事實上的確如此。首先是禮部，因為變法時朝，所有改革事宜，多需禮部核議，弄得禮部人員，目不暇接。禮部尚書懷塔布，是慈禧太後的表親，另一大臣許應（音kuí），也是慈禧平日信任的紅人，兩人素來守舊，見了這些繁瑣的手續，憤悶已極，恨不得將維新黨人立刻攆逐。因此將一切需通過禮部衙門的新政，都暗中擱置。光緒皇帝知道翁同和革職一事，與懷塔布、許應日夕進讒言有關，就將他們及其禮部四個侍郎一律免職。守舊黨人見了這道聖旨，嚇得神魂顛倒，陸續跑到頤和園，鑽營運動，求太後重新執政。大太監李蓮英也向慈禧太後磕頭泣訴，因為維新黨人若行新政，必定先斥太監，光緒帝深恨李蓮英，正想拿他開刀。慈禧認識到時機已經成熟，於是與李蓮英密議，她以光緒名義宣布於10月19日往天津閱兵，打算利用榮祿的軍隊發動政變，脅逼光緒退位。光緒帝此時已得知訊息，但他手中無兵權，直隸總督榮祿大權在握，除非得一膽大心細之人，先奪榮祿兵權，否則萬事難成。光緒帝先後召見楊銳和林旭，交付密諭，要他們與康有為、譚嗣同等人商議相救，幾人商量後，決定由譚嗣同去遊說袁世凱。
袁世凱是鎮壓撚軍的大軍閥袁甲三的侄孫，早年投入淮軍，以奸詐機變的才幹得到李鴻章的賞識。甲午戰爭後，他又巴結軍機大臣榮祿，得到在天津附近的小站督練新建陸軍的差事，建立起一支裝備較好的軍隊，共七千人。同時他還參加了由帝黨人士組成並有改良派參加的強學會，腳踏兩隻船。譚嗣同正是由於為袁世凱的實力所吸引並被他偽裝所迷惑而去向他遊說的，指望他在天津閱兵時憑借袁的兵力發動反政變，誅榮祿等後黨，恢複帝黨的權力。9月18日深夜，譚嗣同來到袁世凱的住所，說明來意。袁世凱當即答應：“隻要是朝廷的命令，我盡死而為。”還正色厲聲說：“殺榮祿如同殺一條狗！”可是隻隔了一天，他就趕返天津，去向榮祿告密。榮祿得報，星夜進京來見慈禧。9月21日淩晨，慈禧由頤和園回到宮廷，舉行政變，將光緒幽禁在瀛台。瀛台是西蒼湖中的一個小島，環島皆水，光緒帝到了此間，料知沒有好結果，不禁淚下。李蓮英厲聲道：“太後即來，皇後亦至，難道萬歲爺還怕寂寞麼？”言畢自去，留內監守衛。過了不多時，慈禧太後駕到，光緒急忙跪接。慈禧怒目而視，指著他罵道：“你入宮時，年僅五歲，立你為帝，撫養成人，已近二十年，不是我全力保護，哪裏還有你的今日榮耀？你要變法維新，我也不阻擾你，你為什麼聽人唆使，忘了我對你的大恩大德，還要設計害我？你試想一想，應該不應該？”光緒跪在地上，戰栗不能出聲。慈禧又歎息道：“我想你的命薄，沒有福氣做皇帝，現在親貴重臣，都請我訓政，沒有一人向著你。即使是漢族大臣，又有幾個助你為惡？你認為是好人的，其實都是奸臣，我一定要懲處他們。”
慈禧回到宮中，以光緒的名義發了一道上諭，宣布光緒自己不能勝任艱難的國事，“因念國家為重，再三籲請老太後訓政，仰蒙太後答允，這實在是臣民之福。”又令步軍統領逮捕維新黨人，當時拿住楊深秀、譚嗣同、楊銳、林旭、劉光第、康廣仁等六人，下刑部獄中，不久將他們六人處死，史稱“戊戌六君子”。那些支持維新變法的官員也被革職、監禁或充軍，廢止了全部維新法令，並恢複了所有被廢除的舊製。至此，轟轟烈烈的維新變法僅僅一百天即遭失敗。