實際上在此之前李世民就已經非常注意收攬人才了。如杜如晦，最初為秦王府兵曹參軍，升任為陝州長史。房玄齡對李世民說：“餘人不足惜，至於杜如晦，王佐之才，大王欲經營四方，非如晦不可。”（《資治通鑒》卷189）李世民大驚，遂奏請留下杜如晦繼續在秦王府供職。房玄齡可謂深知李世民之心，他所說的“經營四方”四字已經將李世民的野心表述得再清楚不過了。如果李世民沒有野心，陝州長史之職自然比王府兵曹參軍這種閑職重要得多，可以更好地發揮杜如晦的才能，反正都是為朝廷出力，李世民為什麼不願杜如晦調走呢？可見其存有私心。史書還記載說，李世民每攻取一地，諸將皆爭取金寶，唯有房玄齡招攬人物，致之秦王幕府中。“又將佐有勇略者，玄齡必與之深相結，使為世民盡死力。”（《資治通鑒》卷189）房玄齡的這些作為實際都是李世民授意的，至少也是獲得其讚同的。
秦王府的許多謀士和猛將都是在削平割據的統一戰爭中陸續收攬進來的，如尉遲敬德、程知節、秦叔寶、劉師立、李君羨、田留安等，無不如此。他這樣做也有與李建成爭奪人才之意。以杜淹為例，他在洛陽被攻取後久久不得任命，準備投靠李建成，封德彝知道後恐“長其奸計，於是遽啟太宗，引為天策府兵曹參軍、文學館學士”（《舊唐書·杜淹傳》）。
在平定王世充期間，李世民和房玄齡曾經微服訪問過一位名叫王遠知的道士。王遠知迎接時說：“此中有聖人，得非秦王乎？”李世民隻好以實相告。王遠知又說：“方作太平天子，願自惜也。”李世民聽後，牢記在心，“眷言風範，無忘寤寐”（《舊唐書·王遠知傳》）。可見王遠知也是洞悉其心，故弄玄虛，以討好李世民。所謂“聖人”，這裏即指天子，李世民對這個稱呼欣然接受，說明李世民這時已經萌生了當皇帝的念頭。
攻下洛陽後，李世民並不急於班師回京，而是“分散錢帛，以樹私惠”（《舊唐書·巢王元吉傳》）。也就是說，他想把東都作為自己的根據地，故在當地大肆活動，以收買人心。不過這種活動卻是在合法的外衣下進行的。武德四年（621）二月，李世民派宇文士及返回京師奏事，高祖對他說：“歸語爾王：今取洛陽，止於息兵，克城之日，乘輿法物，圖籍器械，非私家所須者，委汝收之。其餘子女玉帛，並以分賜將士。”（《資治通鑒》卷188）李世民分散錢帛就是按這個指令進行的，隻是目的不純罷了。說明李世民在擴大自己勢力時采取了合法與不合法相結合的兩種手段，竭力壯大秦王府隊伍。
其實在武德四年之前，李世民就已經開始注意壯大個人勢力，平定王世充、竇建德後隻是步伐加快了，因而其野心也就更加暴露而已。如武德二年（619）時，李建成就對李世民日益壯大的勢力感到壓力頗大，“頗相猜忌”。說明李建成已經隱隱地感到對自己地位的威脅了。這年九月，禮部尚書兼太子詹事李綱上書，勸諫太子不要無節製地飲酒，不要聽信讒言，疏遠親兄弟。李建成聽後很不高興，依然如故，李綱無奈，上表請求辭去官職。表明建成兄弟之間鉤心鬥角的局麵已經開始了。這一年高祖下詔處死了劉文靜，李綱和李世民都先後出麵求過情，說明這幾個人為同一集團中人。高祖堅持處死了劉文靜，實際上是打擊了李世民，起到了削弱秦王府實力的作用。
（二）太子與齊王的聯合
