爭論者各執一詞，誰也沒有有力的證據否定另一派的論點。
有人分析為什麼會把秦始皇說成是呂不韋的兒子。其一，認為秦滅六國後，原來的六國貴族為了發泄他們的憤恨，自我安慰，便對秦始皇的身世進行攻擊，其潛台詞是：“六國雖然滅亡了，但秦始皇是呂不韋的私生子，因此秦國實際上滅亡了。”假如嬴政確是呂不韋的兒子的話，那麼秦始皇統一中國之舉，就不是滅六國，而變成齊、楚、燕、韓、趙、魏“六國滅秦”了，因為呂不韋不動千軍萬馬，隻靠一條詭計，就能把自己的兒子弄上秦國的王位，奪了秦的江山，六國的亡國之恨也不必耿耿於懷了。類似的情況在明成祖朱棣身上也出現過。明滅元後，元朝的遺老遺少便說朱棣是元順帝的兒子，以此說明江山還是元人的。其二，據郭沫若研究分析，劉邦死後，呂後為了給自己的篡漢行為披上合法的外衣，便製造“秦始皇是呂不韋私生子”的說法，目的想說明天下原本就是呂家的，漢王朝奪了呂氏的天下，現在呂氏奪回江山也就名正言順了。
秦始皇究竟是誰的兒子直到現在仍然是個未解之謎，不過單就上麵列舉的史料來看，一口咬定秦始皇就是子楚的兒子而不可能是呂不韋的兒子，論據似乎有點勉強。因為司馬遷學識淵博，見聞廣達，他少時即學習《尚書》和《春秋》，20歲遊曆天下，後任太史令，有機會讀遍皇家收藏的文史經籍、諸子百家及各種檔案資料，在著《史記》時，司馬遷是非常嚴謹的，他善於廣征博引，並不拘泥於某一部參考書。因此《戰國策》中沒有記載的事情，不代表就不存在。況且《史記》一向被奉為正史的經典，而《戰國策》在曆史上曾被列入別史類，也就是雜史，可信度要低得多，此其一。其二，司馬遷明明寫道，“呂不韋……與居，知有身”，然後才“至大期時，生子政”，可見趙姬嫁與子楚之前就已經懷了孕，而且這個胎兒就是後來產下的嬴政。子楚知道趙姬所生兒子非自己的兒子，也完全仍有可能立趙姬為夫人，並立政為太子，因為所有的一切本來就是一場陰謀，是一筆交易，呂不韋將趙姬獻給子楚時就曾提出條件：將來要立趙姬為後，生子要立為太子。子楚不見得會那麼自恃清高，因為知道孩子不是己出便違背約定不立其為太子，況且當時的人根本還沒有當“冤大頭”的概念。其三，至於秦始皇斥責呂不韋的話，更不能當作有力的證據，因為眾所周知，秦始皇非常痛恨其母與呂的淫亂行為，當然不願意承認自己是呂不韋的私生子，他從感情上不能接受這一事實，並且不想讓天下人都知道這件事情，試想，除此他還會怎麼說呢？