《史記》的注釋始於六朝而盛於唐。舊注流傳至今者唯三家最為著名：劉宋裴鈒的《史記集解》、唐司馬貞的《史記索隱》、唐張守節的《史記正義》，合稱《史記》三家注。三家注原本分別流傳，北宋時合為一刻，將注釋散列於正文之下。三家注雖然體例相近，但內容各有所長，《集解》廣征博引，《索隱》探幽發微，《正義》詳於地理，然而疏解正字始終是各家的重點。三家注補充了大量史料，糾正原著舛誤，且《索隱》、《正義》對《集解》、《正義》對《索隱》，都有不少補充和糾正。三家注雖有不少缺點錯誤，但至今仍有重要意義。
《史記》的一百三十篇，分為十二本紀、十表、八書、三十世家、七十列傳。《史記》五體是一個完整係統，明確分類，彼此互補，相得益彰。十表是國家大事記，有世表、年表、月表之分，明確劃分曆史階段，扼要概括曆史內容，創立了統計學的曆史文體。八書是文化、經濟諸項的分類史，包括禮、樂、律、曆、天官、封禪、河渠、平準，全麵敘述了各種社會製度的發展變革。本紀、世家、列傳屬於人物傳記。本紀記帝王，世家記諸侯，列傳記帝王、諸侯以外的名人。司馬遷重視客觀事實，名號並非唯一的劃分標準。項羽、呂後實際行使帝王之權，因而立為本紀；孔子定六藝垂儀後世，陳涉反暴秦首難有功，因而把孔子和陳涉並立為世家；漢惠帝仁弱如傀儡，雖在位七年，《史記》也不予專載。這是求實精神的體現，與愛憎褒貶沒有必然的聯係。《史記》五體以本紀和表為經，以書、世家和列傳為緯，交織成疏密有致的曆史網絡，縱向貫通西漢以前各個曆史時代，橫向統攝各個領域、各個階層、各個民族、各種行業，反映的社會麵極其廣闊，因而《史記》既是以人物為中心的通史巨著，又兼具百科全書性質。
先秦時代的史書有文誥、編年、國別、譜諜等體例，司馬遷的《史記》不但廣泛運用了先秦史書的材料，而且適當借鑒了先秦史書的體例。《史記》五體有創新有變革，創製多於因革。係統的紀傳體顯示出非凡的優越性，先秦史書諸體便相形見絀，效仿《史記》者遂日益增多。《漢書》、《後漢書》、《三國誌》、《宋書》、《南齊書》、《魏書》等，雖對《史記》五體有所變革，但全用紀傳體。唐代國勢強盛，文化繁榮，初唐時期就在禁中開設史館，修撰前朝國史。所修晉、隋之間的八部史書，也全用紀傳體，從此紀傳體便成為曆代正史的固定體例。《隋書·經籍誌》設立史部，以《史記》為正史之首，自此宣告了《史記》對《春秋》的獨立，確定了《史記》在史學史上的崇高地位。《史記》指導了中國二千年來正史的修撰，史官不能易其法，學者不能舍其書。漫長的中國古代社會逐漸溶為洋洋大觀的二十四史，近三千八百卷，是世界史著海洋中最長的，而《史記》首開其先。
三
司馬遷生活於諸子思想大融合的氛圍中，自幼深受儒、道思想的熏陶，他的“一家之言”具有非儒非道，亦儒亦道的特征，這一特征貫穿於整部《史記》的內容。司馬遷的政治思想體現為儒道互補：向往大同世界，排斥小國寡民；推崇無為而治，摒棄繁文縟禮；融合儒道尚德精神，抨擊漢武帝諸項弊政。
《春秋公羊傳·隱公元年》說：“何謂乎王正月？大一統也。”《禮記·禮運》雲：“大道之行也，天下為公。”《春秋》的宗旨是尊崇統一，儒家的理想是大同世界。戰國晚期儒者基於封建宗法思想，為新的統一提供依據，遂記載自黃帝至周代諸侯姓氏世係，編成《帝係》、《五帝德》。司馬遷擇其雅言，寫入《史記》，用同一血統說將華夏各族統一於黃帝旗幟之下，熱情描述堯舜禪讓，以十二本紀為綱，統理上下三千年，擴充發揚了大一統精神。春秋五霸爭奪盟主，戰國七雄逐鹿中原，秦始皇兼並諸侯，漢武帝推恩削藩，是追求和維護統一，司馬遷皆予以肯定；漢初功臣造反，惠帝時諸呂篡權，景帝時吳楚七國作亂，武帝時淮南衡山謀叛，是醞釀和製造分裂，《史記》皆予以譴責；揣測項羽為舜之苗裔，宣揚劉邦是龍的傳人，表明他們都可以統一天下。
《貨殖列傳》序雲：“老子曰：‘至治之極，鄰國相望，雞狗之聲相聞，民各甘其食，美其服，安其俗，樂其業，至老死不相往來。’必用此為務，挽近世塗民耳目，則幾無行矣！”道家小國寡民的政治理想，實質是分裂倒退到原始社會。司馬遷指出這是堵塞人民的耳目，於當世行不通，顯然是對道家政治理想的批判。