麵對秦王李世民日益膨脹的勢力，太子李建成感到了嚴重的威脅，使他不得不采取措施壯大東宮的實力，以便與秦王府相抗衡。武德五年（622）十一月，劉黑闥又一次舉兵反唐，太子中允王珪、太子洗馬魏徵建議說：“秦王功蓋天下，中外歸心，殿下但以年長位居東宮，無大功以鎮服海內。今劉黑闥散亡之餘，眾不滿萬……殿下宜自擊之以取功名，因結納山東豪傑，庶可自安。”（《資治通鑒》卷190）這個建議的目的有兩個：一個是要李建成建立功勳，以鎮服天下人心，抵消李世民的功勳與影響；另一個目的就是利用這次出征，網羅人才，壯大實力。經高祖批準後，李建成率軍出征，果然獲得成功，不僅鎮壓了劉黑闥的反叛，更重要的是此舉羅致了不少人物。河北地區後來就成了東宮集團的勢力範圍，李建成在這一帶影響很大。
李建成此次河北之行的最大收獲之一，就是將幽州（今北京西南）總管羅藝拉入到東宮集團內。此人在隋朝任虎賁郎將，勇猛善戰。隋末戰亂期間，他鎮壓了多支農民起義軍，勢力逐漸壯大，並攻取了涿郡一帶。武德三年（620），他歸順了唐朝，唐高祖封其為燕王，賜姓李。李世民、李建成兩次征討劉黑闥時，他率軍配合作戰，斬獲頗多，立有大功。後來他來到長安，朝見高祖，遂被留在長安，任左翊衛大將軍。李建成為了加強自己的軍事實力，密派人跟從羅藝私調幽州精銳騎兵三百人，置於東宮諸坊。坊為一級軍事編製單位。此事被人告發後，高祖嚴厲地譴責了李建成，羅藝因功高未問罪。李建成的這次行動雖然失敗了，但也有搞成功的事例。他曾經私自招募長安及四方驍勇之士兩千餘人為東宮衛士，分屯於左右長林門，號長林兵。長林門為東宮宮門之一，分為左右。
李建成另一成功之處，就是將其弟李元吉拉到了東宮集團中，使東宮集團的勢力急劇膨脹。據載：“太子建成性寬簡，喜酒色遊畋，齊王元吉多過失，皆無寵於上。世民功名日盛，上常有意以代建成，建成內不自安，乃與元吉協謀，共傾世民，各引樹黨友。”（《資治通鑒》卷190）這一段記載歪曲史實之處不少。說李建成因喜好酒色田獵而失寵於高祖就不合情理。首先，高祖本人就喜好此類活動，如何反倒要求兒子生活檢點。話又說回來，李建成身為太子，身邊多幾個女人，喜歡打獵飲酒，也算不上什麼大的過失。李世民在這方麵絲毫也不比其兄強到哪裏去。這些問題後麵還要詳談，這裏就不贅述了。既然李世民有這些“嗜好”，其父都沒有責怪，又如何偏偏以這些生活問題厭惡李建成呢？其次，李建成也不是酒囊飯袋、酒色之徒。太原起兵時，他任左領軍大都督，單獨率一支軍隊，立下了不少戰功。武德五年（622），掃平劉黑闥。次年，率軍到原州（今寧夏固原），阻止了突厥的侵擾。隻是由於他位居太子之尊，是未來的皇帝，所以不輕易領兵出征，因此顯得不如李世民功勳卓著。至於李元吉，據載其能“力敵十夫”（劉《隋唐嘉話》卷上），曾隨李世民討伐王世充，李世民率精銳赴虎牢關對付竇建德時，命李元吉率大軍繼續圍攻東都洛陽。李世民率軍征討劉黑闥時，李元吉也隨軍參戰。後來李世民奉詔回京，“乃以兵屬齊王元吉”，繼續掃清殘餘敵軍（《資治通鑒》卷190）。可見李元吉在軍事上也不完全是無能之輩。盡管他曾經有過喪失太原的敗績，李世民不是也曾敗於薛舉嗎？因此，不能以一戰之勝負評價一個將領。然而李元吉驕逸放縱，名聲欠佳，也是事實，但要說高祖因此而疏遠他，則不符合史實，從後來的事態發展看，高祖對李元吉的親近程度要遠勝於李世民。
