首先，科學家們的生物學實驗已經證明，轉基因產品與原生態產品“實質等同”、食用安全的生物學依據並不成立。孟山都轉基因產品安全的依據僅是動物與植物之間的基因成分不會跨界交流。因此，轉基因產品與原生態農產品在安全上“實質等同”的理論已經被科學家實驗顛覆。南京大學張辰宇教授在《CELL RESEARCH》雜誌發表論文，以確鑿的證據說明，在人體血液中發現了來自食物的“微小核糖核酸”，其通過調控體內靶基因的表達發揮生物學作用。該基因成分隨食物進入人體，從植物到動物進行“跨界交流”。所以直接引發的疑問就是：既然天然基因成分能夠如此，那麼轉基因成分當然也可以進入人體，而抗雜草和腐爛等轉基因成分具有毒性，因此轉基因食品存在危害和風險。
英國與西歐的媒體紛紛發表述評，指出中國科學家論文的發表，已經動搖了現有轉基因食品安全管理的基礎。對西方政治、經濟、科技和社會文化決策有重要影響的美國政策研討刊物《大西洋月刊》，發表了題為“轉基因食品有非常真實的危險”的評論，指出中國學者的論文並非專門研究轉基因食品，但它的發現卻清楚地說明轉基因食品存在安全問題，轉基因成分可隨食物進入人體，危害健康。文章認為中國科學家的研究論文已經完全否定了孟山都公司的依據：即在“實質等同”原則下，不必檢驗食品中轉基因成分是否存在危害的風險。
其次，各國的科學家們的動物實驗陸續證明，轉基因食品對動物健康和生育能力有著顯著的影響。法國卡昂大學生物化學實驗室、法國對轉基因技術研究與獨立信息委員會、德國試驗生物技術研究機構、匈牙利科學院植物保護研究所的科學家們通過實驗表明，轉基因作物產生的殺蟲Bt毒素可以對人類細胞有害，轉基因玉米MON810中產生的毒素可以對人類細胞生育能力造成顯著影響。俄羅斯的科學家研究證明，哺乳動物食用轉基因食品，第三代時失去生育能力。他們將倉鼠分成若幹組，第一組以普通食物喂養，另一組喂含沒有轉基因成分的大豆，第三組喂含有一些轉基因成分，第四組喂大量的轉基因食品。監測表明，用轉基因食品喂養的倉鼠第一代沒有問題，生出了第二代，但是當從這一代中繼續按照前述方式進行喂養時，這些子代倉鼠成長緩慢，性成熟緩慢，沒有生出下一代，這證明它們失去了生育能力。2007年，在奧地利政府的資助下，澤特克教授及其研究小組對孟山都公司研發的“轉基因玉米NK603（抗除草劑）和轉基因玉米MON810（Bt抗蟲）的雜交品種”進行了實驗。在經過長達20周的觀察之後，澤特克發現，與食用不含轉基因飼料的小鼠相比，食用轉基因玉米的小鼠，其第三窩（代）小鼠和第四窩（代）小鼠的數量有了減少。證明轉基因食品影響小鼠的生殖能力。
從對人的健康和素質影響方麵，科學家們對轉基因食品的安全性普遍存在以下幾方麵的懷疑：（1）產生毒素或增加食品毒素含量。轉基因食品可能增加微量毒素的含量，嚴重的會導致某些遺傳類疾病。（2）營養成分減少，轉基因食品中對人體有益的成分減少了12%至14%。（3）引起人體過敏反應，造成不可預知的後果。（4）轉基因中的抗雜草、抗蟲、抗病變和抗老鼠食用部分，特別是其中的NK603（抗除草劑），對人肝髒、腎髒和腦部等有嚴重的損害，腫瘤發病率上升，使人免疫力下降，智力受到影響。2005年5月22日，英國《獨立報》披露了知名生物技術公司“孟山都”的一份報告，以轉基因食品喂養的老鼠出現器官變異和血液成分改變的現象。表明孟山都轉基因技術公司為了技術轉讓和服務、種子和產品的銷售中巨大的商業利益，隱瞞了轉基因產品可能對人類健康和生育等危害風險的試驗結果。
2.轉基因農產品在中國來勢凶猛
轉基因農產品在中國的科研、生產、銷售和食用各環節的影響可謂來勢凶猛，成蔓延之勢。如不緊急采取強有力的措施，中華民族長久國運將大勢逆轉。在中國，由於轉基因農產品得到有關部門的允許已列入國家重大科技專項，一些科研機構和專家有轉基因經費方麵的利益，一些進口、生產和銷售商巨大的轉基因農產品的商業利益，進口對非轉基因農產品的競爭打擊，加上對國外一些機構到中國進行轉基因技術試驗管理不善，對轉基因農產品危害信息向消費者報道的限製等等複雜的因素，轉基因農產品技術試驗、生產、進口、銷售和消費，已經形成了很難逆轉的趨勢。
首先，從科研方麵看，由於在轉基因農產品上與國外公司的合作研發逐步增加，且科技經費對轉基因農產品的投入巨大，所以目前已有許多研發轉基因農產品的機構和專家，但是製衡其的堅持轉基因農產品有害的科研及科學家隊伍還尚未形成；此外由於研發與流入生產之間缺乏嚴格的審查和準入的隔離製度，所以形成以轉基因研發合作和投入的強大的利益群體，而且其實驗成果已流入生產領域。美國孟山都、杜邦公司長期而全麵的滲透，已經影響和控製了中國農業的有關部門和整個農業教育和農業科研係統。中國正在進行中間實驗的轉基因作物48種，涉及農作物11種，其中水稻、小麥、玉米、西紅柿、白菜、甜瓜、花生和廣藿香等為轉基因食品植物。正在進行環境釋放試驗的轉基因作物49種，其中水稻、玉米、大豆、馬鈴薯、西紅柿、甜椒和線辣椒為轉基因食品植物。正在研究的轉基因生物有130多種，涉及的基因種類超過100種。可怕的風險來自於，這些試驗產品其花粉通過蜜蜂等昆蟲的采粉和對傳統產品的授粉，導致轉基因產品逃逸和汙染，最後在全國農產品中找不到非轉基因性質的農產品可用。