雖然攻陷武漢的捷報令鹹豐帝大喜過望，但他身邊的近臣對此卻有不同的看法：“曾國藩作為一介舞文弄墨的書生，如今竟能一呼百應、攻克武漢，這對大清是福是禍，現在斷言實在是為時過早啊。”曾國藩早就料到自己會被同僚猜忌詆毀，便以替父守喪為由辭去一切軍事職務，帶著兩個弟弟回到了家鄉。
不料一年後太平軍進攻浙江，恐慌的清廷又隻得請曾國藩出山，並授予他兵部尚書的頭銜。慈禧太後向來認為滿人無能，喜歡重用漢人，她的專權更為曾國藩的仕途提供了一個極為重要的平台。
再次領命之後，曾國藩率領湘軍進逼九江。太平天國首領意識到湘軍的威力，開始竭盡全力地對付起曾國藩來。洪秀全派智勇雙全的石達開為統帥大舉向西增援九江，石達開大玩“請君入甕”的把戲，先將曾國藩的水師誘入鄱陽湖，再將湖口封住狠狠地進行圍剿。不可一世的湘軍水師頓時成為任人宰割的羔羊，不僅死傷慘重，戰船也悉數被焚。
看到自己苦心經營的水軍再次輸得一敗塗地，曾國藩再度投水，這一次他被部下死死地拉住，並沒有真正地落入水中。且不論兩次投水有多少作秀的成分，但曾國藩確實通過這樣激烈的手段為自己在軍中贏得了人心。
塞翁失馬，焉知非福。石達開雖然大挫曾國藩的湘軍，又擊潰清軍的江南大營和江北大營，但他奪取全國的迅猛勢頭最終還是止於太平軍內部的嚴重分裂。當時，楊秀清、韋昌輝、秦日綱等著名將領先後慘遭殺害，死於內亂的精銳部隊共計兩萬多人。內亂最終以石達開帶領十萬精兵出走告終，太平天國從此由盛轉衰。
太平天國日漸式微之時，正是曾國藩步步高升之日。他率湘軍再次奪得武漢，轉而與李秀成的部眾激戰，最終奪回安慶。1860年八月，曾國藩升任兩江總督，督辦江南軍務。有了更大的指揮權後，他便派三路兵馬圍剿太平天國：李鴻章率淮軍保衛上海、進攻蘇南；曾國荃率軍進攻太平天國的都城天京；左宗棠進攻浙江。在三路大軍夾擊之下，再加上英國“外援”的支持，太平天國的重要陣地連連失陷，洪秀全最終在絕望中死去。
攻陷太平天國之後，曾國藩的湘軍將“金銀如海、百貨充盈”的天京洗劫一空。對此，朝野官員議論紛紛，左宗棠等人甚至上書彈劾。對太平天國運動的鎮壓，也成為了曾國藩受後世詬病的主要原因之一。然而平心而論，曾國藩不過是封建地主階級利益鏈條中的一環，他所做的一切，僅僅是代表身後的封建統治勢力平穩地運行龐大的國家機器。從這個角度來看，曾國藩也算是盡心盡責的“聖相”了。
凱旋進京之後，曾國藩堅守中庸之道，做了四件看似急流勇退、實則穩固地位的事情：第一，主動讓出一部分權力，以免產生權大壓主之嫌；第二，主動裁減四萬湘軍，以免兵力太強而引起猜忌；第三，請旗兵駐防南京，並發給全餉，消除清廷對南京防務的懷疑；第四，設立貢院，大力提拔江南人士。這四項對策一出台，朝廷上下果然交口稱讚，統治者也一改之前的猜忌懷疑，更加信任起曾國藩來。此後，曾國藩又先後被賞以太子太保銜和雙眼花翎，獲封一等侯爵並可世代相襲，榮寵之盛一時無人能敵。
曾國藩的官路曆程雖然極富爭議，但他卻是許多近代偉人學習的榜樣。作為近代著名的政治家，曾國藩其實對“乾嘉盛世”後清廷的腐敗衰落洞若觀火。因此他提出了“行政之要，首在得人”的箴言，主張在危急之時重用德才兼備之人，提倡清正廉潔的為官之道和禮治仁政的風尚，反對魚肉百姓的暴政。經過兩次鴉片戰爭的衝擊之後，曾國藩對於中西邦交也有自己獨到的看法：一方麵他十分痛恨帝國主義列強對中國的侵略，並對清廷借助英軍圍剿太平天國的行為深感羞愧；另一方麵他又不盲目排外，主張積極主動地學習西方先進的科學生產技術。
總的來說，“中庸”不僅指的是曾國藩在為官處世上的穩重保守不激進，也概括了他在理論與實踐、學術與權位、維穩與改革、儒生與武將之間取得的有機平衡。除了治學論道和疆場競鬥，曾國藩在持家教子、處世交友和修身養性方麵都有著獨特的造詣。他的一生就像是一本清末官場的百科全書，每一頁都值得細細品讀。