第三期：南京發現多處南遷大族的墓群，如南京北郊象山、郭家山王氏墓地、南郊戚家山謝鯤墓等。這類大族墓葬多為大中型墓。墓的形製有如前階段的前後室磚墓；也有新流行的接近方形的單室磚墓和長甬道的單室磚墓；還有甬道前端做出類似小室的所謂“呂”字形磚墓。墓壁有的除砌燈龕外，還砌出欞窗。壁磚多有紀年銘，紋飾逐漸複雜。大約在這階段的晚期，墓壁出現拚砌較大麵積的七賢、榮啟期人物畫像磚。隨葬瓷器減少，罐壺瓶類向瘦高發展，以憑幾為中心的榻上用具逐漸成組。雞首壺流行，耳杯兩端上翹，槅多作圓形。新出現碗托、三足爐和六蹄足硯。器物上流行用蓮花紋飾。墓誌數量增多。較晚墓中出現了宋鑄的四銖銅錢。
南京發現的大、中型東晉墓中，有多座出土了推測為羅馬製造的玻璃器，其中一座出土1枚嵌有金剛石的金指環和2隻玻璃杯。這類西方高級品的出土，為東晉時期海上交通的發展提供了物證。
第四期：在丹陽胡橋和南京甘家巷、西善橋等地發現的墓，為墓壁砌出弧線的長方形單室、前設長甬道的大型磚墓，大約是齊梁時期的皇室陵墓。這種墓的墓室前方一般砌有較長的排水溝通向水塘，地麵上一般都布置石獸、石柱、石碑等石刻。
這種大型墓可分為兩類：一類墓室全長在13米以上，長甬道內設石門兩重，如被推定為齊景帝蕭道生修安陵的一座和被推測為陳宣帝陳頊顯寧陵的一座。另一類墓室全長在9米以上，設一重石門，如甘家巷梁桂陽王蕭融墓。這種墓的墓壁，較早地流行較大麵積的拚砌畫像磚，題材除竹林七賢、榮啟期外，還有羽人、龍、虎和鼓吹騎從的內容，如胡橋諸齊陵；較晚的則僅用蓮花忍冬花紋磚，如甘家巷蕭融等墓。
使用蓮花忍冬花紋磚的墓，有的還在甬道壁麵拚砌出蹲獅形象，如前述陳頊的顯寧陵。常州戚家村發現的畫像磚墓，也應屬於這階段晚期的遺跡。這種大型墓都遭到嚴重的破壞，隨葬品殘存較多的是石製器物，有石榻、帷帳石趺、石憑幾、石俑等，也有少量的陶俑、漆器、陶瓷器和玉佩玉玦等。中型墓則無石門，全長皆在6米以下，墓室多長方形和“呂”字形，磚多素麵無紋飾，但隨葬品一般保存較好。瓷器如罐、壺、瓶、唾盂等都更向修長發展，新出現的器物有裝飾繁縟的蓮花尊，一盒五盞的組合器、粉盒、細頸瓶、高足盤和啼形足硯。晚期的墓葬中出現陳鑄的太貨六銖銅錢。
閩廣墓葬：福建兩廣地理毗鄰，各方麵的聯係密切，吳晉南朝墓葬的情況也較接近。兩地發現較早的六朝墓多屬西晉晚期；東晉以後的墓葬數量多，分布的區域逐漸擴大。本地區的兩晉墓，較多沿襲東漢以來的多室墓製，南朝墓則以單室磚墓為主。墓道在墓室前端的正中或一側，但東漢多室墓製仍有遺存。例如福建建甌穆墩發現的梁天監五年（506）墓，墓葬由墓道、甬道、前室、後室和兩耳室所組成，後室兩側壁和後壁又砌出25個小龕。廣西融安4號墓，由前、中、後3室組成，3室間的兩壁和後室後壁均砌磚柱。廣東始興赤南發現雙棺室和3棺室合葬墓，棺室隔壁上增砌通氣的小門或壁窗。福建六朝墓的墓室，都用花紋磚砌築。磚麵為繩紋或布紋，向墓室內的側麵大多模印錢紋、人字紋、菱形紋、米字紋、團花、十字紋、蕉葉紋等，也有少數飾以龍鳳、飛天、菩薩、卷草紋的。隨葬品主要是青瓷器。器形有罐、壺、碗、缽、孟、盤、碟、豆、杯、耳杯、五盅盤、多子槅和博山爐、燈、鬥、三足盤、唾盂、虎子、水注、灶、倉等模型器。這些青瓷器，除了一部分專為隨葬而燒製的明器外，絕大部分是當時的實用器。廣州晉墓的紀年磚文，常見“永嘉世天下荒餘廣州皆平康”一類吉語銘文，隨葬器物與東漢墓截然不同，尤其是陶器，器形、釉色、胎質、紋飾都不一樣。東漢墓常見的鼎、盒、壺、瓶、案等飲食器和屋、倉、井等模型器完全絕跡，代之而起的是四耳罐、碗、盆、碟、雞首壺、虎子、三足硯等青瓷器。
南朝盛行長方形的中小型磚室墓，隨葬品與晉墓類同，但器類較少，造型趨向單調。
此外，英德、曲江的齊墓中，發現波斯薩珊朝卑路斯所鑄的銀幣，反映出5世紀後期經南海溯北江北上的這條交通路線的繁榮。