那麼，郭桓究竟做了些什麼呢？首先，朱元璋曾下令將太平、鎮江和廣德幾個府的上繳錢糧減少一半，而這個郭桓卻私吞了另一半本該收歸國庫的錢糧。其次，郭桓還將浙西的秋糧私分了一半。這最後一項罪狀，也是讓人最難容忍的：本來，根據朱元璋的規定，農民也可以用錢代替糧食交稅，一石米等同於兩貫錢。然而郭桓等人膽大妄為，在征收抵糧的鈔稅時巧立名目，肆無忌憚地盤剝老百姓的血汗。就讓我們來看看在兩貫錢之外，他們又向老百姓開出了怎樣的“收費標準”：
水腳錢100文，即水運的運費；
車腳錢300文，說是船運完了還得用車運，所以要再加錢；
口食錢100文，也就是運輸人員喂馬的經費；
庫子錢100文，用於支付倉庫看守的俸祿；
蒲簍錢100文，也就是糧食的小包裝費；
竹簍錢100文，小包裝外的大包裝費用；
神佛錢100文，祈求船在江上平安運行的祭祀費用……
這份近似天方夜譚的清單傳到朱元璋手上，將這位貧民出身的帝王氣得吹胡子瞪眼。朱元璋震驚於郭桓的膽大包天、厚顏無恥，當即下令在全國範圍內追贓。這次追查自戶部郭桓開始，由上而下順藤摸瓜，所牽涉的省、府、州、縣各級官員和地方的鄉紳、刁民不計其數。案件查到哪兒，朱元璋就懲罰到哪兒，幾乎無人漏網。
一些基層官員眼見追贓行動即將落實到自己頭上，便將已經貪汙的款項攤派到各鄉，要求當地的老百姓包賠。本來是造福於民的懲貪行動，如此一來反倒給老百姓增加了新的負擔。朱元璋了解這個情況之後更加怒火中燒，他頂著朝中巨大的怨氣，砍掉了成千上萬官員的腦袋。
朱元璋懲治貪汙的刑法讓人不寒而栗。但凡私吞六十兩以上銀子的官員就要被處死剝皮，懸掛在公堂上作為對後來者的儆戒。能夠僥幸不死的貪官，或是被挖去膝蓋、挑斷腳筋，或是在身上、臉上紋上永久的印記，或是被剁去手腳，可以說是生不如死。兩件大案查辦下來，文武百官早已是戰戰兢兢，不敢越過雷池一步。然而，就在此時，朱元璋的眼皮底下又發生了一樁大案。
明朝一直用中原地區的茶葉交換西蕃地區的馬匹，以此控製西蕃少數民族地區。因此，茶葉作為明朝的戰略物資是嚴禁私自出口的。當時的駙馬歐陽倫仗著自己是皇親，便縱容指使手下走私茶葉，這些人在地方上動用官府車輛擅自闖關，不僅不納稅、不服管，還任意毆打把關的官員。
守關人不堪受辱，隻好向朱元璋報告此事，朱元璋在探知實情後立即逮捕了歐陽倫。歐陽倫是安慶公主的夫婿，而安慶公主正是朱元璋與結發妻子馬皇後的親生女兒。盡管如此，為了建立官僚隊伍的正常秩序，澄清吏治、鞏固政權，朱元璋還是大義滅親，不顧安慶公主和馬皇後的苦苦哀求，幹淨利落地殺掉了駙馬。
朱元璋懲辦了三起大案之後，全國上下都籠罩在恐怖肅殺的氣氛之中，他卻就此躲進書房，潛心編著一本處理貪汙腐敗的案例集——《大誥》。
在《大誥》中，朱元璋苦口婆心地重申了自己對貪官汙吏實施嚴刑峻法的初衷：貪贓枉法之事危害百姓，實在不忍百姓遭此禍害，才“不得已施之五刑”。由此看來，雖然書中的每個案例都伴隨著血肉模糊的懲治詳情，但還是體現了朱元璋嚴格吏治、關愛草根的明君風範。
通過朱元璋的殘酷治理，明初的官員們人人自危、如坐針氈，每個人都將早晨上朝時與妻子的道別當作訣別，因為沒有人知道自己在退朝後還能不能活著回家。這種緊張的氛圍縱然使所有官員寢食難安，但另一方麵也使明初特別是洪武年間的吏治得到了澄清，官場麵貌煥然一新。就這樣，朱元璋用非常手段實現了自己對朝中吏治環境的期望。