事後，張華以首謀有功，拜右光祿大夫、侍中、中書監、金章紫綬。張華受皇權至上觀念的支配，主觀上為了鞏固和加強皇權而參與了誅殺楚王瑋的密謀，這從封建道德觀念的角度看，是無可非議的。但在客觀上，他的這一行為卻有助紂為虐之嫌，在一定程度上玷汙了他潔身自好的名譽。獻計誅殺，不僅背離了他所奉行的“委命順理，與物無患”的處世準則，也使他再次卷入名副其實的朋黨之爭中，不得不與賈後一黨相沉浮。賈後出於擴大自己政治勢力的考慮，認為像張華這樣出身庶族，宗族勢力薄弱，“儒雅有籌略，進無逼上之嫌，退為眾望所依”的人，是輔政大臣的最佳人選，而對張華“依以朝綱，訪以政事”。從而使張華在政爭中處於進退維穀的地位，以至於愈陷越深，難以自拔。為了攏絡和控製張華，賈後不顧張華十餘次推讓，進封他為壯武郡公。元康六年（公元296年），又晉升他為司空，領著作。
元康年間，皇權衰落，綱紀大壞，賄賂公行，讒邪得誌。在這種政治形勢下，張華的親朋好友都為他的處境憂心忡忡。他的少子張韙曾以災兆勸張華遜位。“誌不在功名”的張華，身處政治鬥爭的波峰浪穀之間，亦曾有過告老還鄉的想法。但是，由於時代和階級的局限，盡管張華對“吏道何其迫，窘然坐自拘”的處境極為反感，但在上有帝後相製，左右政敵矚目的形勢下，他卻無法解決自己的矛盾苦悶，脫離騷亂動蕩的政界，實現他憧憬的超脫世俗的田園生活，隻能繼續自己的從政生涯。既然他找不到一條更有意義的出路，遂不得不安於現狀。
但是，張華在輔政期間，並沒有僅僅局限於自我修德和無為而治。為了封建王朝的根本利益，他亦以“修德”作為輔政的主要方針，希望通過封建禮教來改變時弊，實現比較清明穩定的政治局麵。賈後為人凶險，擅權專政，是造成朝綱不振的主要根源。張華並不為一己之私利去逢迎賈後，以承風望旨、仰人鼻息的方式苟且偷安。他擔心太後一族日盛，作《女史箴》以諷，規諫賈後不要因君寵而得意忘形，利欲熏心。賈後看了《女史箴》之後，雖未有什麼痛改前非的變化，但礙於張華的正言規諫，在元康九年（公元299年）以前，一直未敢有太嚴重的僭越之舉。
盡管“賈後雖凶妒，而知敬重華”，但她執政的本身卻使得亂政隱患越來越表麵化。為此，當時輔政的侍中裴頠深感不安，遂與侍中賈模和張華共議廢賈後而立湣懷太子的生母謝淑妃為皇後。張華對此表示異議，謀廢賈後遂未能進行。
張華輔政期間，統治階級內部蘊藏著深刻的矛盾和危機。朝野百官大臣，非司馬氏宗室，即賈後親族，或豪門望族。他們不僅各有朋黨，相互傾軋，而且亦各有短長，良莠不齊。麵對如此錯綜複雜的政治局勢，張華亦能堅持修德的方式去息事寧人，維持了數年相對穩定的局麵，確實是很不容易的。司馬氏宗室諸王，或於中央任職，或出鎮方麵。他們仗雍容貴戚，多成事不足，敗事有餘。張華雖無力改變自武帝以來形成的諸王強盛的局麵，但他盡可能做到對諸王敬而遠之，虛授職官，不委重任。
張華在輔政期間的最突出的政績就在於選官任人方麵。當時門閥世族極力壟斷和控製選官權，拒寒素於政權之外。
張華出身庶族，對沒有門閥背景的人進仕之路的坎坷不平，頗有切身感受，他之所以能儕身政界，主要是憑借自己“世無與比”的博物強聞和卓越的政治才能。正由於此，張華亦重視人材，敢於打破“戶調門選”的用人標準。他“性好人物，誘進不倦，至於窮賤候門之士有一介之善者，便谘嗟稱詠，為之延譽”。許多兩晉之際著名的政治家、文學家和史學家，都或是經他延譽稱詠，或是由他薦舉征辟而成名的。張華舉人薦士公允，不囿於門第出身，唯以吏幹文義為準。
但是，張華的種種主觀努力，隻能暫時地緩和社會各種矛盾的激化，卻沒有也不可能消除造成這些矛盾的根源：即宗室王勢力強盛，後族外戚擅權亂政，門閥世族奢侈縱欲、恣意聚斂。就在所謂“海內晏然”時，關中地區少數民族就頻繁起義，極大地動搖了西晉王朝在這一地區的統治。而且統治階級內部亦危機四伏，大有一觸即發之勢。張華對此是深有感觸的。他之所以反對廢黜賈後，就是擔心因此而造成危機的總爆發。但賈後權欲無窮，她時時欲廢非己所生的湣懷太子，打算長期操執朝政。幸賴張華等人極力反對，這一陰謀才遲遲未能實現。而諸王因不滿賈後擅政，也時刻虎視眈眈，覬覦皇位，尋找時機，以求一逞。元康五年（公元295年），武庫發生火災，張華就因懷疑是諸王叛亂，而“先命固守，然後救火”，致使累代異寶及二百萬人器械一時蕩盡。事後張華說：“武庫火而氐羌反，太子見廢，則四海可知。”預見到太子廢黜將會成為統治階級內亂的總導火索。事實證明他的預見是正確的。
權臣迫害張華冤死
元康末年，輔政大臣之一賈模失寵於賈後，憂憤而卒，製約賈後的力量遂大為減弱。隨著賈模的失勢，一向與賈後沆瀣一氣的賈謐（賈充的外孫）操持權柄，遷侍中，專掌禁內，遂與太後成謀，誣陷太子。在這種情況下，張華原來“勤為左右陳禍福之戒，冀無大悖”的方針已難以奏效。所以，湣懷太子的親信，太子左衛率劉卞去找張華，打算與張華合作，發動武裝政變以製止這一陰謀。但張華卻推說不知賈後欲廢太子事。劉卞說：“我原是寒悴之人，受到您的賞識，才由須昌小吏到今天的地位。我因感恩戴德，才向你談論此事，您為什麼卻對我有所懷疑呢？”張華說：“假如有這件事，你打算怎麼辦？”劉卞答道：“太子東宮內人才濟濟，有精兵萬餘人。您身為宰輔，又是太子少傅，如果您下令召太子入朝，讓他錄尚書事，廢黜賈後於金墉城，這不過是兩個黃門侍郎即可完成的事情，肯定會萬無一失。”張華拒絕了劉卞的建議，他回答說：“現在惠帝仍在位，太子是他的兒子。我又沒有受命輔助太子執政，忽然立太子而廢賈後，這是無君無父，以不孝示天下。即使能夠成事，我也難免要身負不忠不孝的罪名。況且權巨貴戚當朝，威柄不一，我以此舉授人以口實，怎麼可能安然無恙呢？”廢黜賈後之事再度成為泡影。