除了官房長官換成了橋本登美三郎外，其他的內閣成員完全沿用池田內閣的原班人馬。這種無縫對接的政權交替，讓佐藤可以順利地展開工作。
佐藤上任後的第一項工作，就是確定了1965年訪問美國。佐藤是個大膽的人，他在訪美期間，把一個超級敏感的問題拋了出來，那就是讓美國人返還衝繩島！
佐藤榮作後來在自己的回憶錄中說道，他讓約翰遜總統第一次認識到美國在琉球和小笠原群島上的軍事設施對遠東安全極為重要。
佐藤榮作在會談中明確提出，希望美國盡快將這些島嶼的政權歸還日本。約翰遜沒有想到日本首相敢於提出這樣“無禮”的要求，隻能支支吾吾對應著，說對日本提出這樣的想法表示理解，並且期待著遠東自由世界的安全保障形勢。
這是什麼？這就是太極拳裏的推手！
約翰遜告訴你，這事我沒說不答應，可以談，但是日本人你也要知道，沒有美國的駐軍，你們的安全將無法保障。這就是給足了佐藤榮作麵子，又做出強勢的姿態。
美國人對衝繩問題不肯讓步，有他們自己的考慮，因為在1965年2月，越南戰爭正式爆發了，美軍每天都要派出大量的轟炸機對越南進行轟炸，但是聚集在遠東的航母平台遠遠不能滿足這個需要，所以衝繩美軍基地就變得越來越重要了。
很多人當時並不明白，一向做事謹慎的佐藤榮作，為什麼會突然拋出一個如此唐突的外交炸彈呢？
其實，這才是佐藤榮作真正高明的地方。因為他知道日本不可能在短期內要回衝繩的主權，但是對於美國人來說，衝繩是個巨大的魚餌，吃掉它，就必然要承擔更多的責任，甚至要對日本展開更多的金錢上的幫助。
對返還衝繩的態度越消極，說明美國人“吃人嘴短，拿人手短”的心態越嚴重，而美國人也在這段時間內放開了對衝繩島居民的管製統治，而是在管理上放給了他們高度的自治權，讓當地居民的生活水平大大提高，並且在以循序漸進的方式實現衝繩與本土的一體化。
美國人的目的很明確，他們無意把衝繩變成美國的領土或殖民地，他們隻需要這裏作為他們的軍事基地，對遠東可以隨時展開軍事打擊的巨大戰爭平台。
而後來，人們漸漸發現，佐藤榮作之所以是個偉大的政治家，是因為他可以持之以恒且毫不懈怠的實現他的目標。
對於衝繩島，他要的不隻是美國的放鬆管製，他要的是主權。
既然，約翰遜並沒有用當年的艾森豪威爾一樣，用強硬的口氣拒絕歸還衝繩。就說明他已經咬上了魚餌，而作為一名優秀釣手來說，佐藤榮作怎能放棄這樣的機會，他想在自己的任期內完成收複衝繩主權的偉業。
佐藤榮作在回國後，立即發表演說：“衝繩被從本土分割出去已經20年了，我們一刻都沒有忘記90萬衝繩同胞。我深深地知道，隻要衝繩不回歸祖國，對我來說戰後占領時代就沒有結束。”
這段演說非常著名，在日本各大報紙頭條刊登後，立即輿論嘩然，很多人都在認為佐藤榮作在說大話，為保住自己的政治地位增加更多的砝碼。甚至連解決該問題的外務省都在半信半疑佐藤的決心，他們都認為想讓美國人把衝繩島吐出來，那是一件比登天還難的事。
那麼，給佐藤信心的事情是什麼呢？其實是中國大陸發生的重大變化。
要知道，中國大陸當時已經和蘇聯交惡，冷戰格局被徹底打亂。來自中國大陸的威脅，已經減輕了許多。那麼衝繩島在越戰後是否還具有它本身的戰略價值，就是值得美國人考慮的事情了，佐藤早已看到了這一步。
收複衝繩島
1967年11月，佐藤、約翰遜舉行了第二次會談，決定首先歸還小笠原諸島，並在共同聲明中寫入希望在3年內歸還衝繩時間要達成一致。雙方交涉的焦點就在於美國提出的返回衝繩島主權後，如何不對衝繩的“遠東和平與穩定所發揮的作用”造成損害，即返還後，美軍基地是否還能存在的問題？
佐藤針對這個問題，成立一個特別的部門叫“基地問題研究會”，當然這個研究會對外是完全保密的，甚至連當年的外交局都不知道它的存在。最後研究會拿出了他們的研究成果，他們認為衝繩基地有兩個問題是無法繞開的，第一就是撤走部署在衝繩的戰術核武器問題，第二是確保美軍自由使用基地，包含運入核武器的問題。
隨後，日美雙方關於衝繩島問題的進行了一係列秘密的磋商，京都產業大學的若泉敬赴美，與約翰遜政權的特別助理羅斯特、尼克鬆政權國家安全顧問基辛格進行接觸，收集信息，並在私下進行折中的談判。
佐藤並沒有采用政府官員充當特使，而是用學院派去秘密訪美，這樣的方式既可以掩人耳目，也可以降低美國方麵的防備。至此，外界對佐藤如何討還衝繩島，還一無所知。佐藤也沒在任何場合透露過他的真實想法，所以外界對他的意圖一無所知。