北洋軍在湖南的失敗是直、皖兩係矛盾分裂的結果，同時又進一步激化了直、皖矛盾。直係首領、代總統馮國璋一直同皖係首領段祺瑞爭奪北洋派正統地位及北京政府中央大權。護法戰爭打響後，馮企圖借助西南軍閥勢力對抗皖係，因而暗中主和；且對皖係利用直係軍隊打頭陣的部署深為不滿，正因此，王汝賢、範國璋二將在前線擅自停戰撤兵，打亂了皖係奪取湖南的戰略部署。對此，段祺瑞極為惱火，憤而向馮國璋提出辭職。馮索性暗示號稱"長江三督"的湖北督軍王占元、江西督軍陳光遠、江蘇督軍李純於18日發表聯名通電，主張南、北雙方罷兵休戰，和平解決南、北問題。11月22日，馮免去段祺瑞國務總理職務，任王士珍為國務總理。段祺瑞內閣再次倒台，直、皖兩係公開分裂。25日馮國璋頒布南、北停戰令。直係北洋軍閥的主和政策，在護法陣營內部引起不同的反響。孫中山始終堅持護法，反對南、北調和，他在11月18日發表對時局的聲明中堅決表示："舍恢複約法及舊國會外，斷無磋商餘地。"以程潛為首的湘軍將領則要求乘勝攻取嶽陽，鞏固護法軍在湖南的勝利。然而以擴張實力和地盤為目的的桂、滇兩係，在分別控製了湘、川兩省後，便不顧孫中山護法運動的宗旨，很快和直係軍閥實行妥協。陸榮廷在11月24日，即馮國璋頒布停戰令的前一日，就表示讚成"長江三督"的主和通電，帶頭發起南、北停戰。28日又授意廣西督軍譚浩明以湘粵桂聯軍總司令名義通令響應馮國璋的停戰令，命護法軍"前敵各軍遵照辦理"。滇係軍閥對和戰問題采取兩麵派手法，一方麵慷慨陳詞，表示堅決護法，以敷衍孫中山；一方麵又與陸榮廷沆瀣一氣，彼此呼應，下令駐川滇軍停戰。
直係的主和政策違背皖係與北洋督軍武力統一全國的既定方針，引起皖係與北洋主戰派的強烈不滿。在段祺瑞及其心腹徐樹錚的策動下，吉、黑、奉、直、魯、晉、陝、豫、甘、新、皖、浙、閩13省督軍代表分別於1917年12月2日和1918年1月5日，連續召開兩次天津會議，強烈要求馮國璋明令討伐西南。馮被迫讓步，於1917年12月15日任命直隸督軍曹錕、山東督軍張懷芝分別為第一、二路軍總司令南下伐湘。18日任命段祺瑞為參戰督辦，皖係幹將段芝貴為陸軍總長，讓皖係重掌中央軍事指揮大權。1918年1月10日，又以參謀部、陸軍部名義下達局部討伐令，令北洋軍進攻湖北荊州和襄陽。1月14日，吳光新率北洋軍攻占荊、襄。桂係與湘軍看到直係屈從主戰派，也向嶽陽發動進攻。1月27日護法聯軍攻克嶽陽，俘敵1300餘人。如聯軍乘北洋軍兵力集中荊、襄之機直搗武漢，將會使護法戰爭出現重大轉機。但桂係以保守湘境為滿足，按兵不動，並提出"北不攻嶽，南不攻鄂"為議和條件，從而喪失攻取武漢、會師北伐的大好時機。南軍奪取嶽陽後，北洋主戰派反撲氣焰高漲，脅迫馮國璋於1月30日下達對整個西南的討伐令，命曹錕、張懷芝和張敬堯"即行統率所部，分路進兵，痛予懲辦"。2月中旬，各路北洋軍約10萬人分別向湘鄂、湘贛邊界進軍。3月18日，北洋軍"後起之秀"、署理第三師師長吳佩孚率部攻占嶽陽。22日，張敬堯率第七師占領平江，長沙門戶洞開，駐守長沙的聯軍司令譚浩明於25日撤離長沙，退守衡陽。北軍軍事上的勝利，使主戰派氣勢更盛。馮國璋驚慌失措，又連發主戰令。時而主戰，時而主和，章法大亂，引起主戰、主和兩派的不滿。3月19日，即北洋軍占領嶽陽的第二天，以曹錕為首，包括"長江三督"在內的十五省、三特區督軍聯名通電，要求段祺瑞重組內閣。3月23日，馮國璋被迫重任段祺瑞為國務總理，段立即組織北洋軍大舉南攻，護法軍在湖南戰場接連失利。26日，吳佩孚占領長沙。北洋政府旋即任命張敬堯為湖南督軍兼署省長，命吳佩孚等部分左、中、右三路向湘南進軍，並企圖攻入廣東。湘粵聯軍在棄守嶽陽後采取守勢，4月下旬，大部分軍隊撤回廣東。4月24日，吳佩孚率北軍中路占領衡陽，湖南大部分地區淪於北洋軍之手。進攻湖南的第一路總司令曹錕及其部下、署第三師師長吳佩孚本為直係軍人，揮師南下後連克嶽陽、長沙、衡陽，戰功最大，而段祺瑞政府竟把湘督兼省長一職授予皖派嫡係張敬堯，使曹、吳大為不滿，直、皖矛盾再度尖銳。吳佩孚秉承曹錕意旨，占領衡陽後即停步不前。5月底，曹錕擅自離開漢口，回師天津。桂係陸榮廷鑒於湖南、廣東均有反桂勢力，又見吳佩孚實力雄厚，難於擊退，便決定同吳講和，撤回部隊，力保廣東，以穩定兩廣局麵。於是，6月15日直係與桂係代表簽訂停戰協定，息戰言和。8月，吳佩孚通電主和，公開攻擊段祺瑞的武力統一政策"實亡國之政策"。直係將領紛紛響應。8月下旬段祺瑞被迫命令前線各軍暫取守勢。