皇太極隻有將大妃及代善均打擊下去，自己才能爬上汗位，所以他的一箭射去，不僅大妃被廢，而代善也名譽掃地，更為重要的是離間了代善與努爾哈赤的感情，讓他這個孝慈高皇後所生的兒子在父親眼中地位更重。
然而大妃被廢一年多後，又複立為大妃，大妃的確有可愛之處，努爾哈赤舍不得割愛，而且時間一長，發現她也沒有什麼大過。在代善勢力的下降過程中，皇太極的權勢在日益增大，忽然大妃又被立，皇太極是十分不願意看到的。恰巧這個時候努爾哈赤駕崩，大妃就成了皇太極繼位的唯一障礙。滿族確有用活人殉葬的習慣，卻沒有汗死後必定要讓皇後和妃子殉葬的成例。至於努爾哈赤遺囑中講大妃的一番壞話，更沒有必要，純屬是皇太極矯詔而逼迫大妃。這時的代善，已是愛莫能助，剩下大妃孤兒寡母，也就隻能任人宰割。37歲的大妃殉葬的確不是自願，純係皇太極逼迫所致。
與大妃同時殉葬的還有兩個庶妃，一為阿吉根，另一為代因紮。代因紮就是當年告發大妃與代善有曖昧關係的那個人，告大妃與皇太極指使有關，現在也被令殉葬，應該是皇太極怕日後事情敗露，借機殺人滅口，她成了皇太極皇權鬥爭中的真正殉葬品。
支持這種觀點者認為，努爾哈赤死時，大妃隻有37歲，正值盛年，風姿饒豔。大妃生的兒子多爾袞、多鐸兄弟也有資格同皇太極爭奪皇位。皇太極深知，要削弱多爾袞、多鐸的力量，最好的辦法就是處死大妃。另外，努爾哈赤臨終之時，隻有阿巴亥一人守在身邊，她向諸位皇子傳達老汗王的臨終遺囑是“多爾袞嗣位、代善輔政”，這遭到四大貝勒的斷然否定，他們是有道理的。因為和碩貝勒共治國政，不但汗王生前反複強調，而且書寫成訓示交給了每位貝勒，白紙黑字，證據確鑿。而所謂的臨終遺言沒有第二人能夠證明，即使汗王真的在去世前的昏迷中說了類似的話，也隻能視為錯誤的命令，不可執行。
當時八旗人馬中，皇太極掌握兩黃旗，代善掌握正紅旗，阿敏掌握鑲藍旗，莽古爾泰掌握正藍旗，所餘鑲紅、正白和鑲白三旗旗主，分別是大妃的三個兒子阿濟格、多爾袞和多鐸。阿濟格、多爾袞和多鐸分別隻有19歲、12歲和10歲的時候，就擁有一旗，成為與諸兄並駕齊驅的權勢很大的旗主。諸貝勒能夠成為旗主，完全是因為在戰場上出生入死，流血拚命，而阿濟格三兄弟恃母親愛寵而得汗王厚賜，怎能讓人心服口服？
再說，阿濟格、多爾袞、多鐸所掌握的力量已經超過四大貝勒中的任何一個，如果再有他們的母親阿巴亥以國母之尊連綴其上，那麼其他五位旗主誰不畏懼？還有誰敢不服從？如果大妃阿巴亥因此而左右八旗、左右整個大金國的政局，破壞八王共執國政的均衡，對大金國的每個人，尤其是對與阿巴亥有宿怨的皇太極和莽古爾泰，後果都是不堪設想的。所以皇太極當然想到必須除掉阿巴亥這顆最大的釘子。因為除掉這個總首領，就容易使三個同母兄弟分離，不能形成三人聯合的雄厚力量，所以一定要馬上將他們的母親處死，才能保證後金政權的穩定。這樣一來，大妃沒有別的選擇，她必須死去。
在努爾哈赤死去9個時辰之後，他最寵愛的大妃阿巴亥被四大貝勒逼迫殉葬，理由是努爾哈赤有遺囑在先。大妃並不相信汗王會留下這樣的遺言，她據理力爭，但貝勒們告訴她：這是汗王的遺命，他們縱然不忍心、不願意，卻不敢不從。而且，陪葬的儀式都已經準備好了。到了這一步，阿巴亥還有什麼辦法？她隻能屈從，換上禮服，戴滿珠寶飾物，自縊而死。
除上述主要觀點外，不少人還認為努爾哈赤並無遺言，大妃之死乃諸貝勒之逼迫。不過諸家觀點及所舉理由也不盡相同。有人指出努爾哈赤曾欲立多爾袞，但是代善支持皇太極登基，為確保多爾袞之母不加反對，必須逼迫其自盡。有人認為努爾哈赤臨終不將大妃為其殉葬之事告訴她，值得懷疑，因而是代善、皇太極等人強製其殉葬，並無遺命。也有人提出諸貝勒對多爾袞三兄弟並無戰功僅憑其母親的尊貴身份而成旗主不滿，對大妃十分反感。更有認為努爾哈赤臨死前召見大妃，很可能曾向她說過許多不利於諸貝勒的“遺命”，因而諸貝勒將其逼死。
大妃阿巴亥的結局是如此的悲慘，令人歎息不已！