朱元璋笑了：“我看，你的這個說法可站不住腳。”他對身邊的劉基說：“劉愛卿，你不是還對我講過祈奚薦賢的故事嗎？我們都應該像祈奚那樣，內舉不避親，外舉不避仇。國家現在正是用人之時，不能埋沒人才。像藍玉這樣的人，隻要對社稷有益，該提拔的就要提拔。”
常遇春跪下說道：“謝陛下隆恩。臣一定千方百計選拔人才。”
在以後的戰鬥中，藍玉作戰確實越來越勇，屢立戰功。常遇春覺得又有皇帝的話在，對重用自己的內弟也就沒有什麼顧慮了。藍玉很快就被任命為大都督府僉事。在這次軍事行動中，明軍攻克了大都，元朝就此滅亡。元順帝率後妃、太子逃往上都（在今內蒙古正藍旗東）。
這時的軍事形勢還遠遠不能讓朱元璋鬆口氣。除了元順帝逃往上都外，還有元朝的左丞相擴廓帖木兒擁重兵占據山西，另一位丞相、太尉納哈出據守遼東金山（在今遼寧省開原縣），梁王占據雲南，等等。他們都以強大的兵力各據一方，牽製著明朝。這樣的形勢也使藍玉有了用武之地。
藍玉也很作臉。洪武四年，他跟隨雄武衛指揮使傅友德征蜀。傅友德出奇兵攻占了略陽關（在今陝西省略陽縣），從而使明軍得以順沔水（即嘉陵江上遊）直入四川。而後傅友德決定分兵前進。藍玉率領的一支隊伍很快就占領了綿州（在今四川省綿陽市一帶），為傅友德略定整個漢中地區（在今陝西省南部）創造了條件。
第二年，藍玉又隨征虜大將軍徐達北征盤據山西的元將擴廓帖木兒。徐達任藍玉為都督。藍玉率先頭部隊一舉攻占了雁門關（在今山西省雁門關），在那裏大敗元軍。之後，藍玉率軍北上，又在土喇河（在今蒙古國境內）大敗元軍。而徐達率領的明軍主力卻被元軍打得大敗。
洪武七年（公元1374年），藍玉又率兵攻克了被元軍控製的興和，活捉了元朝封的興和公帖裏密赤等五十九人。
洪武十一年（公元1378年），藍玉又同西平侯、征西將軍沐英討西番（指今甘肅、青海一帶少數民族地區）。經過將近一年的戰鬥，活捉了那裏的少數民族酋長，斬殺上千人，使明朝的疆域進一步向西擴展。第二年回京的時候，參加這次戰鬥的十二位將領都被封了侯，藍玉被封為永昌侯。還被賜予世券，證明受過皇帝的封賞，可以受到特殊的優待。
總之，藍玉的功勞越來越大，官位也越來越高。洪武十四年（公元1381年），藍玉被任為征南右副將軍，與征南左副將軍沐英，隨同潁川侯、征南將軍傅友德率三十萬大軍出兵雲南。傅友德命令分路前進。藍玉進入雲南東部的曲靖後，在一條叫作白石江（今南盤江上遊）的江邊與元軍殘部平章（官名）達裏麻相遇。藍玉派奇兵偷襲達裏麻。達裏麻倉促應戰，被藍玉活捉。這裏的苗族部隊見明軍勢大，投降了明軍。這就為明軍進入雲南創造了有利的條件。藍玉繼續向西南挺進貴州，那裏的苗族武裝也向明軍投降。元朝留在這裏的梁王逃跑，死在貴州。元朝曾在這裏建立烏撒宣慰司，統治這一帶的各少數民族。這些少數民族的首領還有不少人忠於元朝。他們聯合起來抗拒明軍。藍玉與傅友德打敗了他們，殺死三萬多人，並攻占七星關（在今貴州省畢節縣），直取東川（在今雲南省會澤縣）、烏蒙（在今雲南省昭通市）、芒部（在今雲南省鎮雄一帶）等少數民族部落。水西（指貴州烏江上遊鴨池河以西）地區的各部落也都投降了。從此，雲貴地區基本上被平定，成為明朝的領土。在這一次出征中，藍玉的功勞最大，太祖朱元璋不但給他增加了俸祿，還把他的女兒冊封為蜀王妃。