三、治理河患，解決漕運。明代的黃河在今江蘇濱海縣境內出海，其中自徐州至清河（今淮陰西）的一段黃河又是運河河道，時稱“借黃為運”。清河以東到出海口，黃河又與淮河共一河道，黃河水漲，淮水被逼，倒灌運河。當時黃河經年泛濫，常使運河阻斷，漕運不通，農田也大量被淹沒，成為關係國計民生的一大問題。張居正對此極為憂慮。為了解決黃、淮水患，他認為必須統一事權，由一人兼任河道總督和漕運總督。根據他的建議，朝廷於萬曆六年（1578）正月，命吳桂芳兼理河漕。不久吳逝世，居正又推薦有治河經驗的水利專家潘季馴以工部左侍郎兼右都禦史銜，總理河漕，許以便宜行事。季馴從“民生運道兩便”出發，采取“築堤障河，束水歸漕，築堰障淮，逼淮注黃”的治水方案，治理黃、淮。在張居正的大力支持下，朝廷批準了他的計劃，又給以充足的經費，潘季馴得以排除幹擾，大膽地執行他的方案，改變了黃、淮兩河經常決口，漕運不通的狀況。“數年以來，居民既奠，河水安流”，而“田廬皆盡已出，數十年棄地轉為耕桑”，漕船也可直達北京，對農業生產和南北經濟交流起到一定的作用。
四、推行一條鞭法。張居正改革的最主要內容是改革賦役製度，推行一條鞭法。他在任首輔後即曾尖銳指出：“自嘉靖以來，當國者（指嚴嵩）政以賄成，吏股（juān、捐，剝削）民膏以媚權門，而繼秉國者（指徐階）又務一切姑息之政，為逋負（拖欠稅賦）淵藪，以成兼並之私。私家日富，公室日貧，國匱民窮，病實在此。”為了富國足民，他認為必須從根本上整頓國家的賦役；為了均平賦役，必須首先清丈土地。萬曆六年（1578），張居正下令清丈全國各種類型的土地，限三年完成，並且規定對破壞清丈者，要“下詔切責”。這次清丈正如他所說的，“在小民實被其惠，而於官豪之家殊為未便”。經過三年的努力，共丈得天下土田七億畝，比弘治十五年（1502）超出二億八千萬畝。盡管這一田畝數額不免有所誇張，但畢竟使一些豪強地主受到了抑製。萬曆九年（1581），張居正又在丈量土地的基礎上，把嘉靖初年已在福建、江浙等局部地區施行的一條鞭法，下令在全國範圍實行。一條鞭法的內容比較複雜，各地施行也不一致。根據《明史·食貨誌》和其他史書記載，它的主要內容是：統一役法，把原來的裏甲、均徭、雜泛合並為一，不再區別銀差、力差，一律折銀征收，力差由官府雇人應役。原來按照戶、丁派役的辦法改為按照丁、糧派役。丁和糧各占多少比例，沒有統一規定，各地實行不一，或丁六糧四，或糧六丁四，或丁糧各半。賦役數目，以縣為單位計算，以原有稅額為基準，不得減少。這種把田賦和名目繁多的力役，總編為一條的辦法，稱為“一條鞭法”（亦稱“一條編”）。它的特點概括起來說，就是賦役合一，按畝計稅，用銀交納，手續簡便。施一條鞭法的實施，從實際效果來說，在一定程度上起了抑製兼並和均平賦役的作用，減輕了一些地區農民的負擔。《明史·食貨誌》說：“賴行條鞭法，無他科擾，民力不大絀（拮據）。”這種賦役製度，上承唐代的兩稅法，下啟清代的“地丁合一”製，反映了賦役逐漸趨向一元化的曆史進程。它規定的賦役征銀，既是商品經濟發展的必然產物，又反轉過來促進商品經濟的進一步發展，有利於資本主義萌芽的成長。以銀代役，相對鬆弛了對農民的人身控製，客觀上有利於生產的發展。從萬曆十年至十五年（1582-1587）短短的五年間，太倉積粟達一千三百餘萬石，可支全國五六年之用，國庫積銀也有六七百萬兩之多，使明朝政府的財政支絀情況有所好轉。誠如談遷所說：張居正“洵經濟之才也”。