十二月，武宗曾與宰相議論選舉，武宗認為抑製公卿子弟不宜過分，李德裕也主張朝廷顯官，須是公卿子弟，因為他們從小熟悉朝廷儀範、班行準則，而寒士本不熟悉。李德裕看到進士和考官關係密切，恐怕由此會導致進士隻考慮考官的私惠，忘記了國家教化的恩德，又可能“樹黨背公”，朋比勾結。因此他奏請武宗，進士及第後隻允許一次參見有司，以後不得聚集參謁，不許去私第設宴，並請求罷去耗費很大的曲江大會。
君臣協力禁斷佛教
唐武宗崇道反佛，道士趙歸真很受武宗親信。諫官擔心他幹擾朝政，紛紛上疏規諫。在延英殿議事時，李德裕也勸諫武宗禁止趙歸真出入禁中，武宗不以為然。李德裕進一步指出說：“小人見勢利所在，則競相奔投真門，如夜蛾之投燭。聽說近日以來，投入真門的人，車馬輻湊。願陛下深戒之！”在對待道士的問題上，君臣意見不合，但在對待佛教的問題上，君臣的態度卻是一致的。
李德裕一貫反對佛教的蠹政害民。早在長慶四年（公元824年）十二月，就極力反對濫度人口為僧尼。徐泗觀察使王智興借口給敬宗祝賀誕辰，獲敬宗恩準，於泗州置戒壇，度僧求福。自憲宗元和以來，已敕禁度人為僧尼，此禁一開，人們從四麵八方紛至遝來，江、淮地區來的人最多，隻要交二千錢，即可落發為僧尼。其實王智興以為天子求福為名，自己從中牟取厚利是實。李德裕知道後，立即奏狀以論其奸：“泗州有壇，戶有三丁，必令一人落發，意欲規避王徭，影庇資產，自正月以來，落發者無慮數萬。給牒即回，別無法事。”他進一步指出，“若不特行禁止，比至誕節，計江、淮以南失六十萬丁”。狀奏朝廷，敬宗下詔禁止。此後不久，僧人又謠傳毫州出現了“聖水”，說病人喝了即病愈。江南一帶去求取“聖水”的人絡繹不絕，甚至壅塞了道路。平均每二三十家都雇一人去取，一鬥水賣錢三千，坑害了不少人。李德裕一麵在關津設卡，勸阻製止去取“聖水”的人群，一麵奏狀朝廷，並向朝廷建議下令填塞所謂的聖水。時裴度任輔相，聞狀後下令填塞所謂聖水，從而打擊了“妖僧”的不法行為。到了會昌年間，李德裕位居宰輔，倍受武宗親重，因此，君臣協力，大力禁斷佛教。
李德裕輔政不久，就逐漸開始了禁佛。從會昌元年，因李德裕等人的奏請，先後沙汰了部分僧尼，拆毀了天下小寺山房、蘭若等，對僧尼的一些活動也進行種種限製。會昌二年，曾下令發遣“保外無名僧”，不許置“童子沙彌”，並令原是“雜工巧”和不修戒行的僧尼還俗；同時，還下令不許僧尼無限製地占有奴婢，規定僧限留奴一人，尼留婢二人。會昌三年，廢除了摩尼寺，殺摩尼師，財產沒入官府。會昌四年，下令各寺院禁供奉佛牙，並拆毀天下山房、蘭若、普通佛堂和村邑齋堂，凡所拆毀寺院的僧尼一律勒令還俗，送歸原籍等等。
大張旗鼓地禁斷佛教則是在會昌五年。
會昌五年三月，敕令不許天下寺院私置莊田，並下令調查天下寺院奴婢和財產的占有情況。從四月起，下令凡50歲以下的僧尼不論有無官照，都勒令還俗，並遣送原籍。
七月，下令並省天下佛寺，大力沙汰僧尼。在全國範圍內展開了大刀闊斧的毀佛運動。李德裕先是奏請武宗大力拆除過多的寺廟，又奏請將所廢佛寺銅佛像、鍾磬交付鹽鐵使鑄錢，鐵佛像則交付本州用以製造農具，另將金、銀、玉石佛像銷毀後交付度支。另外還下令，衣冠士庶之家所有金、銀、銅、鐵佛像，自敕令頒布之日起，限一月之內交付官府，如違抗不交，將依禁銅法處分。武宗一一準奏。毀佛的詔令下達之後，李德裕奉製力行，並派出禦史乘驛去各地督促檢查。
在會昌禁佛中，李德裕的態度堅定而嚴厲。有的官員認為毀佛太過火，指責非難。主客郎中韋博指責政令太暴，李德裕把他出為靈州道節度副使，打擊了反對派，從而保證了禁佛運動的順利進行。
八月，武宗頒發詔書，陳述了佛教的弊病，並高度評價了李德裕及中書門下的奏議。
會昌禁佛是繼北魏太武帝、北周武帝之後對佛教的又一次沉重打擊。它沉重地打擊了日益盛行的寺院經濟，解放了勞動力，也符合人民的願望。
功成北闕骨葬南溟
為了儲備物資，加強邊防，會昌五年（公元845年）九月，經李德裕建議而設置了“備邊庫”，要戶部每年從賦稅中儲入錢帛十二萬緡匹，度支從鹽鐵稅中儲入錢帛十二萬緡匹，第二年減少三分之一；凡是各道進奉的助軍財貨也一概儲入，並以度支郎中主管此事。