海瑞巡視淞江府時，華亭縣農民前來控告鄉官侵奪民田的達萬人之多。為了限製大地主的過分剝削，海瑞對於土地兼並問題采取了斷然的行動，要大地主退還侵占農民的田地。當時江南最大的地主鄉官（退休居鄉的官僚）前宰相徐階一家占田達二十四萬畝。海瑞勒令徐階和他的弟弟徐陟退田，還把徐府數千名家奴遣散了十之八九。徐階三個作惡多端的兒子都被海瑞拘捕，依法製裁。徐階退出的田地，估計在一半以上。其他鄉官見此情狀，有的逃走，有的不得不依法退田。海瑞的行動，大大打擊了豪強地主的氣焰。李贄讚揚說：“公獨卵翼窮民，而摧折士大夫之豪有力者……自是士大夫之名貪暴者，多竄跡遠郡以避，小民始忻忻有更生之望矣。”⑨
海瑞在應天巡撫任上所做的最大的一件工作，也是對人民最有利的一件工作，是他大力推行一條鞭法。一條鞭法，亦稱一條編法，早在嘉靖年間，浙江巡撫禦史龐尚鵬曾在江南實行過，但影響較小。這次，海瑞采用龐尚鵬的成法，在應天十府內普遍推行，成效顯著。一條鞭法的內容主要是把過去明王朝對於各府、州、縣的各項雜款、均徭、力差、銀差、裏甲等等都編在一起，通計一省丁糧，通派一省徭役，官收官解，除秋糧外，一律改收銀兩，計畝折納，總為一條，把複雜的賦役簡單化了。一條鞭法的貫徹實行，改變了當時江南極端混亂和嚴重不均、弊端百出的賦役製度。由於一條鞭法使大土地所有者也要按畝負擔一部分賦役，無地或少地的農民則可免去一些不合理的負擔，這對一般百姓來說好處較多。同時，一條鞭法規定可以“雇役”代替“力役”，保證農民有較多的自由時間從事生產，初步扭轉了百姓逃亡、田地荒蕪的狀況，也為城市手工業提供了更多勞動力的來源。再有，一條鞭法規定，除秋糧外，力役一概折銀交納，這就使農民對封建統治者所負擔的徭役基本上貨幣化了，從而促進了商品經濟的發展。海瑞在應天十府推行一條鞭法是全麵而普遍的，態度是嚴肅而認真的。因為他毫不顧忌鄉官和大地主的反對，後來終於被罷官而去，但是一條鞭法還是貫徹執行了的，而且受到人民的擁戴。所以《江南通誌》上說，海瑞“行條鞭法，遂為永利”。
海瑞被罷官後，回到家鄉瓊山閑居了十六年。萬曆十三年（1583），他七十二歲，被起用為南京吏部右侍郎。海瑞一到任就改革弊政，廢除一些衙門向街道商戶索取物品的陋規，用嚴刑製止官吏的貪汙。不久，海瑞又遷升為南享都察院右副都禦史。他在南京任上僅兩年多，就於萬曆十五年十月病逝。海瑞死後，其下屬僉都禦史王用汲料理喪事，看到海瑞全部家當隻有俸銀十多兩，綾、綢、葛各一匹，所用幃帳十分破舊，清苦得連一介寒士都不如，忍不住哭出聲來。消息傳出，南京百姓為之罷市，喪船過江，兩岸站滿了穿白衣送葬的人群，奠祭哭拜的人，百裏不絕。
注釋
①《明嘉靖實錄》卷二三。
②《明史》卷二一○《王宗茂傳》。
③伍誌萃：《村居漫錄》卷一。
④《稟鄢都院揭帖》，《海瑞集》上冊第168頁。中華書局版。
⑤《興革條例》，《海瑞集》上冊第117頁。中華書局版。
⑥見《海瑞集》上冊第217-222頁。
⑦《啟譚次川侍郎》，《海瑞集》下冊，第423頁。
⑧何良俊：《四友齋叢說》卷一四。
⑨李贄：《太子少保海忠介公傳》，《海瑞集》下冊，第547頁。