在這場爭奪帝位繼承權的鬥爭中，李元吉排行第四，根本沒有取得繼承權的可能，他本來可以不卷入這場鬥爭中來，即使卷入，為什麼要加入李建成集團，而不站在李世民一方呢？史籍記載說：“元吉見秦王有大功，每懷妒害。”（《資治通鑒》卷191《考異》）又說：“但除秦王，取東宮易如反掌耳。”（《舊唐書·巢王元吉傳》）根據這些記載看，似乎李元吉打算在除去李世民後再鏟除李建成，自己當太子，故先站在建成一方共同對付李世民，然後再對付李建成。這些記載都頗值得懷疑。李元吉論其武功不但無法與李世民比，與李建成比亦遜色甚遠，如果他妒忌李世民，為什麼卻不妒忌太子李建成呢？何況齊王府的實力與世民、建成任何一方相比都處於絕對劣勢，如何能說“取東宮易如反掌”呢？以他的實力、地位和威望，連殺兩兄而奪取太子之位，談何容易？再說這樣做又如何能取得高祖的認可呢？李元吉再膚淺狂妄，這些道理也不能不明白。故以上記載很可能又是貞觀史臣的誣枉曲筆，不可盲目相信。
李元吉站在李建成一方的真正原因是：其一，建成性寬厚，兄弟之間關係比較好處。有一次，李元吉欲刺殺李世民，“建成性頗仁厚，遽止之”（《資治通鑒》卷191）。因為當時矛盾還沒有激化，所以建成顧及兄弟之情，不忍下手。李建成對政敵不到萬不得已時都不忍下毒手，看來他確實是一個仁厚又容易相處的人。而李世民執法嚴厲，李元吉又有棄太原逃跑的不光彩記錄，加之本人又放縱狂躁，他感到如果李世民將來即位，自己很難為所欲為，而在李建成手下則要悠閑自在得多。因此，他選擇支持李建成而反對李世民，實際上是選一個對自己更有利的兄長當皇帝。其二，李元吉本人又沒有多少政治資本，看到兩位兄長的爭鬥在所難免，欲借機依靠一方以爭取將來為自己謀取更大的政治利益。在建成、世民兩方中，李元吉可能認為李建成是嫡長子，又是在位的太子，繼承皇位名正言順，所以他把賭注下在建成一方，覺得這樣可能把握大一些，未必是想自己當皇帝。
（三）兄弟構陷與後宮傾軋
麵對兒子們之間日益緊張的關係，唐高祖采取了試圖緩和衝突、平衡雙方關係的辦法，他不想也不願看到骨肉相殘的血腥場麵，曾明確表示過自己不願學隋文帝誅殺任何一位親骨肉。盡管他對李世民與突厥的神秘關係很不滿意，並已覺察到李世民的勃勃野心，卻沒有對他采取過任何措施。當他發現李建成、李元吉某些暗害李世民的不軌行為，也沒有及時阻止，事後也不加追究。
有一次，李元吉當麵向高祖請求，要他下詔誅殺李世民。高祖認為李世民有平定四海之功，又沒有謀反的證據，殺之無名。李元吉說：當初平定王世充時，秦王遲遲不願班師回京，並散發金帛，拉攏人心，以樹私恩，難道不是想謀反嗎？高祖仍堅決不同意對李世民采取行動。李元吉敢當著高祖的麵公然要求鏟除李世民，毫不隱晦，說明高祖對李世民的確猜疑頗深，因此李元吉才敢這樣赤裸裸地提出要求。但從高祖遲疑不決的態度看，說明他仍想維持平衡，協調雙方的關係，結果反而使雙方對峙的形勢更加嚴峻。
