別兒怯不花排擠脫脫的陰謀終於得逞了，他本該高興得跳起來，但望著脫脫遠去的背影，卻怎麼也樂不起來。他似乎有種預感，此人還會重返朝廷。唯一阻止他重返朝廷的辦法是置之於死地，於是別兒怯不花又籌劃下一步陷害脫脫的詭計。
他打算先拉攏阿魯圖，利用他去加害脫脫，害死脫脫後，再想辦法把他從相位上趕走。哪知君子和小人不足與謀，阿魯圖對別兒怯不花陷害脫脫早已痛恨不已，現在竟想讓自己助紂為虐，不由心頭火起，痛斥別兒怯不花。惱羞成怒的別兒怯不花便開始向順帝進讒言，又唆使心腹黨羽排擠阿魯圖。在四麵夾擊下，阿魯圖隻好辭去相位。
阿魯圖辭位之後，昏庸的順帝便任命別兒怯不花為右丞相。別兒怯不花終於實現了自己的野心，但他同時又坐立不安起來，因為脫脫這塊心病未除，他怎能睡得安穩。但脫脫的威望太高了，的確又抓不到他什麼把柄，立即害死他根本不可能。於是別兒怯不花便把目光投向了脫脫的父親。
脫脫的父親馬紮爾台，在清除伯顏集團後被任命為右丞相，不久因病辭去相位。別兒怯不花便在順帝麵前大進讒言，誣陷馬紮爾台企圖謀反。偏聽偏信的順帝便下詔將馬紮爾台流放到甘肅。當時被流放的人很多未到達目的地便死於途中，馬紮爾台已是60歲的老人了，又體弱多病，為了照顧父親，脫脫上書力請與父親同行，這一年是至正七年（公元1347年）。
西行路上，人跡稀少，大漠孤煙，讓這一老一少怎能不感慨萬千。父子都曾為朝中丞相，為朝廷也立下了汗馬功勞，如今小人構陷，皇帝昏庸，竟不分青紅皂白，把他們向死亡線驅趕。不知經受了多少風雨，走過了多少險灘崎嶇，父子倆飽受勞苦之後，終於活著到達了甘肅。可是剛到那裏不久，便接到順帝的詔令，命令馬紮爾台移到西域的撒思（今新疆境內），分明是讓他們死於路途。這又是別兒怯不花的陰謀，當他知道馬紮爾台父子活著到甘肅時，心裏總覺得不舒服，因為隻有讓他們父子死在途中，才能去掉自己的心病，他才會有安全感。於是便請順帝將他們移到撒思，企圖使脫脫父子死在流放途中。撒思是一個讓人生畏的地方，不僅路途險惡遙遠，而且要穿過沙漠、越過冰山、踏過杳無人煙的荒原才能到達，被流放到那裏的人，很少有人能活著回來。當時脫脫替父親接過詔書，遠眺西方，悲憤與哀怨湧上心頭。他又一次痛楚地與父親踏上存亡難卜的路程。
人算不如天算，別兒怯不花擠走了右相阿魯圖，又將脫脫的父親發配到撒思，按照他的想法，脫脫父子不死在路上，也會死在流放地，絕無生還之理。於是在朝中弄權，大搞陰謀，無所顧忌。他的行為受到了朝中很多正直大臣的反對，不少大臣紛紛上書為脫脫父子鳴冤，請求順帝立即下詔讓他們返回。
詔書下達時，脫脫父子剛好來到黃河邊，望著滾滾翻騰的黃河之水，脫脫心潮起伏難平。他很想在政治上有所作為，但是朝中就像這黃河之水，渾濁而又險惡。自己空有報國之誌，卻難以實現。
回到甘肅後，馬紮爾台由於年老多病，加上流放路上的折磨，不久便去世了。順帝顧念脫脫為朝廷立下的豐功偉績，便將他召還京師。
至正九年（公元1349年），順帝重新起用脫脫，任命其為中書右丞相。此時的元朝，不僅國庫空虛，而且自然災害不斷。加上各地紛紛發生農民起義，整個大元王朝如同一座快要倒塌的大廈，千瘡百孔。脫脫受命於危難之時，他要努力支撐，不讓大廈倒下。
當時黃河在白茅堤決口，又在金堤決口，連續五年的決口不能堵住，中原地區方圓數千裏被淹，給百姓帶來了巨大災難。作為丞相，脫脫覺得有責任為百姓解除痛苦，他下定決心治理黃河。他采納了賈魯的計劃，決定施工堵塞決口，並親自掛帥，擔任治河總指揮。很多大臣出於各種動機勸他慎重，有的大臣顧及財政上困難，也來阻止他這樣做。但脫脫看著那些流離失所的百姓，對大臣們說：“皇帝憂慮百姓，為大臣的職責所在，應當為皇上分擔國憂，大家都明白黃河決口若不解決，將來危害更大，這就好像人得了病一樣，如果拖延不治，最終會病死。自古以來河患就是難治的疾病，現在我一定要除去這個疾病。”說服眾人之後，脫脫奏請起用賈魯為工部尚書，具體負責治理黃河的工程。僅用了八個月的時間，便疏通了黃河故道。元順帝令人製河平碑，以記載脫脫的功勞。
元朝末年又出現了紅巾軍起義，脫脫親自領兵征討，將徐州的紅巾軍起義鎮壓下去。班師回朝時，順帝派使者到郊外迎接，並賞賜他上尊珠衣。一時，脫脫成了元末亂世中聲譽日著、叱吒風雲的人物。脫脫也希望能以自己右丞相的力量，以一顆報效朝廷的忠心，挽救將要崩潰的元朝，然而新的危險已經悄悄向他襲來。