莫理循在中國的辛亥革命中力挺袁世凱，在報紙上為他搖旗呐喊，在實踐中為他出謀劃策，已經大大超越了記者的職權。他的這些努力從他個人的收獲來說是巨大的。由於他所支持的袁世凱最終當上了中華民國的總統，他又一次贏得了歐美讀者的信任，正像他極力推動的日俄戰爭終於爆發後，人們欽佩他的預測力一樣。袁世凱則使他成為中華民國政府的第一位政治顧問，給他以崇高的榮譽。
袁世凱就任臨時大總統之後，以一封口氣尊崇的信函，邀請莫理循擔任中華民國政府的政治顧問，以表示自己對莫理循的感激，同時也希望借助莫理循的力量在財政支持等方麵更加容易地得到列強的支持與幫助。蔡廷幹說，信函是中國向外國人發出的最為榮耀的聘書，而且用最禮貌的語言來表達。
1912年8月1日，莫理循與中國政府簽約，同意擔任中華民國政府的政治顧問。中國政府給予他優厚的待遇，除每年3500英鎊的薪水外，還有房租津貼250英鎊，雇用機要秘書津貼200英鎊，免費為他配備一名幹練的中文翻譯。他因回國結婚返回北京的旅費，以及合同期滿後回國的旅費，都由中國政府支付。此外，他還可每年享受兩個月的休假。
中外報界對於莫理循擔任顧問一事頻發報道和評論。從1912年8月到年底，莫理循的名字在中外報刊上出現的頻率之高，是他個人經曆中從所未有的。而他以記者身份擔任政治顧問進入政界，也提高了記者的聲望，在來華外國記者群中掀起了不小的波瀾，似乎點燃了其他記者從政的欲望。中國著名記者黃遠庸形容為：“北京外國人之活動五光十色，上至使館，下至商人，無不為政治之活動。自摩利遜（即莫理循）之聲望日隆，於是外國新聞記者，於政治上尤分一部分之勢力。京中今頗有一種摩利遜黨遊說當路。”更有甚者，這年8月3日，英國的《插圖倫敦新聞》的封麵刊登了一幅與莫理循有關的照片。莫理循站在袁世凱側後方，交給袁一份文件。袁世凱扭頭認真地審看。其實，這張照片是袁世凱與其秘書蔡廷幹在辦公室議事的合影，《插圖倫敦新聞》對照片進行了剪貼。莫理循對這張照片做了注解：“許多圖片新聞刊載有我的畫像，最有趣的是偽造我站在袁世凱身旁並以一份文件請其過目的那張畫像。這是總統和他的秘書蔡廷幹的快照，不過蔡的頭被我的頭取而代之了。”這張剪貼畫像說明了莫理循如何受到袁世凱的重視，袁世凱又是如何回報他在辛亥革命期間支持自己的。
但是，從莫理循擔任政治顧問之後的經曆來看，他有得，但也有失。這首先表現在莫理循擔任政治顧問後，其影響力在大大下降。對此，莫理循的一些好友和同事在他接受顧問任命後就對他有所警告。如日本新聞記者佐原篤介認為：“過去一直到現在你都是個批評者，而現在你成了台上的或者幕後的一個角色。”英國駐華使館醫生德來格認為：“現在他是中國的公仆，而不再像從前那樣是一位獨立而無所偏袒，並且能夠時時讓袁世凱從他的見解中得到益處的觀察家了。”
從記者到政治顧問的轉變，不僅是職業的轉變，隨之會出現各方麵的變化。過去莫理循是一個為英國著名報社服務、並受到萬人矚目的知名記者，英國公眾通過他的報道了解遠東局勢。當他擔任中國政府的雇員後，已經不是站在客觀、公正的立場對所觀察事務提出批評的無冕之王，而首先要考慮中國的立場，或者說，需要他站在中國政府甚至是袁世凱的立場上行事。在他擔任中華民國政府政治顧問初期，英國外交大臣愛德華·葛雷爵士曾表示滿意，但有家德國報紙認為莫理循得到中國政府的任命，是英國在華的一個勝利。然而，由於他為“他的新主人們效力的努力”，會“使他同他的本國政府發生齷齪”。英國人對他懷疑和拭目以待是肯定的，甚至由於把他看作為另一個國家服務的雇員而對他產生某種敵意。從中國人的角度看，他在擔任記者期間曾為中國的“新政”改革做過大量的宣傳與報道，受到了各界的肯定。現在雖然成為中國雇員，但中國人理解的他首先是英國人，存有戒心也是不言而喻的。因此，莫理循從在聘書上簽下自己的名字起，就已經進入了一個尷尬的境地——一個不能像記者時期受到中英雙方信任的境地。事實也如此。《紐約先驅報》記者端納曾在報上披露了莫理循的這種尷尬：“我每天見到莫理循博士，他不知道自己是否對現在的職務已經感到厭倦。他經曆了一段艱難的日子。忠告是易於提供的，中國人也聽從忠告，可是他們仍然自行其是。莫理循時常感到為難……莫理循充任《泰晤士報》記者的時候，擁有比現在高兩倍的威望和加三倍的影響。”