巴比倫要塞之戰是阿拉伯軍隊與拜占廷帝國在埃及最重要的一次戰役，其結果是，埃及以25000人的軍隊敗給了隻有10000人的阿拉伯軍隊，大大地挫敗了拜占廷帝國的銳氣，使它在後來的對抗中首先心懷恐懼，並最終失敗。
羅馬帝國分裂為東西兩個部分後，埃及歸東羅馬帝國即拜占廷帝國管轄。6世紀末期，拜占廷在埃及的統治已經走上了窮途末路，內憂外患使它無力支撐那麼大的版圖。拜占廷帝國的反動統治激起埃及人民不斷起義，使統治者焦頭爛額。
在埃及政局混亂的時候，一股力量悄然崛起。七世紀初期，穆罕默德創立了伊斯蘭教，後來建立另外一個政教合一的阿拉伯帝國。阿拉伯帝國在控製了巴勒斯坦地區之後，將進軍的目標指向了拜占廷帝國統治下的埃及。
進軍埃及
45歲的阿慕爾是進軍埃及的急先鋒和主帥，他精明強悍，足智多謀，有“伊斯蘭教時代阿拉伯四位天才政治家之一”的稱號。阿慕爾年輕時曾經到埃及經商，了解埃及的環境。他認為埃及土地肥沃，物產豐富，地處海陸要衝，一旦取得埃及，將在經濟、政治和軍事上取得極大的優勢。當時許多人認為阿拉伯沒有海軍，無法抵擋拜占廷帝國的海上攻勢。經過反複申述，阿慕爾的要求獲準。
640年，阿慕爾帶領4000人的軍隊由巴勒斯坦南下，橫跨西奈半島向埃及挺進。他所走的道路正是當年岡比西斯、亞曆山大進軍埃及時所走的大道。這支遠征部隊沒有遇到強烈抵抗就占領了斐爾馬儀（在今塞得港南部）。
埃及亞曆山大大主教便雅憫是埃及科普人，平時備受拜占廷駐埃及總督居魯斯的歧視和壓迫。他逃出亞曆山大，隱居在沙漠中的一個小教堂裏。阿拉伯軍隊進入埃及後，他號召土著埃及人起來反抗拜占廷人的暴政，投奔阿拉伯人，使埃及免受戰爭的塗炭。占領斐爾馬儀後，當地埃及人紛紛歸順阿拉伯人。後來在其他地方，阿拉伯軍隊也得到埃及人的幫助。
巴比倫要塞之戰阿慕爾的軍隊繼續前進，攻占開羅東北部的比勒貝斯城，其他城市也望風披靡。最後，橫跨在尼羅河上的防禦堅固的巴比倫要塞擋住了去路。
巴比倫要塞位於古孟斐斯城之南，尼羅河三角洲的頂點，是埃及經濟交通的中心，也是整個非洲大陸的北大門。巴比倫要塞北控三角洲肥沃地區，南邊可直達蘇丹，地勢險要，工事堅固。亞曆山大總督和主教居魯斯偕同司令奧古斯塔裏斯·西奧多拉斯統率大軍，趕赴巴比倫要塞，加強防禦力量，增加了攻城的難度。阿慕爾隻得住在城外，等待最好時機和援軍的到來。援軍終於趕來，這時阿拉伯軍隊已經達到萬人，阿慕爾將軍隊整編為4個分隊。雖然守軍為25000人，但是士氣低落，人心惶惶，戰鬥力不高。阿慕爾一邊圍攻巴比倫要塞，一麵分兵進攻舍木斯城，埃及軍隊司令西奧多拉斯逃往亞曆山大。
阿拉伯人加緊圍攻，由於不懂得工程學，又缺乏工程機械，無法攻破要塞。居魯斯看到難以持久，就向阿慕爾提出講和。阿慕爾提出，要講和可以，但必須接受伊斯蘭教，向阿拉伯交納人丁稅。居魯斯將這些條款告訴拜占廷皇帝，遭到拒絕，並且因涉嫌賣國被發配。於是，戰爭又起。
拜占廷的軍隊無法取勝，就閉門拒戰。經過7個多月的圍困，阿拉伯軍隊填平了一段壕溝，阿慕爾的部將左拜爾率領部分勇士用梯子爬上城牆，殺退守軍，高喊著“安拉至大！安拉至大”，從內部打開了城門。城外的攻城部隊聽見後，也高呼同樣的口號湧進城去。拜占廷軍隊兵敗如山倒，紛紛逃離戰場。641年4月9日，阿拉伯軍隊占領了巴比倫要塞。
古代埃及的終結阿拉伯人不介入埃及人的教派之爭，因此，埃及人沒有懷著強烈的民族情緒抵抗阿拉伯人，倒是有許多埃及土著主動與阿拉伯人合作。這對於阿拉伯軍隊的順利進攻是有好處的。
阿慕爾的軍隊步步緊逼，來到亞曆山大城下，控製城外供應糧食和水源的運河。雙方發生了激烈的戰鬥，拜占廷人潰不成軍，退進城內。雙方持續了三個月，最後城內彈盡糧絕，援軍也沒有，人心渙散，被迫與阿拉伯人議和簽定了《亞曆山大條約》，將埃及交給阿拉伯人。這樣，亞曆山大乃至整個埃及落入阿拉伯軍隊之手，羅馬、拜占廷在埃及的統治徹底結束。