因之，他立刻下令從亞洲派兵增援，同時表現出極度的自恃。他的軍營從沒有像在亞曆山大時這般歡樂過的，那美麗而又聰明的克麗佩特拉固然盡展嫵媚——尤其是對她的鑒賞者凱撒——而凱撒也明示其勝果中最令他珍惜的便是美麗的女人。這乃是即將來臨的災難之歡樂的前奏。羅馬占領軍，由阿其拉斯率領——日後證明，係受埃及王及其監護人的秘密指令——出其不意地出現在亞曆山大利亞。當公民看到軍隊攻擊凱撒，立即參與共同行動。
凱撒臨危不亂，迅速召集其分散的兵員，抓住埃及王及諸大臣，占據宮廷及隔鄰的劇場。緊接劇場前方主港中的艦隊已無時間挽救，他下令燒毀，用小船占領燈塔所在地法羅斯小島。如此，至少一個有限的防衛範圍是保住了，也保持住了供應品與增援部隊的通路。同時，傳令至小亞細亞司令及最近的屬國敘利亞人，納巴泰人，克裏特人與羅德人，急速派兵及船隻至埃及。
而同時，叛亂現由公主阿欣諾艾及其心腹宦官甘尼梅底斯率領，掃遍全國，尤以首都為甚。在首都街道上天天在戰鬥，凱撒想爭取更大一點的活動範圍，想攻至城後的新鮮水源瑪瑞湖，以便從那裏獲取水源並搜掠糧食，卻不得逞。而亞曆山大利亞人亦無法完全斷絕被圍者的水源，因為他們把凱撒占領區的尼羅河輸水道倒入鹽水破壞後，凱撒部下卻在海邊挖井而出乎意料地取得可飲之水。
由於無法由陸地取勝凱撒，包圍者乃焚毀他的艦隊，切斷他海路供應的途徑。燈塔島與陸地以堤防相連，此島與堤防把港口分為兩邊，港口兩邊又以堤防上的兩個開口相通。凱撒製禦東邊港口及燈塔島，堤防與西邊港口則被民眾占領；由於亞曆山大利亞艦隊被毀，凱撒的船隻乃可自由進出。亞曆山大利亞人力圖用火攻船從西邊港口進入東邊港口，不成，乃用他們的軍火庫中的剩餘部分配備了一個小船隊，企圖阻撓由小亞細亞抵達的一個軍團之運輸船隊，但凱撒的羅德人海員戰術精良，敵人計不得逞。
然而，不久公民取下燈塔島，從這裏非常接近泊棲大型船隻的東邊港岩石狹口。因此，凱撒的船隊被迫留在東邊港口之外的海麵上，他跟海洋的聯係變得非常單薄。凱撒的艦隊在錨地被優勢的敵人海軍連連攻擊，既不能避入港口——因為燈塔已失，使內港落在敵人製禦之下——也不能撤，因為錨地若失則將切斷凱撒與海的通路。由羅德水手的精良技術，勇武的軍團戰士雖然總是戰勝，但亞曆山大利亞人卻一再增援，頑攻不息。被圍者完全處於守勢，任圍攻者選擇攻擊時刻，而隻要戰敗一次，凱撒就可能被封在港中，甚至可能全軍覆沒。
燈塔島的收複勢在必行。凱撒乃發動雙重攻勢，一從港口，由小船攻擊，一從海麵，由戰船攻擊，因而重取該島及堤防的前半部。當攻克堤防的第二個洞口時，凱撒下令停止，在此築起橫牆，與城市阻隔。但在挖溝者周圍產生猛烈衝突戰時，羅馬部隊放下了燈塔島近處的堤防馳援，這時，一支埃及部隊突然來襲，登上該段堤防，從後麵攻擊聚集在橫牆附近的羅馬士兵與水手，將之在狂亂中群驅入海。羅馬船隻救起若幹，但大部分——包括約士兵四百，水手更多——則遭溺斃。將軍本人也不得不入船中避難，但該船複因荷載過重而沉，凱撒乃遊泳至另一艘。損失慘重，但燈塔島終於收複，堤防至第一洞口處亦掌握於凱撒手中。
援軍終於抵達。抵達的是龐塔斯的密斯拉達斯王一係的能將，泊甘蒙的密斯拉達斯（他自稱是前者的私生子），率領一支混合部隊——李班納斯王的伊提利亞人，詹布利丘斯的貝度英人，安提佩特領導下的猶太人，以及西裏西亞與敘利亞的社團所提供的部隊。密斯拉達斯抵達當日，即幸運地占領了貝勒西安，由此處，他循公路驅軍孟菲斯，意在於尼羅河尚未成多歧分岔的三角洲之部位渡河。在這次行軍過程中，他的部隊不斷受到棲居於這一帶的猶太人的資助。
埃及人在小王屠倫美的率領下（凱撒釋放他，為圖熄滅叛亂之火，但歸徒然）派遣一支部隊，試圖在尼羅河彼岸阻擋密斯拉達斯。在孟菲斯過去，兩軍在所謂的猶太營相遇。但受過羅馬式戰術訓練的密斯拉達斯卻終在孟菲斯渡河。而凱撒，在得到援軍抵達的消息後，用船將部分部隊運至亞曆山大利亞西邊的瑪瑞湖之端，繞湖沿尼羅河逆向而上，跟沿尼羅河順向而下的密斯拉達斯會師。