在太子東宮集團中，齊王李元吉是一個性格狂躁凶殘的人，而李建成卻是一個性格比較寬厚的人，他與李世民的矛盾完全是一種自衛行為，即保住已有的太子地位。如果不是李世民咄咄逼人，謀奪皇位的繼承權，以李建成之為人，是不會主動對李世民采取行動的。關於這個問題有很多事例都可以證明。有一次，李世民與高祖一同到齊王府去，李元吉命護軍宇文寶埋伏在寢室內，打算刺殺李世民。李建成知道後心中不忍，堅決製止。李元吉非常不高興地說：“為兄計，於我何害？”（《新唐書·巢王元吉傳》）這就說明不到矛盾異常激化萬不得已時，李建成不會采取血腥手段，這也是他最後失敗的原因之一。
李元吉則不同了，他招納亡命與壯士，厚加賞賜，使之為自己賣命。他多次為李建成出謀劃策，謀害李世民。齊王府典簽裴宣儼被免官後投入秦王府任職，李元吉擔心他泄露自己的陰謀，派人用毒酒鴆殺。在這期間，曾經發生了兩起謀害秦王李世民的事件，雖是李建成出麵幹的，恐怕與李元吉也不無關係。武德七年（624），高祖與太子、秦王、齊王等到長安以南打獵，高祖命三兄弟馳射角勝。李建成有一匹胡馬，健壯高大，但卻易於顛仆，常把騎手摔於馬下。李建成便把這匹馬交給李世民騎乘，並且說：“此馬甚駿，能超數丈澗，弟善騎，試乘之。”李世民騎著這匹馬追逐野鹿，此馬連蹶三次，李世民每次都機警地跳下馬背，絲毫沒有受傷。事後，李世民對宇文士及說，他們想用這匹馬來害我，生死有命，一匹馬如何能害得了我！李建成聽到後，指使宮中嬪妃對高祖說：“秦王自言，我有天命，方為天下主，豈有浪死！”（《資治通鑒》卷191）高祖大怒，將他們兄弟三人召入宮中，當著建成、元吉的麵斥責李世民急於謀取大位。李世民再三辯解，高祖不聽，隻好要求司法部門來核查此事。正在此時，忽報突厥犯邊，高祖隻好暫時放過此事，與李世民商議退敵之策。舊史記載說：“上每有寇盜，輒命世民討之，事平之後，猜嫌益甚。”（《資治通鑒》卷191）
還有一次，李建成夜請李世民赴宴，席間飲酒不少。返回秦王府後，李世民突然心痛不止，“吐血數升”。此事李元吉也參與了。高祖聞知李世民有恙，親來看視，並告誡李建成說：“秦王素不能飲，更勿夜聚。”（《舊唐書·隱太子建成傳》）此事發生在武德九年（626）六月的玄武門之變前夕，使人頗懷疑這種記載的真實性。以李世民之精明強幹，在蹶馬事件之後不會不對建成、元吉的舉動有所警惕，如何會輕率地赴宴而不考慮其中有陰謀存在？此事發生在臨戰前夕，此時雙方的鬥爭已經白熱化，李世民也決定對其兄弟下毒手，在這種關鍵時刻，如何肯自己送上門去讓對方算計？還有一點疑問，建成與元吉既已決定毒死世民，必然使用毒性猛烈之藥，焉能使對方死裏逃生？舊史之所以如此記載，無非是為隨後發生的玄武門之變找借口，給人以李世民殺兄誅弟是後發製人被逼無奈的印象。
