最終的結果令所有人都感到震驚，帝國權力係統僅有的12名省部級官員全部涉案。麵對這樣一個結果，朱元璋的悲憤是可想而知的，他再一次舉起了那把令所有帝國官員都為之膽寒的血腥屠刀。據《明史?刑法誌》記載，在郭桓案中，從六部各個副部長往下，到地方各級官吏，牽涉此案而死者，達數萬人之多。全國的“中產階級”基本上都被這個案子逼至絕境，直至破產。
等到郭桓案塵埃落定，朱元璋的朝堂也為之一空，中央各部機關連跑腿的普通文吏也沒有剩下幾個。我們經常會羨慕那些工作在領導身邊的人，認為他們“近水樓台先得月”，有什麼好處，領導會在第一時間考慮到你。可我們不要忘記，近水樓台固然可以先得月，但同樣也要承擔月亮惹下的禍端。
郭桓案中，那些“近水樓台先得月”的中央官員成了第一批倒在朱元璋肅貪颶風之下的人。朱元璋張開的這張巨型大網，由上至下，那些前一秒鍾還在慶幸自己是漏網之魚的官員，下一秒鍾也就成了網中的魚兒。朱元璋要求以贓款賄銀為線索一路嚴查下去，一直追查到最初的行賄者。這條線索其實就是大明官場的灰色生存路徑，每條路徑又有若幹分支，從京官、地方官，直至糧長。
這件大案處理後，朱元璋卻陷入了困惑：為何官員“擢用之時，並效忠貞，任用既久，俱係奸貪？”也就是說，官員在剛剛提拔的時候都會表現得清廉忠貞，可是擔任職務時間長了，就會變得又奸又貪。他更不明白的是皇帝反貪，卻越反越貪。割韭菜般殺貪官，結果貪官卻越殺越多，殺不勝殺。
百思不得其解的朱元璋，陷入迷惘之中。或許他隻看到了人性中的貪婪一麵，卻沒有察覺到皇權製度下隱藏著的巨大黑洞。郭桓等人收受應天等地富戶徐添慶等人的賄賂，私自免除他們的馬草（戰馬所需的草料），將負擔轉嫁給已經交納馬草的安慶百姓。他們還私底下實施納糧入水、納豆入水的勾當——每年都有一些奸詐的糧長，夥同倉庫官在豆、糧中拌水，以增加斤兩。每間倉庫容量不下一萬餘石，往往就因為一戶刁民攙水，結果就會導致官糧經濕熱一蒸而全倉壞掉。
同樣也有人提出質疑，朱元璋的屠刀之下，有多少人是罪有應得，有多少是背了黑鍋的。按常理推測，像郭恒案這種高級別的貪汙大案參與的人是越少越好，如此既能保證安全，也能確保利益分成較為集中。最後的處理結果表明，這是一起牽涉麵廣、參與人員眾多的腐敗窩案。禮部、刑部、兵部、吏部、工部各個部門一起分工合作，這不符合常理。
對此，朱元璋不以為然。他說，當各衙門禍害百姓的時候，如果有人能夠對百姓的疾苦產生惻隱之心，不與奸官同流合汙；當貪官們向百姓科斂的時候，或者拒絕在公文上簽字畫押，或者阻止貪官的行為，使他們不能得逞，或者用密封的奏書報告給皇帝，對百姓予以關懷體恤。他們如果這樣做了，我還不分輕重一視同仁地懲處他們，那我確實是在枉殺無辜。每次那些帝國蛀蟲們在橫征暴斂時，他們都沒有采取任何阻止的行動，這種權力上的不作為，把他們和貪汙犯一起治罪，還有什麼冤枉可喊的？郭桓等人總共貪汙了2400多萬石糧食，我現在追贓，隻要求追出來700萬就算了。追700萬，有中產階級破產，你們就這樣議論紛紛，真要認真起來，我其實還該追贓2400萬。
朱元璋借著郭桓案，將自己的帝國來了一次上上下下的大清洗。在他看來，製度這種東西要保持它的新鮮度，隻有越洗越健康。盡管每一次清洗，朱元璋都要打著維護老百姓利益的金字招牌，可這些案子也確確實實損害到了帝國的統治基礎，也同時傷害到了全國士子階層們的忠孝之心。十年或者更長時間的寒窗苦讀，辛辛苦苦掙了一官半職，最後還是受到牽連，落得身首異處。像朱元璋這樣草根出生的農民來說，他們與富人大戶有著一種與生俱來的隔閡與仇恨。在他們看來，富人大戶往往為富不仁，與官府有著某種交易性質的勾連，將手無寸權的良民逼至生存的絕境。通過這樣一次大清洗，以達到消滅天下富戶的目的，最後隻留下老實巴交、安分守己的小農，創造理想的小農社會是朱元璋一直追求的政治理想。
由郭桓案引發的大清洗，使得權力係統人人自危。他們雖然不敢指責皇帝的過錯，但是對於那些告發此案的禦史，和審理此案的審判官們，卻表現得群情激憤，議論鼎沸。朱元璋很快發覺，這個案子所帶來的負麵效應正在逐漸摧毀天下士子的製度信仰。
朱元璋不斷擴充自己手中的黑名單人數。有幸進入朱元璋黑名單的官員，大部分是負責審理此案的一批審判官員。比如說，負責此案的國家最高檢察院副院長吳庸，就成了最後一個因郭桓案被殺的官員，而且死得極慘，是磔刑——所謂“磔”，就是把身上的肉一片片地割下來，朱元璋好像用它來平息眾怒。辦完了這兩件事，朱元璋隨即下旨，大赦天下。