此時，司禮監秉筆、掌管禦藥房的原鄭貴妃宮中的內醫崔文升入診帝疾，光宗本是縱欲傷身，身體虛弱以致臥床不起。這個崔太醫不知道什麼原因，卻診斷為腎虛火旺，需要瀉火，便給光宗皇帝開了一服藥性很強的瀉藥。所以，接下來的一晝夜，朱常洛連瀉三四十次，身體極度虛弱，處於衰竭狀態。後來，廷臣們對於崔文升進藥的資格和所進藥物是否符合醫學原理兩點，對崔文升進行猛烈的抨擊。給事中楊漣說：“賊臣崔文升不知醫……妄為嚐試；如其知醫，則醫家有餘者泄之，不足者補之。皇上哀毀之餘，一日萬幾，於法正宜清補，文升反投相伐之劑。”楊漣認為，朱常洛本來身體就虛弱，應當進補，而崔文升反而進以瀉藥，其心叵測。當時，朱常洛的生母王氏外家、原皇太子妃郭氏外家兩家外戚都認為其中必有陰謀，遍謁朝中大臣，哭訴宮禁凶危之狀：“崔文升藥，故也，非誤也！”八月二十二日，朱常洛召見首輔方從哲等大臣，六品的給事中楊漣也在召見之列。朱常洛看了楊漣很久，說：“國家事重，卿等盡心。朕自加意調理。”之後，朱常洛下令，將崔文升逐出皇宮。
八月二十九日，鴻臚寺丞李可灼說有仙丹要呈獻給皇上。太監們不敢做主，將事情稟告內閣大臣方從哲。方從哲說：“彼稱仙丹，便不敢信。”接著，內閣大臣們進乾清宮探視朱常洛。朱常洛此時已著意安排後事，將皇長子交由閣臣小心輔佐，又問起自己的陵墓的營建事宜。在安排好一切之後，朱常洛問：“有鴻臚寺官進藥，何在？”方從哲說：“鴻臚寺丞李可灼自雲仙丹，臣等未敢輕信。”朱常洛自知命在旦夕，遂抱著試一試的想法，命李可灼入宮獻藥。到中午時分，李可灼調製好一顆紅色藥丸，讓皇帝服用。朱常洛服完紅丸後，感覺還好，讓內侍傳話說：“聖體用藥後，暖潤舒暢，思進飲膳。”傍晚，朱常洛命李可灼再進一粒紅丸。盡管禦醫們都表示反對，但是朱常洛堅持要再服一顆。於是，李可灼再讓皇帝服用了一顆紅丸。服後，朱常洛感覺安適如前，沒有什麼不良反應。然而，次日（九月初一）五更，朱常洛便死去。
大臣們聯想到梃擊案以來的風波，不禁疑竇叢生，所謂“張差之棍不靈，則投以麗色之劍；崔文升之泄不逮，則促以李可灼之丸”，這一係列事件豈非正是有目的地陷害皇帝嗎！繼泰昌帝而後新登基的天啟皇帝朱由校迫於輿論壓力，罷免未力阻李可灼進藥的內閣首輔方從哲，將崔文升發配南京，李可灼充軍，此案草草收場。但泰昌帝之死究係何因，鄭貴妃是否是幕後主謀，始終未解，“紅丸案”也成為明宮疑案之一。
明宮“移宮案”的真相如何？
明朝末年的宮廷鬥爭並沒有因為明光宗的死而結束，反而更加撲朔迷離。“紅丸案”的真相還沒有查清，接著又發生了一件大案“移宮案”。明萬曆四十八年（1620年）七月至九月一日，萬曆、泰昌兩帝相繼而亡，新帝即位之事關係著國家的命運，成為朝野關注的焦點。
事情還得從明光宗說起，明光宗有一位非常寵愛的李選侍。李選侍入宮之後，很快討得了朱常洛的歡心。在宮裏的地位迅速上升，並且替光宗撫養日後的皇太子朱由校，地位由此更加特殊，幾乎掌握了後宮的實權。而且她還同鄭貴妃保持著密切的聯係，李選侍極力地想通過鄭貴妃的力量將自己扶上皇後寶座，鄭貴妃則想利用李選侍在皇帝麵前說話方便的機會，幫她實現做皇太後的夢想。
當初，朱由校由於其父泰昌帝朱常洛不得萬曆皇帝的寵愛，他自幼也備受冷落，直到萬曆帝臨死前才留下遺囑，冊立其為皇太孫。朱由校的生母王才人雖位尊於李選侍，但因李選侍受寵，她備受李選侍淩辱而致死，臨終前遺言：“我與李選侍有仇，負恨難伸。”而朱由校從小亦受李選侍的“侮慢淩虐”，終日涕泣，形成了懼怕李選侍的軟弱性格。