所作所為，凡有與所寫不一致之處，應允許左右執牌以諫。”
此時，十三歲的皇帝朱翊鈞，如其說是一個好皇帝，還不如說是一個好學生。他對張居正十分尊崇，冬天經筵，他親送銀爐給師相暖手，夏天調製羹湯給師相品嚐。張居正主政內閣十年，朱翊鈞從未喊過他的名字，總是客客氣氣地稱“元輔張先生”。此等殊榮，當朝大臣均羨慕不已。
朱翊鈞長大後，張居正對他的嚴格教育也未停止。萬曆九年二月，張居正組織一幫儒臣編寫的《列朝寶訓》、《實錄》成書，他再次呈給皇上。
兩書共分四十類：即創業艱難，勵精圖治，勤學，敬天，法祖，保民，謹祭祀，崇孝敬，端好尚，慎起居，戒遊俠，正宮闈，教儲貳，睦宗藩，親賢臣，去奸邪，納諫，理財，守法，敬戒，務實，正紀綱，審官，久任，重守令，馭近習，待外戚，重農桑，興教化，明賞罰，信詔令，謹名分，卻貢獻，慎賞齎，敦節儉，慎刑獄，褒功德，屏異端，飭武備，禦寇盜。