南北雙方除了在陝西問題上爭吵不休，更在"參戰借款"、"參戰軍"和"軍事協定"等問題上反複糾纏。段祺瑞重掌中央大權後，為了貫徹其"武力統一"中國，在全國建立一個軍事獨裁政權的方針，不惜出賣國家主權，甘當日本帝國主義的忠實走狗。他以參加一戰為名，向日本大量借款，僅兩年時間內，日本秘密地或公開地借給段祺瑞政府的款項總數就達5億日元以上。在這些借款中，其中有一筆是1918年9月28日簽訂的2000萬日元的參戰借款。段祺瑞以此款編練了3個師又4個混成旅。1918年5月至9月，段祺瑞政府又與日本政府簽訂《中日共同防敵軍事協定》。第一次世界大戰結束後，北京政府仍繼續向日本支領參戰借款，繼續編練參戰軍，並按照"軍事協定"繼續聘用日本教官。南方代表認為，參戰借款、參戰軍及中日軍事協定，皆以參加歐戰為目的，現在大戰既已結束，即應該停止參戰借款，撤銷參戰軍，廢止中日軍事協定。但北京政府不予理睬，並公布了1919年2月5日與日本締結的延長"軍事協定"的協約，將參戰軍改為國防軍，繼續擴充。南方代表對此非常不滿，又得知北軍在陝西繼續大舉進攻的消息，遂在2月28日的會議上，就陝西問題向北方代表提出質問，限48小時內答複，若屆時不答複，則表明北京政府無講和誠意。但是，北京政府未予答複。3月2日，南方代表通電停止議和，北方代表則以不能負責的緣故，向北京政府電請總辭職。南北議和第一次中斷。
和議停頓後，經各方運動調停，費時月餘，4月9日重新開議。雙方對於參戰借款、參戰軍和軍事協定等問題繼續爭論，同時，雙方在國會問題上也出現了尖銳的矛盾。南方代表提出國會自由行使職權，意即恢複張勳複辟時被強行解散的國會。因南方以"護法"相標榜，若不恢複被非法解散的國會，便無法向全國人民交代，由非常國會產生的軍政府也就失去了存在的法律依據，因此在國會問題上絕不讓步。而恢複國會，亦即表示1918年召開的安福國會為非法，屬於應解散之列，這對於作為段祺瑞禦用工具的安福國會及由此而取得總統職位的徐世昌來講，也是萬難接受的。4月17日，安福係國會議員聯合通電，反對南北和會討論國會問題，說和會"倘若越權擅議，則紊亂國憲，搖動根本"。要求北方代表態度強硬，不必擔心決裂。5月13日，南方總代表唐紹儀在會上提出了南方方麵的八項條件：（1）絕對不承認巴黎和會關於山東問題的處理；（2）廢止中日間一切密約，並嚴懲締結密約的有關人員；（3）立即裁廢參戰軍或國防軍；（4）撤換惡跡昭著的督軍、省長；（5）宣布民國六年解散國會命令無效；（6）和會選組政務會議，以監督和議執行；（7）從速整理決定和會已決、未決各案；（8）北方同意上述各項，即由和會承認徐世昌為臨時大總統並行使職權，至國會選出正式總統之日止。對於南方方麵的條件，北方總代表朱啟鈐表示，恢複國會之事，北方實無回旋之餘地，請再加考慮。唐紹儀則提出，如國會問題不得解決，則其他各條亦不必討論，出於責任，隻得向軍政府辭職，而另換他人。朱啟鈐聞之表示，國會問題無法解決，自慚才力不逮，也隻有引退而已。5月14日，雙方代表辭職。至此，南北議和遂告破裂。議和未有結果，南北又呈僵局。
月5日，美、英、法、日、意等國公使聯合向南北政府提出"勸告"。此時，北京政府徐世昌雖欲繼續議和，但對於段祺瑞皖係軍人的飛揚跋扈亦無可奈何。6月13日，徐世昌迫於安福國會之議，特任段祺瑞的心腹大將徐樹錚為西北籌邊使兼西北邊防總司令，籌辦西北各地方交通、墾牧、林礦、商業、教育、丘衛和節製指揮各地軍隊，參戰軍、國防軍由此改稱邊防軍。7月24日，又改參戰事務處為邊防事務處，特任段祺瑞為邊防督辦。8月12日，又任命安福國會眾議院院長、安福俱樂部首領王揖唐為北方議和總代表。南方軍政府以王助紂為虐、包辦選舉之劣跡而拒不承認其資格，王卻不顧輿論沸騰，於9月18日公然南下到達上海，南方代表拒不相見。南北和議自然無從談起。1920年7月，北方爆發直皖戰爭，8月，南方爆發粵桂戰爭，中國再次陷入大規模軍閥混戰之中。
五四愛國運動
5月4日爆發的中國人民反對帝國主義和反對封建主義的愛國運動。其直接導火索，是巴黎和會上中國外交的失敗。