桂、滇兩係軍閥不僅在護法戰爭中勾結直係罷兵議和，破壞孫中山護法宗旨，而且還拉攏國會中的政學會分子和國民黨穩健派破壞護法軍政府，排斥孫中山，企圖攘奪護法運動的領導權。桂係首先驅逐擁護孫中山的廣東省長朱慶瀾，強行收回由朱交由軍政府管轄的20營親軍，引起孫中山強烈不滿。1917年底，接替陳炳焜為廣東督軍的莫榮新競無理拘捕大元帥府親軍連、排長各一名及衛士60餘人，並拒絕孫中山的保釋，誣為土匪，加以殺害。孫中山極為憤慨，1918年1月3日，毅然登上軍艦，令海軍炮擊設在觀音山上的督軍署。莫榮新被迫派人言和，對孫中山表示歉忱。時人稱此事件為"炮教莫榮新"。此事表明了桂係軍閥對抗軍政府的囂張氣焰，也表現了孫中山的大無畏精神。緊接著，1918年1月，由桂係軍閥發起，成立護法各省聯合會議，試圖使之成為與軍政府抗衡的另一政權機關。2月，又由國民黨穩健派人士出麵，正式提出改組軍政府的主張，並擬定《中華民國軍政府組織大綱修正案》七條，其中心用意在於改大元帥單獨首領製為若幹總裁合議製，以排擠孫中山。4月10日，滇係軍閥唐繼堯率先通電西南各省支持這一主張，提出護法各省現宜遙戴黎元洪或馮國璋為大總統，推岑春煊為國務總理，至於孫中山，"則宜遊曆各國，辦理外交"。5月4日，在政學係及益友社操縱下，不顧孫中山和中華革命黨議員的堅決反對，非常國會竟強行通過了《修正軍政府組織法案》。當日孫中山即向非常國會提出辭呈，並發表大元帥辭職通電。他在電文中回顧了護法以來的艱難曆程，憤然指出："顧吾國之大患，莫大於武人之爭雄，南與北如一丘之貉。雖號稱護法之省，亦莫肯俯首於法律及民意之下。"20日非常國會選舉唐紹儀、唐繼堯、孫中山、伍廷芳、林葆懌、陸榮廷、岑春煊7人為政務總裁，以岑春煊為主席總裁。改組後的軍政府完全由桂、滇軍閥及其附庸政學會所控製，護法成為空名。孫中山看透了西南實力派名為護法、實為爭奪地盤的軍閥麵目，認識到依靠軍閥不可能達到護法救國的目的，遂於次日離開廣州，前往上海。護法運動宣告失敗。
《藍辛一石井協定》
第一次世界大戰期間，日本的對華政策同美國在華利益發生矛盾。1917年9、10月間，日本特使石井菊次郎去美，同美國國務卿藍辛談判。石井要求藍辛承認，日本與中國之間存在一種"特殊關係"，日本應在中國享有"特殊利益"，並對中國內部的發展具有"特殊權利和義務"。11月2日，藍辛和石井菊次郎就有關中國問題簽署了《日本和美國關於中國的換文》，一般稱作《藍辛一石井協定》。在換文中，"美國政府承認日本在中國，特別在中國之與日本屬地接壤的部分，有特殊利益"。日本承認美國提出的對華"門戶開放"和"在華工商業機會均等的原則"。《藍辛一石井協定》（以下簡稱協定）是日美在華經過激烈爭奪之後暫時妥協的產物，是日美為掠奪和宰割中國所進行的一筆政治交易。
第一次世界大戰爆發後，日本乘機在華擴張殖民特權。它以恪守英日同盟為名，對德宣戰，囊括了德國在山東省的全部侵略利益和特權；一年後，日本又向袁世凱北京政府提出"二十一條"侵略要求。由於歐洲列強正忙於戰爭，無暇東顧，使日本在遠東成為實力雄厚的帝國主義國家。隻有美國是在遠東有力量和日本對抗的大國。1914年至1918年，歐洲列強對華輸出普遍下降，日美兩國卻迅速上升，在中國輸入總額中，日本所占比例由20.7％增至38.9％；美國由8.8％增至13％。日美為加強各自在華的壟斷地位，排斥和打擊對方，矛盾日益尖銳。如1914年，日本對德宣戰，美國立即於8月21日照會日本政府："若在中國內地發生騷亂，為恢複其秩序，日本或其他諸國采取必要的措施時，希望日本政府在考慮此問題時，務必於其決定行動之前，和美國政府協商。"1915年日本向中國提出"二十一條"，美國於5月13日照會日本政府，聲明："美國對於中日兩國政府間已經締結或行將締結的任何協定或約定，凡有損美國及其在華公民的條約權利，或中華民國之政治或領土完整，或通稱為門戶開放政策的國際對華政策，一概不能承認。"這些都說明美國力圖阻止或牽製日本在中國取得獨占的特權。袁世凱為籌備帝製和對西南護國軍作戰，軍政費用的開支龐大，使北京政府財政瀕於崩潰，急需外國貸款。美國對華借款激增。1916年4月7日，北京政府與美國李希金遜公司簽訂500萬美元借款合同；4、5月間，以整理山東、江蘇境內運河為名，與美國廣益公司簽訂600萬美元借款合同；5月17日，交通部與美國裕中公司簽訂1000萬美元借款合同；10月16日，北京政府向美國芝加哥大陸商業信托儲蓄銀行借款500萬美元，以中國煙酒公賣為抵押，按合同規定，可再續借2500萬美元。日本利用它在華實力地位及與皖係軍閥的密切關係，竭力抵製和破壞美國在華的借款活動。如日本對中美簽訂的600萬美元運河借款合同，即以侵犯日本在山東的權益為借口，抗議北京政府，使借款難以兌現。1916年12月，美國提出由日美合作承擔這筆借款。經過談判，日美雙方於1917年3月9日，簽訂合作契約，規定運河借款（包括續借款）由兩國分別承擔。又如日本為破壞美國芝加哥大陸商業信托儲蓄銀行對北京政府借款，日本向中國提出：如停止與美國的借款交涉，日本將給予1000萬日元借款，結果使美國對中國"續借美金2500萬元"的計劃成為泡影。1917年上半年日美兩國在中國參戰問題上發生矛盾，日本勾結段祺瑞，將親美勢力驅逐出北京政府，美國遭到失敗。1917年4月，美國宣布對德參戰，無暇與日本繼續對抗，謀求與日本暫時妥協。因而有了《藍辛一石井協定》的出籠。