然而，司馬遷卻極力推崇黃老無為而治的政治方略：尚簡易，黜繁縟；貴卑議，忌深文。《秦本紀》記載由餘論治，將中國之亂歸咎於詩書禮樂法度，讚賞戎夷之治簡易：“一國之政猶一身之治，不知所以治，此真聖人之治也！”《魯周公世家》比較齊魯之治，太公因俗簡禮，伯禽變俗革禮，周公於是有“北麵事齊”之歎。《齊太公世家》表彰太公之治，順應自然，發展經濟，人民歸附，蔚為大國。《管晏列傳》稱譽管仲之治，論卑易行，因俗為政。“因禍而為福，轉敗而為功”。“知予之為取，政之寶也”。順應自然規律，貫穿辯證思想，正是黃老特征。《汲鄭列傳》中的汲黯是黃老學派的典型，武帝時的持不同政見者，也是司馬遷的代言人。汲黯正直少禮，清靜無為，揭露公孫弘、張湯之流的奸詐殘忍，麵責漢武帝“內多欲而外施仁義”，切中要害，淋漓盡致。《孝文本紀》刻劃理想的有德之君，文帝無為而治，兼具民本思想，是儒與道政治方略的結合。《孔子世家》充滿高山仰止的崇敬之意，但卻借助晏子批評孔子的繁文縟禮，謂“累世不能殫其學，當年不能究其禮”，恰與《貨殖列傳》批評老子相映成趣。這些顯然是道家思想的體現。
《酷吏列傳》序雲：“孔子曰：‘導之以政，齊之以刑，民免而無恥；導之以德，齊之以禮，有恥且格。’老氏稱：上德不德，是以有德；下德不失德，是以無德。法令滋章，盜賊多有。太史公曰：信哉是言也！法令者治之具，而非製治清濁之源也。”司馬遷並引孔子、老子兩家，求同存異，以尚德觀點為理論依據，抨擊漢武帝的四大弊政：尊儒、重法、興戰、爭利。《循吏列傳》中的循吏奉職循理，不尚威嚴，便民安民，惠愛百姓，恰與酷吏形成鮮明對比。《遊俠列傳》序引莊子放論：“竊鉤者誅，竊國者侯，諸侯之門仁義存。”撕去當朝虛偽的儒學裝飾，推許閭巷布衣之俠，“捍當世之文網”，寄意深遠。司馬遷還將陳涉起義與湯武伐桀紂、孔子修《春秋》相提並論，顯示出順民心反暴政的儒家精神，即孟子所謂“聞誅一夫紂矣，未聞弑君也”。
司馬遷的哲學思想體現為儒道互補：主導方麵是道家的宇宙觀和樸素辯證法，總體意識未能擺脫春秋公羊學。他融合儒道人生哲理，形成了更為進步的人生觀。
《論六家要旨》認為自然萬物起源於混混冥冥的元氣，元氣產生萬物之前沒有一定的名稱。“凡人所生者神也，所托者形也。神大用則竭，形大勞則敝，形神離則死。死者不可複生，離者不可複返”。
《史記》力求用人事說明人事，力避用天道解釋社會。《項羽本紀》引老子觀點批評項羽“自矜功伐”，指出“天亡我”之說極其荒謬。《伯夷列傳》對“天道無親，常與善人”之說提出質問：“儻所謂天道，是邪非邪？”《蒙恬列傳》認為蒙恬錯在阿意興功，苦毒百姓，“何乃罪地脈哉”！《封禪書》和《貨殖列傳》是兩篇閃爍著唯物主義光輝的傑作，前者以紀實的手法，揶揄的筆調，諷刺鬼神之道的荒誕和漢武帝迷信神仙方士的愚蠢，實則宣揚無神論；後者夾敘夾議，完全撇開有神論，單從經濟發展的角度闡釋社會現象，在社會曆史觀方麵作出了積極貢獻。
然而司馬遷的哲學思想與儒家春秋公羊說有不解之緣，始終存在著唯心的一麵。《天官書》常常將星象與人事相比附，認為某些星辰的出現和變化會造成人類的禍福。《史記》有不少神靈怪異的描述。《史記》每遇難以解釋的曆史現象，便歸於天命：“此非天哉！”“此亦天授！”“豈可謂非天乎！”表明司馬遷雖然力圖反對天道論，但始終未能擺脫天人之學。
司馬遷鄙視漢儒的勢利，不取莊子的消極，其人生觀的主旋律及是先秦儒家積極進取的陽剛精神，而以黃老抱樸守拙的陰柔特質為基調，講究以進取為前提的謙讓，是一種有機的結合。
司馬遷的進取精神體現在崇尚儒家立德、立功、立言的“三不朽”，落腳為一個“名”字。陳涉首難，“死即舉大名耳”；伯夷死義，“得夫子而名益彰”；範蠡“三遷皆有榮名，名垂後世”；伍員“隱忍就功名，名垂後世”；信陵君禮賢下士，“名冠諸侯”；藺相如退讓廉頗，“名重泰山”；刺客荊軻等“不欺其誌，名垂後世”；遊俠郭解等“修行砥名，名不虛立”。司馬遷忍辱負重，發憤著書，也因為牢記著孔子遺訓：“君子疾沒世而名不稱焉！”