還有一件事也使人頗費思量。高祖見自己的兒子們勢同水火，矛盾很難調和，便對李世民說，太原舉兵，削平海內，都是你的功勞。我想立你為太子，你又堅辭不幹，“且建成年長，為嗣日久，吾不忍奪也”。看來你們兄弟很難相容，同處京師，必起紛爭，我打算讓你回到洛陽陝東大行台任上，自陝州以東的地盤歸你管轄，“仍命汝建天子旌旗，如漢梁孝王故事”。李世民涕泣不願遠離高祖膝下。高祖說：“天下一家，東、西兩都，道路甚邇，吾思汝即往，毋煩悲也。”建成與元吉商議此事，一致認為如果讓李世民到了洛陽，擁有地盤和軍隊，就更加難以對付了，“不如留之長安，則一匹夫耳，取之易矣”。他們指令一些人上書高祖，說秦王的部下聽說要到東都洛陽去，無不歡喜雀躍，觀其狀況，恐怕以後不會再回來了。於是高祖又打消了允許李世民東往的念頭（以上見《資治通鑒》卷191）。
以上這種記載同樣不可信。李淵是一位具有豐富政治經驗的皇帝，如何會昏庸到允許兩個皇子都打天子旌旗，這明明是分裂國家的行為，搞不好還會導致雙方爆發戰爭，李淵既不願兄弟相殘，如何會願意看到兄弟之間在戰場上刀兵相見，殺個你死我活呢？這樣不僅不能避免同室操戈的悲劇發生，還會導致社會動蕩、百姓塗炭的局麵發生。因此，高祖絕不會有這樣的想法。舊史臣之所以如此編造虛構，是因為如果如實記載李世民搶奪帝位，有損於唐太宗的所謂明君形象。然而人為編造的曆史是經不起推敲的，隻要仔細分析就可以揭穿謊言，恢複曆史的本來麵貌。
但是事情發展到後來，高祖的態度逐漸發生了變化，從維持和平衡鬥爭雙方的立場慢慢地向建成、元吉一方傾斜。發生這種變化的原因除了他對李世民與突厥的關係不放心外，李建成、李元吉兄弟以及尹、張等嬪妃的作用也是促使他改變立場的一個因素。高祖感到朝廷內部實實在在存在著一種對自己皇位的威脅，而這種威脅就來自於秦王府集團。於是他準備采取行動，消除這種威脅。武德九年（626）六月，正在秦王府上下緊張準備將要發動政變之際，高祖憑著自己多年的政治經驗預感到將要發生什麼不測，在建成、元吉等人的鼓動下打算將李世民逮捕治罪。這時，與秦王府關係密切的宰相陳叔達向高祖進諫說：“秦王有大功於天下，不可黜也。且性剛烈，若加挫抑，恐不勝憂憤，或有不測之疾，陛下悔之何及！”“上乃止。”（《資治通鑒》卷191）在這裏陳叔達實際上是對高祖進行了恐嚇，經此一嚇，再加上高祖確實也沒有抓住李世民什麼明顯把柄，同時他也對問題的迫切性認識不足，沒有料到幾天內將會爆發政變，於是就打消了立即解決秦王府集團的念頭，改為逐步削弱其實力的緩招。後來的事實證明，高祖在關鍵時刻的優柔寡斷造成了自己政治生涯終結的嚴重後果。
後來在貞觀初期，已經如願當上皇帝的李世民加拜陳叔達為禮部尚書，曾說過這樣一段話：“武德時，危難潛構，知公有讜言，今之此拜，有以相答。”（《舊唐書·陳叔達傳》）指的就是上麵這件事。
在這場激烈的鬥爭中，為了能夠得到後宮嬪妃們的幫助，李建成、李元吉不惜珍寶器玩賂遺諸嬪妃，指使她們在高祖麵前多多美言，尤其對尹德妃、張婕妤二人更是曲意奉承，無所不至。有些舊史甚至說李建成與尹德妃、張婕妤之間有不正當的男女關係（《舊唐書·隱太子建成傳》）。此事恐怕不可盡信。宋代史學家司馬光對此表示：“宮禁深秘，莫能明也。”（《資治通鑒》卷190）這種態度是比較慎重的。尹、張二人時常對李建成集團美言，一方麵是接受了他們的賄賂，另一方麵她們的親屬多被安排在太子東宮做官，受到李建成很好的關照，這才是她們甘願為李建成遊說的重要原因。她們對高祖說：“使陛下萬歲後，（秦）王得誌，妾屬無遺類。東宮慈愛，必能全養。”（《新唐書·隱太子建成傳》）可見為其母子將來的利益與前途著想，她們也不得不把全部希望寄托在李建成能夠順利地登上皇帝寶座上。
