再說元軍營中，聽說納哈出詐降不成受了傷，個個吃驚，不知所措，一時大亂，包括納哈出的妻子、孩子，紛紛逃竄。馮勝派人去招降，得降眾二十多萬人，還有無數的牛馬、輜重等戰利品，被他們押回關內。押解降兵和戰利品的隊伍逶迤而行，綿延一百多裏路。不過，馮勝隻顧高興，忽視了全軍的防衛，特別是殿後的隊伍安排的人太少，中途受到敵軍的伏擊，都督濮（ｐú）英被殺，損失三千多人。
太祖朱元璋見馮勝、藍玉大勝而歸，高興勁就不用說了，因為這一仗一舉解決了東北方麵的問題。可是馮勝卻不大高興。他覺得這一仗藍玉出盡了風頭，心裏有點不是滋味，甚至對自己的女婿幫了藍玉的大忙也不滿意。他想，如果他指摘常茂，不但可以表現得大義滅親，還可以順藤摸瓜，把矛頭引向藍玉。他就對太祖說：“這次我軍雖獲大勝，但也有些將士破壞紀律，險些誤事。”
“唔，還有這事？”朱元璋問。
馮勝跪下稟道：“下官不敢相瞞，就是小婿常茂。他竟在受降的時候，拔劍砍傷納哈出，險些激起重大事變，破壞這次受降。下官已將常茂拘捕，請陛下查問。”
太祖朱元璋說：“既然人家已經投降，怎麼還要砍傷人家？不像話。我一定好好調查此事。馮將軍，你能大義滅親，實堪嘉獎。”朱元璋見在場的藍玉沒有講話，覺得這裏也許還有什麼蹊蹺，便沒有再講下去。
太祖朱元璋在了解這件事時，有人對他說，明軍繳獲的納哈出的良馬，馮勝沒有交給陛下，而是自己留下了。還有人說：“馮將軍派人看押納哈出的夫人，授意那人給納哈出的妻子送酒。在陪她喝酒的時候，乘機索要貴重物品。納哈出的妻子無奈，隻好給他一顆碩大的珍珠。”
常茂對自己的嶽父也是一肚子氣。自己本來有功，馮勝為了自己討好皇帝，就連自己的女婿都出賣了。所以在審問常茂的時候，他就沒有給自己的嶽父留情麵：“說小人險些激起兵變，實不敢當。真正激出事變的是馮將軍。納哈出部中有一位蒙古親王。王子剛被我軍擊斃。第二天，元軍來投降時，他就強娶親王的兒媳。親王一怒之下，拒絕隨部投降，並派兵伏擊我軍後衛，擊斃濮英。”
這些話傳到朱元璋耳中，他能不生氣嗎？立即下令收回了馮勝的印綬。從那以後，再沒有派馮勝帶兵出戰。並且，也沒有獎賞這次獲勝的將士。太祖朱元璋任命藍玉為總兵管事，不久又提升他為大將軍，屯駐在薊州（在今天津市薊縣）。
元順帝的孫子脫古思帖木兒這時在大漠以北自稱元朝（史稱北元）皇帝，經常騷擾明朝北邊。洪武二十一年（公元1388年）三月，朱元璋命藍玉率十五萬大軍剿滅脫古思帖木兒。藍玉率軍追到大寧（今內蒙古自治區寧城縣），不見元軍蹤影。又追到慶州（在今內蒙古自治區巴林右旗），還是不見元軍。這時，他派出去的偵察部隊報告說，脫古思帖木兒現正在捕魚兒海（即今內蒙古自治區呼倫貝爾盟的貝爾湖）。藍玉讓先頭部隊盡快請一名向導，抄近路，日夜兼程，向北挺進。已經進至距離捕魚兒海隻有四十裏路的百眼井了，還是不見元軍。
藍玉對部下說：“這裏千裏無人煙，他們不會在這裏吧？別誤了我們追擊呀！”有意要撤兵，再向別的方向尋找。
定遠侯王弼說：“我們率十餘萬大軍勞師遠行，深入大沙漠以北。如果什麼也沒有得到就班師而還，怎樣向陛下交待？”
“你說得對，”藍玉琢磨著，“大漠上荒無人跡，這就使敵軍很容易發現我們。是不是我們暴露了呢？”他下令全軍偃旗息鼓。燒飯的時候，在地下挖煙道，避免煙火顯露。白天隱蔽，夜間行軍。第二天早晨，當他們來到距捕魚兒海東北八十裏的地方時，果然見到了敵營。藍玉以王弼為前鋒，迅速逼近敵營。脫古思帖木兒原以為這大沙漠之上缺乏水草，明軍不會到這裏來，並沒有設防。當他突然聽到震天動地的喊殺聲時，驚惶失措，連妻子家小都顧不上，隻帶著太子天保奴和身邊的幾十名騎兵逃脫。他的名為蠻子的太尉被殺，其餘的兵眾一見軍中無主，紛紛投降。脫古思帖木兒的二兒子地保奴、妃子、公主等都被活捉。還抓獲了他封的吳王朵兒隻、代王答裏麻及平章以下的官員三千多人和他們的家屬一萬七千多人，以及皇帝玉璽、金牌、符敕、金銀印等物和各種牲畜十五萬頭。無法帶回的兵器被焚毀的不計其數。