戰後，譚綸同戚繼光共商加強福建水陸防務事宜，並將議定的《倭寇暫寧條陳善後事宜以圖治安疏》上報朝廷。戚繼光部署方畢，倭寇又聚合27000多人，大舉入侵，福建形勢複趨緊張。為迅速徹底消滅倭寇，戚繼光上疏朝廷，請求給其“統一浙、福之責，重以節製調度之權”。是年十一月，朝廷任命戚繼光為總兵官，鎮守福建全省並浙江金、溫二府，負責水陸軍務。在這期間，戚繼光在軍事上的最重要貢獻是解仙遊（今福建今縣）之圍。
十一月初，倭寇萬餘向仙遊進犯，從四麵將仙遊城包圍起來。當時城內守軍兵力單薄，戚軍尚未到達，戚繼光決定先取守勢，於敵外圍據險設壘，進行牽製，候援軍到來，再行進剿。十二月初，戚繼光的新軍六千人回到福建，戚繼光召集將領，商討殲滅倭寇，解仙遊之圍的方略和部署。戚繼光認為敵人兵力有一萬多人，處於優勢，不能同時進攻倭之四壘，宜逐一奪取。於是決定先以主力攻打南壘，然後再攻取東、西二壘，在城北之鐵山設置疑兵以牽製北壘之倭。二十六日晨，大霧彌漫，咫尺不見人。戚軍各部按計劃從營地出發，直逼倭壘。當時倭寇正在結隊攻城，戚軍將至城下，倭寇始發覺。戚軍首先猛衝倭寇南壘，火燒倭營，當即斬殺四五百人。餘倭向東壘潰逃，戚軍轉攻東西壘，以“虎搏鷹擊”之勢，迅速焚毀倭寇三壘，共殺死倭寇一千餘人。餘倭數千人向北壘奔逃，戚繼光督軍奮擊，又大敗之，敵人屍橫遍野。仙遊之圍於是解除。
仙遊之戰，是戚繼光在平海衛大捷之後取得的又一次重大勝利。譚綸在評價這次作戰時說：“用寡擊眾，一呼而輒解重困；以正為奇，三戰而悉收全捷。……蓋自東南用兵以來，軍威未有若此之震，軍功未有若此之奇者也。”對戚繼光的軍事藝術才能評價是很高的，也是十分允當的。
嘉靖四十三年（1564）二月，戚繼光又在同安王倉坪大敗倭寇，斬首數百，餘眾奔漳浦，“繼光督各哨兵人賊巢，擒斬略盡”。少數殘倭膽戰心驚，流竄廣東覓舟歸國，“白晝輒相愕曰：“戚虎來矣，今而後始知犯華之不利也。”東南沿海倭患至是平息。
戚繼光領導東南沿海軍民的抗倭鬥爭，曆時十餘年，前後數十戰，“飆發電舉，屢摧大寇”，建立了蓋世奇功，在當時和後世受到中國各族人民的尊敬和紀念是理所當然的。他在禦倭戰爭中行之有效的一些軍事策略和戰法，已成為留給中國人民抗擊外來侵略的寶貴財富。
注釋
①《明史》卷一九九《鄭曉傳》。
②《嘉靖東南平倭通錄》。
③《明史》卷二一○《張羽中傳》。
④采常吉《倭變事略》。
⑤《明史》卷二一二《戚繼光傳》。
⑥據胡宗憲《籌海圖編》卷七。《戚少保年譜耆編》卷一記為：“總督三營二十四衛。”
⑦《紀效新書》卷首《任臨觀請創立兵營公移》。
⑧⑨⑩《戚少保年譜耆編》卷一。
狼筅又名龍篼，是一種適應江南水田地帶的禦倭利器，用大毛竹做成（也有用鐵做的），長約一丈五六尺，節密枝尖，梢加利刃，須力大的人，才能運用自如。
《戚少保年譜耆編》卷二。
《戚少保年譜耆編》卷三。
《嘉靖東南平倭通錄》、《國榷》。
《戚少保年譜耆編》卷四。
《譚襄敏公奏議》卷二《請行賞罰以勵人心疏》。
《明史紀事本末》卷五五。
《戚少保年譜耆編》卷五。
《明史》卷二一二《戚繼光傳》。