尹、張二人痛恨李世民的原因前麵已經有所涉及，就不多說了，其他嬪妃不滿李世民也是有原因的。武德四年（621），李世民平定王世充後，高祖曾派貴妃等數人到洛陽收取隋宮珍寶及宮人，貴妃等私下向李世民求取寶貨，並為其親屬求官。李世民說，寶貨皆已登記造冊並上奏天子，官職應當授予功臣和賢才。拒絕了她們的請求，由此引起了她們的怨恨。當然有些嬪妃為將來的生活出路考慮，而李建成是現任的太子，最有可能繼承皇帝之位，這也是她們在這場兄弟相爭的鬥爭中轉而支持李建成的重要原因。
不過對於史籍記載的這些有關後宮嬪妃參與爭奪太子之位的鬥爭，一定要作具體分析，不可盲目全信。要說尹德妃、張婕妤等人痛恨李世民，有事實依據，要說其他嬪妃都痛恨李世民，恐怕不能盡信。前麵曾列舉了十餘位生有皇子的高祖嬪妃，除了尹、張等少數人外不可能全部都得寵。其中大多數人品階很低，如王才人、魯才人，為正五品；張寶林、柳寶林，為正六品。還有沒有封號隻以姓氏相稱的人，大概是沒有品階的宮女，她們如何都能有政治能量而卷入這場鬥爭中？從新舊《唐書》所記的“高祖諸子傳”看，絕大部分人都無卷入這場鬥爭的記載。再如上麵提到的那位向李世民討要寶貨的貴妃，唐製規定其為正一品，地位僅次於皇後，高祖在元配竇氏死後沒有立過皇後，因此這位貴妃在嬪妃中地位應該最高，尹德妃雖也是正一品，但卻排在貴妃、淑妃之後。如果這位貴妃是前麵提到過的萬貴妃，史籍中就應該明確記載其姓氏，可是在這裏卻沒有記載，反倒是那些地位比她低得多的嬪妃卻清楚地記有其姓氏，看來這種記載也是值得懷疑的。
史籍中如此大肆張揚李建成、李元吉與高祖嬪妃的關係，無非是表明他們在政治上的孤立地位，在朝廷中找不到更多的政治力量支持，隻能采用不正當的手段在後宮中施展陰謀，而李世民又如何正義凜然，不搞不正當的活動。
為了使這些記載更加可信，舊史臣們在史籍中又寫道：“世民獨不奉事諸妃嬪，諸妃嬪爭譽建成、元吉而短世民。”（《資治通鑒》卷190）事實真的如此嗎？從舊史臣刪改後而保留下來的極少史料看，也足以證明李世民在這方麵一點也不比建成、元吉遜色。李世民的妻子長孫氏在這場鬥爭中就充當了重要的角色。她為了幫助李世民爭取高祖的同情，做了大量的工作。據載：“後孝事高祖，恭順妃嬪，盡力彌縫，以存內助。”（《舊唐書·後妃列傳》）說明李世民通過自己的妻子對高祖與嬪妃們做工作，比李建成、李元吉親自出馬要來得高明，同時也隱蔽得多，不易為外界察覺。幹此類事僅有甜言蜜語恐怕不行，李世民也和其兄弟一樣，不惜金寶進行賄賂。李建成曾對李元吉說過：“秦王且遍見諸妃，彼金寶多，有以賂遺之也。”（《新唐書·隱太子建成傳》）說李世民金寶多，這一點是肯定無疑的。在連年的戰爭中，李世民先後攻占了大量的城池和地盤，必然獲得了巨額的財寶，尤其是攻占隋朝東都洛陽，獲得的財寶更是不計其數，雖然李世民不可能全部據為己有，但其收獲頗多這一點是毋庸置疑的。正因為如此，所以李建成才感到憂慮。因此，在這場爭奪太子之位的爭鬥中，通過後宮嬪妃向高祖施加影響，李建成、李世民雙方不約而同地都做過此類事，在這個問題上雙方並無本質的區別。
