嘉靖三十年（1551）三月，明朝與俺答通馬市。四月，宣大馬市成。命史道主市事，每一馬償幣若幹，俺答驅馬至城下，計值取償。遣官宣諭朝廷恩威，並敕命俺答嚴飭各部落，不得隨意滋事，輕開邊釁。七月，仇鸞遣時義以小利賄俺答，希望交還叛人蕭芹等，俺答得利遂擒蕭芹等30餘人，械至大同塞下，交付總督史道。十二月，俺答入寇大同。初，史道主持宣府、大同馬市，俺答以羸馬多索錢，史道不允，俺答部眾大嘩，於是入寇。多者一月三入寇。甚至邊市邊寇。兵部尚書趙錦認為，自古以來禦寇之道，戰守為上，而羈縻終非長策。世宗命督臣加強偵察，並嚴防私通牟利。明年三月，罷馬市。當時邊防久廢，言官屢諫，仇鸞害怕大禍臨頭，於是罷馬市。召呂道回京。世宗敕命：有再敢言開馬市者論死，著為法令。兵部請敕令邊臣補修宣、大邊垣烽堠。給事中李幼孜上言：“敵壘卑小，宜於垣上增築高台，營建房廬，以棲兵器。”⑤四月，大將軍仇鸞率師出塞，偷襲俺答於威寧海，大敗而還。當時，俺答屢次入犯遼、薊邊塞，都由朵顏導引，為患極大。後薊州警報愈急，仇鸞理當帶兵抵禦，恰逢仇鸞生病。兵部尚書趙錦上疏言仇鸞病不能行。世宗認為仇鸞不能主兵事，應收其大將軍印綬，別遣將軍帶兵。趙錦夜馳至仇鸞宅第，收仇鸞印綬，鸞因此病情加劇，死去。當時世宗已經聽說仇鸞有奸逆之行，於是命都督陸炳密訪，後陸炳揭發了仇鸞與俺答前後交通納賄及其他亂政情狀。世宗大怒，下令宣布仇鸞罪惡，剖棺戮屍，其父母妻子及時義、侯榮等都處斬，抄沒其家。俺答得知，引眾退去。趙錦也因當初隨從仇鸞而被謫戍。世宗詔諭更改戎政，完全改變了仇鸞過去的措置與規定。三十二年（1553）七月，宣府、薊鎮守臣，各報俺答入寇，兵部議：“薊州密邇京師，備豫宜急，乞令提督時陳統人衛兵分布昌平、懷柔、順義等處，遏其古北口入犯之路。仍簡京營及入衛邊兵，九門列營以備戰守。”⑥
嘉靖三十七年（1558）四月，大同右衛圍久不解，議者公推楊博前往，楊博征諸鎮之兵，聲言出塞北伐，羽檄日數十下，俺答聽說楊博將到，引兵遁去。守將尚表拒守四月，誓師勵眾，死守不屈，楊博上書奏其功；王德戰死，奏立祠加郵；參將周現暗通俺答，請求撤換其職務。從此，邊防之兵人人砥礪，思自奮立功。楊博又陳善後二十餘事，築牛心諸堡，建烽堠2800餘所，挖濠塹1000餘裏，共50天完工。世宗大喜，加楊博太子太保。
穆宗隆慶元年（1567）五月，俺答進犯大同，參將劉國引兵打退其進犯。九月，俺答子黃台吉擁眾窺伺陵後南山。穆宗命總督劉燾率兵護陵寢。俺答入寇山西石州，攻陷石州殺知州王亮。駐重兵於石州，剽掠交、汾等處，山西騷動。恰逢薊鎮有警、京城戒嚴。當時俺答人邊已二十餘日，勢甚橫。不久，雨潦連旬，馬多死，俺答軍皆棄馬步歸，所剽獲不能盡載，遺於道路者甚眾，十餘日方退出邊塞，而官軍無一人追擊。大同總兵申維嶽、孫吳等終不敢出戰而還。不久，俺答始全部撤走。諸將才稍稍移出，俘獲奸細明海等及其老弱疲幼，自以為有功。諸將之中隻有方振與俺答交戰，尤月帶兵驅逐俺答到嵐縣，屬於稍稍敢於迎戰者。事奏後，詔命將督、撫、鎮諸臣官職罷去，聽候處理。把諸將逮入京城審訊，議加罪賞罰各有區別。時邊臣怠玩，掩罪冒功，積弊已久，因此才敢於縱恣俺答隨意出入。至是議罰，諸將始知畏法。
隆慶三年（1569）改總理練兵都督戚繼光為總兵官。先是，戚繼光至鎮，上疏說：薊鎮兵雖多也少，原因有七，邊兵不練之失有六，雖練無益之弊有四。又說：“兵形像水，水因地而製流，兵因地而製勝。薊之地有三：平原廣陌，內地百裏以南之形也；半險半易，近邊之形也；山穀仄隘，林薄蓊翳，邊外之形也。寇入平原利車戰，在近邊利馬戰，在邊外利步戰，三者迭用，乃可製勝。今邊兵惟習馬耳，未嫻山戰、林戰、穀戰之道也。惟浙兵能之。願更予臣浙東殺手、砘手各三千，益以西北馬步軍，專聽臣訓練”⑦。又說：他所創事業，諸將看作是累贅，無法發揮作用。兵部認為，薊鎮既有總兵，又設總理，權已分割，不便統一調度，諸將隻能觀望。應召回總兵郭琥，專任戚繼光。穆宗同意兵部議，於是命令戚繼光以總兵官名義鎮守薊州、永平、山海關等處。而止調浙兵北上。四年（1570）十月，俺答孫把漢那吉率其下屬阿力哥等十人來降。初，俺答搶外孫婦為妻，又奪孫婦，觸怒其孫把漢那吉。把漢那吉多智略，有口辯，至是與阿力哥及妻室比吉等十人南走，叩關請降。邊將議應加優卸做人質，並以交換叛徒趙全為約。穆宗任命把漢那吉為指揮，阿力哥為正千戶，各賞大紅苛絲衣一身。俺答妻恐明廷害其孫，日夜哭請俺答，俺答亦悔，擁十萬眾壓境，得知明朝果優卹俺答孫，開始感到慚愧說：“漢乃肯全吾孫，吾且留臂盟，世服屬無貳，奚有於叛人”③。於是與明定盟，通貢馬市。俺答諸部均貪明朝財物，喜而從之。十二月，俺答執叛臣趙全等九人來獻，並求賜還把漢那吉。穆宗準其迎還。