最後是生物防治。嶺南地區用蟻防治柑橘害蟲，當地人把大蟻連窠采歸飼養，果農則向養蟻人買來放養於柑橘、檸檬等果樹上。
果農們還創造了在樹與樹之間用藤竹、繩索溝通引渡，以便大蟻在各樹之間交通往來的方法。此外，四川臨江的果農也買蟻防治柑橘害蟲。
作物病害，到清代逐漸被人們所注意，農書中有關記載多了起來，如祁寯藻《馬首農言》中就有“五穀病”一章。
用藥物治病，直到清末的馮繡《區田試種實驗圖說》中才介紹了“用雪水、鹽水浸種”和“用黑礬當做肥田料”以防治黴病之法。
清代記載涉及植樹造林材料的書約有40種左右。這些著作反映了當時的植樹造林技術，不過其中大部分是關於果樹的，一般林木僅有片斷零星的記述，但由此也可窺見其概貌。
一是育苗造林。首先必須采收成熟樹種。成熟的種子，含水量較低，貯藏不易發熱腐爛。成熟種子用來育苗發芽率較高。什麼樹的種子，何時成熟而應該采種，清代人們已積累了豐富的經驗。
二是轉垛法造林。於霜降後到春初樹木尚未發芽前，在根旁又寬又深地將土挖開，再從樹根側麵斜伸下去截斷主根，保留四周側根，刨成一個圓形的根盤；然後在掘開處仍把土蓋上築實。
不太大的樹掘斷主根一年後即可移栽，很大的樹要經過3年。每年掘樹根的一麵，最後把樹起出，用稻草繩捆紮根盤，以固定泥土。
此時暫勿移動，掘土處仍用鬆土填滿，並用肥水澆灌，待至明年二月，運到預定地點栽種。這種方法因準備工作經過時間長，操作又十分細致，因而樹木移植後成活率就比較高。
三是插條造林。這一方法無須培育種苗，方法簡單易行。扡插的插穗，在清以前的農書中一般都說在早春季節采取插穗。但清代有的農學家認為初冬時枝條中含有養分比較充足，我國是世界上生產柞蠶繭最多的國家，也是人工放養柞蠶最早的國家。明末清初，我國的柞蠶放養技術已逐步進入成熟的階段，但到乾隆初年才有論述放養柞蠶技術的專書問世。根據清代一些著作來看，柞蠶的放養有兩種：一是放養春蠶；一是放養秋蠶，兩者放養法基本上近似。
春蠶的放養，首先是選擇種繭，選出優繭作為種繭，並按雄雌為100與110或120之比穿成繭串，送溫室進行暖繭。“暖繭”係為促使種繭適時羽化而采取的措施。
在暖繭的三四十天裏，什麼階段應升溫，什麼時間溫度應保持平穩，又要隨著自然氣溫的變化而調節。這是柞蠶放養技術上的一大進步。因為暖繭工作必須有豐富經驗，所以清代有些蠶農以暖繭為職業，開設“烘房”和“蛾房”。
關於放養蟻蠶采用“河灘養蟻法”，清代中葉以前就有了。其法是在“活水河邊”沙灘上開挖淺水溝，把從柞樹上摘下的嫩柞枝密插溝內，用沙培壅，這樣柞枝幾天內不致蔫萎。然後將蟻蠶引上柞枝。
“剪移”是放養柞蠶中的一項重要工作。即蠶兒將柞葉吃到一定程度時，或因葉質老硬，蠶兒厭食時，把柞枝連蠶剪下，轉移到另一柞場的柞枝上去。
從蟻蠶上樹到結繭，一般要移蠶六七次。蠶兒漸老熟，開始移入窩繭場。采收的春繭準備作種用的，經挑選後，穿成繭串，掛在透風涼爽而日光直射不到之處，以待製種，放養秋蠶。
蠶農在實踐中認識到蠶病是要傳染的，所以特別強調蛾筐等工具每年都須用新製的。他們又發現改善蠶兒生活條件，可以減少蠶病的發生，所以特別注意保種、保卵和加強飼養管理。對危害柞蠶的蟲蟻，采用人工捕殺和用紅礬、白砒等做成毒餌誘殺。為了驅散或捕殺為害柞蠶的鳥獸，蠶農們還創造了一些捕殺工具，如霹、機竿、排套、網罩、鳥槍、鳥銃等。總之，放養期間，蠶農們十分辛苦。
清代的農書約有100多部，尤以康熙、雍正兩朝為繁盛。大型綜合性農書僅有一部《授時通考》，是1737年由乾隆帝召集一班文人編纂的。全書規模比《農政全書》稍小。因是皇帝敕撰的官書，各省大都有複刻，流傳很廣，國際上也頗有聲名。
《授時通考》全書布局，依次分為：天時、土宜、穀種、功作、勸課、蓄聚、農餘、蠶桑八門。該書把天時、地利的因素和“勸課”提到了空前高度，成為主題所在，而生產技術知識卻退列附從地位。
全書引用的書籍總數達到427種，遠遠超過了《農政全書》，但作為農書的意義來說，沒有作者的親身體會，沒有什麼特殊的新材料。
從清初到道光時，專門討論一個小地區農業生產特點和技術，而由私人著作的小型農書出現不少。如專論河北省澤地農業的吳邦慶的《澤農要錄》、山西祁寯藻的《馬首農言》、陝西楊屾的《知本提綱》和《修齊直指》等，都是根據地區需要和特點寫成的，在當地有較大的生產指導意義。
清中葉以前曾出現了多種專論某種作物、蠶桑或獸醫的專業農書，其中有《棉花圖》、《金薯傳習錄》、《養耕集》、《抱犢集》等。
花譜、果譜的種類更多，比較有名的兩種花譜，一是《秘傳花鏡》，一般稱之為《花鏡》，流傳較廣，作者陳淏子。
全書共分花曆新栽、課花18法、花木類考3個主要部分。書中內容有不少是作者自己的心得和詢問得來的經驗，甚至有“樹藝經驗良法，非徒采紙上陳言”的第一手記錄。
1708年，康熙帝下令組織一班大臣將明代《二如亭群芳譜》改編成為100卷的《廣群芳譜》。這部書內容龐雜，體裁也有所改進，但農業生產意義不大。