四、玄武門之變
（一）東宮密謀
為了除掉李世民，李建成集團可以說想盡了一切辦法，武德七年（624）發生的楊文幹之亂便是其中的一次。
這年六月，唐高祖前往仁智宮避暑，李世民、李元吉也陪同前往，命李建成留守長安。慶州（今甘肅慶陽）都督楊文幹曾在東宮任職，是李建成的親信。李建成為了擴大軍事力量，利用高祖、李世民不在長安的機會，命令楊文幹私招壯士送到長安，又派郎將爾朱煥、校尉橋公山押送鎧甲到慶州，交給楊文幹以供起事之用。在高祖臨行前，李建成秘密會見李元吉，要他乘此機會與楊文幹裏應外合，鏟除李世民，並說“安危之計，決在今歲”（《資治通鑒》卷191）。慶州與仁智宮所在的宜君縣相距不遠，楊文幹舉兵圍攻仁智宮，周圍州縣很難及時救援。而李世民身邊所帶親信有限，秦王府中人無法保護他的安全，一旦事發，李世民的確非常危險。
爾朱煥、橋公山二人在途中大約感到此事風險太大，因為此舉也威脅到高祖的安全，弄不好就是滅族之罪。當他們行進到豳州（今陝西彬縣）時，遂向當地官員告發了此事。豳州急忙派人到仁智宮向高祖進奏說：太子命楊文幹舉兵，表裏相應，圍攻仁智宮。寧州（今甘肅寧縣）人杜鳳也探知此事，跑到仁智宮告發。高祖非常震怒，頒詔命李建成速到仁智宮來。李建成自然知道召他前去的真正原因，畏懼不敢前往，後在其部下的勸告下決定前往仁智宮負荊請罪。李建成自知此罪不輕，見到高祖連連叩頭，由於用力過猛，幾乎昏絕死去。高祖怒氣不解，當夜僅給他食以麥飯，並且關押起來，命專人看守。
楊文幹得知這個消息後索性舉兵反叛。高祖見事情緊急，擔心發生突然變故，不敢繼續住在宮中，遂在楊文幹叛亂的當夜帶領衛士向南走出山中，待了一夜後，見沒有發生意外之事，天明後才返回宮中。可見此事對高祖影響之大，弄得他疑神疑鬼，不得安寧。與此同時，他又派大將錢九隴、楊師道率軍征討楊文幹。即使如此，他仍不放心，與李世民商議如何對付。李世民認為楊文幹不足慮，高祖卻認為此事牽涉李建成，恐怕響應參加者不少，要求李世民親自領兵征討，並許願說：“還，立汝為太子。吾不能效隋文帝自誅其子，當封建成為蜀王。蜀兵脆弱，他日苟能事汝，汝宜全之；不能事汝，汝取之易耳！”（《資治通鑒》卷191）可見直到此時高祖仍不願處死建成。這次他對李世民的許願是因為楊文幹起兵之事，已經超出了兄弟相爭的範圍，直接威脅到唐王朝的安全，他在盛怒之下想罷廢太子，以換取李世民親自出馬平叛。這是高祖第一次向李世民許諾立他為太子，也是史籍記載的許多許諾中唯一可信的一次。
在太子之位的誘惑下李世民欣然率軍出征。七月，楊文幹軍已經攻陷了寧州，並將官吏、百姓驅趕到百家堡（今甘肅慶陽西北），實際上是畏懼李世民神威，不敢正麵對抗，打算向西北逃竄。李世民大軍剛抵達寧州，楊文幹的軍隊就聞訊潰散了，楊文幹本人被其部下所
程知節像殺。楊文幹的叛亂就這樣很快被平定了。